ICEBERG

master分支通常反映了在PyPI上的ICEBERG发布，被认为是稳定的：它应该“开箱即用”。请参阅文档。

devel分支（以及除master之外的所有其他分支）可能不对应于发布的文档，并且可能具有需要手动解决的依赖项。如果您需要关于任何非master分支的使用的建议，请联系我们。

安装

创建Python虚拟环境（VirtualEnv或Conda）并激活它。

要从源安装我们的包，您应该克隆存储库并从其根目录执行pip install

git clone https://github.com/ICEBERG-project/ICEBERG-middleware.git
cd ICEBERG-middeware
pip install . --upgrade

要从PyPi安装

pip install iceberg

使用方法

在使用ICEBERG之前，需要连接到MongoDB服务器和RabbitMQ服务器。要使用Docker设置密码保护的数据库，请参阅这些说明。要使用Docker设置RabbitMQ，请参阅这些说明。一旦两个服务器可用，请使用适当的值导出以下变量

export RADICAL_PILOT_DBURL=mongodb://usernane:password@mongodb_hostname:port/db_name
export RMQ_ENDPOINT=ip_value
export RMQ_PORT=port_number
export RMQ_USERNAME=username
export RMQ_PASSWD=password
export VE_PENGUINS=ve_path/ve_name

ICEBERG命令可以按以下方式执行

iceberg [-h] [--resource RESOURCE] [--queue QUEUE] [--cpus CPUS]
               [--gpus GPUS] [--input_path INPUT_PATH]
               [--output_path OUTPUT_PATH] [--walltime WALLTIME]
               [--analysis ANALYSIS]
               {seals,penguins,4Dgeolocation,rivers,landcover} ...
               

显示的参数是命令正确执行所必需的。使用-h将打印命令帮助页面

positional arguments:
  {seals,penguins,4Dgeolocation,rivers,landcover}

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit

Required Arguments:
  --resource RESOURCE, -r RESOURCE
                        Where the execution will happen
  --queue QUEUE, -q QUEUE
                        The queue of the resource
  --cpus CPUS, -c CPUS  How many CPUs will be required
  --gpus GPUS, -g GPUS  How many GPUs will be required
  --input_path INPUT_PATH, -ip INPUT_PATH
                        Where the input images are
  --output_path OUTPUT_PATH, -op OUTPUT_PATH
                        Where the results should be saved
  --walltime WALLTIME, -w WALLTIME
                        The estimated execution time

目前，可用的分析命令有

1. seals
2. penguins
3. 4DGeolocation
4. landcover
5. rivers

根据所选分析，可能需要进一步参数。

要查看每个用例的进一步帮助信息，请使用带有所有参数的 ICEBERG 命令，并在其后添加 --help。它将打印出所选分析的参数。

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• 简化命令行界面以支持子命令