igv_plotter 0.9.8.7

概述

Python接口到IGV - 受@tmfromer最初编写的IGV_plotter工具的启发。

它包含以下可执行文件

• igv 从命令行启动IGV，并可选地加载一些文件并跳转到一些位点。

• igv_plotter 自动对一个或多个数据文件在多个位点进行IGV截图。

• igvweb_viewer 允许使用igv.js在Web浏览器中查看bam、vcf和/或bed文件轨迹。

安装

• 要为所有用户安装，请运行：pip install igv_plotter

• 要在您的家目录中安装（例如，如果您没有权限为所有用户安装），请将 ~/.local/bin 添加到您的PATH中，并运行：pip install igv_plotter --user

运行

要查看所有命令行选项，您可以执行以下操作

igvweb_viewer -h

igv_plotter -h

igv -h

igvweb_viewer 脚本 - 使用示例

此操作将启动一个Web服务器，用于查看2个位点的3个文件

igvweb_viewer my_file1.vcf my_file2.bam my_file3.bed 1:12345 chrX:12345

启动此脚本后，打开您的Web浏览器到127.0.0.1:8000，以查看这些文件的基于浏览器的IGV交互视图。

igv_plotter 脚本 - 使用示例

此操作加载3个文件，并拍摄2张快照

igv_plotter my_file1.vcf my_file2.bam my_file3.bed 1:12345 chrX:12345

igv 脚本 - 使用示例

此操作启动IGV，并加载2个文件在位置1:12345

igv my_file1.vcf my_file3.bed 1:12345

配置

可以创建并使用~/.igv_plotter配置文件来持久设置任何igv_plotter或igv命令行选项，例如使用如下行：<命令行选项（不带--）> = <值>

贡献

欢迎提交问题和拉取请求。

可以使用以下命令运行单元测试

python setup.py test

此代码在MIT许可下开源。