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Neuropixel 1.0和2.0探头数据工具集合

项目描述

ibl-neuropixel

用于处理Neuropixel 1.0和2.0数据的工具集合(文档即将推出...)

安装

pip安装ibl-neuropixel

去条带化

入门

这依赖于一个快速傅里叶变换外部库: pip install pyfftw

去条带化神经像素二进制文件的最低工作示例。

from pathlib import Path
from ibldsp.voltage import decompress_destripe_cbin
sr_file = Path('/datadisk/Data/spike_sorting/pykilosort_tests/imec_385_100s.ap.bin')
out_file = Path('/datadisk/scratch/imec_385_100s.ap.bin')

decompress_destripe_cbin(sr_file=sr_file, output_file=out_file, nprocesses=8)

查看器

查看结果的最佳方式是使用 viewephys,在原始数据上打开一个生理信号查看器。

  • 勾选去条带框。
  • 移动到文件中的所需位置
  • ctr+P将使两个窗口的增益和轴相同

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您可以在原始数据文件中进行移动。

白皮书

以下描述了该存储库中实现的方法。https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19705522

贡献

Pypi发布清单

  • setup.py 中编辑版本号,并在 release_notes.md 中添加发布说明
flake8
tag=X.Y.Z
git tag -a $tag 
git push origin %tag

使用标记 X.Y.Z 创建新版本(将自动发布到PyPI)

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分发

ibl_neuropixel-1.3.2.tar.gz (67.2 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

ibl_neuropixel-1.3.2-py3-none-any.whl (73.1 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下组织支持