hydraspa 0.3.1

# Hydraspa

[](https://travis-ci.org/richardjgowers/hydraspa)
[](https://codecov.io/gh/richardjgowers/hydraspa)

Hydraspa (hydra + Raspa) 是一个Python包，用于准备GCMC气体吸附模拟输入，用于 [Raspa](https://github.com/numat/RASPA2) 模拟包。


感谢 [Dr. Yongchul G. Chung](https://github.com/gregchung) 和 [Pusan National University](http://gregchung.github.io/) 授予使用 [CoRe MOF Database](http://gregchung.github.io/CoRE-MOFs/) 中的结构。


## 安装hydraspa

```bash
git clone https://github.com/richardjgowers/hydraspa.git

cd hydraspa

pip install -r requirements.txt .

```


## 使用hydraspa

hydraspa 设计为通过命令行来准备和分析模拟输入


```bash
# 创建IRMOF-1中CO2的模拟模板
hydraspa create -s IRMOF-1 -g CO2 -f UFF -o myCO2sim

# 将模板分割成多个温度和压力
hydraspa split myCO2sim/ -p 10k,20k,30k -T 278.0,298.0 -c 20k

# 一旦模拟完成，收集结果
hydraspa gather myCO2sim/

```


## 引用

如果此软件对您的研究有所帮助，请考虑引用以下来源

[D. Nazarian, J. Camp, Y.G. Chung, R.Q. Snurr, D.S. Sholl, "使用DFT大规模精炼金属有机框架结构," 化学材料，2016](https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.chemmater.6b04226)

[Y.G. Chung, J. Camp, M. Haranczyk, B.J. Sikora, W. Bury, V. Krungleviciute, T. Yildirim, O.K. Farha, D.S. Sholl, R.Q. Snurr, "计算就绪、实验性金属有机框架：一个用于实现纳米多孔晶体高通量计算的工具," 化学材料，2014，26 (21)，pp 6185–6192](https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/cm502594j)

[A. K. Rappe, C. J. Casewit, K. S. Colwell, W. A. Goddard III, 和 W. M. Skiff "UFF，一个适用于分子力学和分子动力学模拟的完整周期表力场" 美国化学会志，1992，114 (25) pp 10024–10035](https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja00051a040)

## 贡献者

Hydraspa 正在使用和开发中，如果您遇到任何问题，请在问题跟踪器上与我联系。