idr-gallery 3.11.0

配置UI

omero.web.gallery.category_queries: 要启用分类UI，您必须设置 omero.web.gallery.category_queries。如果未设置，您将看到上面显示的默认UI，并且以下其他设置将被忽略。

每个分类由一个显示 标签、一个选择项目和屏幕的 查询 以及一个指定它们在页面上显示顺序的 索引 定义。以下大多数示例都在IDR中使用。您可以在 https://idr.openmicroscopy.org/ 查看分类，并在每个分类的标签上查看其查询作为工具提示。

在最简单的情况下，如果您在研究（项目和屏幕）上没有地图注释，您可以简单地按名称排序。此示例定义了一个分类：“所有研究”，以按名称显示前50个研究

$ omero config set omero.web.gallery.category_queries '{
  "all":{"label":"All Studies", "index":0, "query":"FIRST50:Name"}
  }'

其他分类通过地图注释的查询定义。例如，要显示所有具有 Study Type: 3D-tracking 的键：值的研究

$ omero config set omero.web.gallery.category_queries '{
  "tracking":{"label":"3D tracking", "index":0, "query":"Study Type: 3D-tracking"}
  }'

查询可以使用 AND 和 OR 关键字来组合查询

$ omero config set omero.web.gallery.category_queries '{
  "time":{"label":"Time-lapse imaging", "index":0, "query":"Study Type: 3D-tracking OR Study Type: time"},
  "screens":{"label":"High-content screening (human)", "index":1, "query":"Organism:Homo sapiens AND Study Type:high content screen"}
  }'

omero.web.gallery.filter_keys: 如果已配置，则画廊将允许通过与它们链接的键：值对筛选屏幕和项目，或使用 Name 通过名称筛选或使用 Group 通过组筛选。此列表定义了用户可以在UI中选择哪些键。选择键后，用户将能够通过自动完成字段中输入的值进行筛选。

每个项是一个简单的字符串（匹配键）或一个具有 标签 和 值 的对象，其中 值 匹配键。以下是一个基于IDR的示例

$ omero config set omero.web.gallery.filter_keys '[
    "Name",
    "Imaging Method",
    "Organism",
    {"label": "Publication Authors", "value": "Authors"}
]'

omero.web.gallery.title: 设置画廊页面的html页面 `<title>title</title>`

omero.web.gallery.top_left_logo: 此设置可用于用其他位置托管（png、jpeg或svg）的图像替换页面右上角的“IDR”标志。它将以33像素的高度和最大200像素的宽度显示

$ omero config set omero.web.gallery.top_left_logo '{"src": "https://www.openmicroscopy.org/img/logos/ome-main-nav.svg"}'

omero.web.gallery.heading: 替换主页上的“欢迎来到IDR.gallery”标题。

omero.web.gallery.top_right_links: 这指定了每个页面右上角的链接列表，格式为 {‘text’:’Text’,’href’:’www.url’}。如果链接包含‘submenu’:[ ]具有更多链接，则这些链接将在下拉菜单中显示

$ omero config set omero.web.gallery.top_right_links '[
    {"text":"IDR", "href":"https://idr.openmicroscopy.org/"}
]'

omero.web.gallery.favicon: 设置用于浏览器的favicon的URL。

omero.web.gallery.study_short_name: 此指定显示在分类或搜索页面中的屏幕或项目上方的短名称，而不是默认的“项目：123”。此列表允许我们尝试多种方法，使用第一个有效的方法。列表中的每个对象都具有例如 {‘key’: ‘Name’}。‘key’可以是名称、描述或对象上的键：值对的键。如果指定了‘regex’和‘template’，我们将尝试 name.replace(regex, template)。在此示例中，我们检查名为“标题”的键：值。如果找不到，则使用基于对象名称的正则表达式。此示例来自IDR，我们希望从名称创建一个短名称，例如 idr0001A，从名称： idr0001-graml-sysgro/screenA

$ omero config set omero.web.gallery.study_short_name '[
    {"key":"Title"},
    {"key":"Name", "regex": "^(.*?)-.*?(.)$", "template": "$1$2"},
]'

发布过程

• 偶尔更新 loadStudyStats() 中的 totalImages 和其他回退计数

• 审查和更新 CHANGELOG

• 运行 bumpversion release 以删除开发后缀并创建签名标签

• 运行 bumpversion --no-tag patch 以将版本提升到下一个开发后缀

• 将新创建的标签和 master 推送到 origin。例如： git push origin master v3.3.3

• GitHub 动作的构建步骤包括 PyPI 部署步骤，因此不需要在 PyPI 上手动部署

许可证

idr_gallery 根据 AGPL 发布。

版权

2016-2023，开放显微镜环境