HiCExplorer 2.2.1.1

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:target: https://badge.fury.io/py/HiCExplorer

HiCExplorer
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一套用于处理、分析和可视化Hi-C数据的程序
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探测基因组3D组织序列技术生成大量数据，其处理、
分析和可视化具有挑战性。在这里，我们介绍了HiCExplorer，一套用于分析和
可视化染色体构象数据的工具。HiCExplorer简化了接触矩阵的创建、
联系人的数量、TAD检测、A/B区室、合并、重新排序或染色体，包括
`cooler <https://github.com/mirnylab/cooler>`_ 和长距离接触的检测。此外，它允许可视化
多个接触矩阵以及其他类型的数据，如基因、区室、ChIP-seq覆盖轨迹（以及一般
任何类型的基因组评分），长距离接触和视图可视化。


引用
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Fidel Ramirez，Vivek Bhardwaj，Jose Villaveces，Laura Arrigoni，Bjoern A Gruening，Kin Chung Lam，Bianca Habermann，Asifa Akhtar，Thomas Manke。
**"高分辨率TAD揭示果蝇基因组组织背后的DNA序列". 自然通讯**，第9卷，文章编号：189（2018），doi: https://doi.org/10.1038/s41467-017-02525-w

Joachim Wolff，Vivek Bhardwaj，Stephan Nothjunge，Gautier Richard，Gina Renschler，Ralf Gilsbach，Thomas Manke，Rolf Backofen，Fidel Ramírez，Björn A Grüning。
**"Galaxy HiCExplorer：一个用于可重复性Hi-C数据分析、质量控制和可视化的Web服务器", 核酸研究**，第46卷，W1期，2018年7月2日，第W11–W16页，doi: https://doi.org/10.1093/nar/gky504

.. image:: ./docs/images/hicex2.png

可用性
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HiCExplorer可作为**命令行工具套件**在本GitHub仓库和其他平台上获得（以下安装部分详细说明）。

用户可以直接在http://hicexplorer.usegalaxy.eu获得**Galaxy HiCExplorer版本**。培训材料可在`Galaxy培训网络 <http://galaxyproject.github.io/training-material/topics/epigenetics/tutorials/hicexplorer/tutorial.html>`_找到，
而对于不熟悉该平台的用户，可在`此处 <https://hicexplorer.usegalaxy.eu/tours/hixexplorer>`_找到Galaxy之旅。Galaxy HiCExplorer也作为Docker镜像在`Docker Galaxy HiCExplorer GitHub仓库 <https://github.com/deeptools/docker-galaxy-hicexplorer>`_提供。最后，这个Galaxy版本可在`Galaxy工具库 <https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>`_和相应的`GitHub仓库 <https://github.com/galaxyproject/tools-iuc>`_上找到。


安装
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从2.0版本开始，HiCExplorer适用于Python 2和Python 3，可以通过以下方式安装

- Pip，Anaconda和GitHub进行命令行使用。
- 工具库和Docker镜像用于其在Galaxy服务器上的集成。

安装HiCExplorer有许多简单的方法。详细信息可以在
`此处 <https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html>`_找到。

命令行版本
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使用conda安装
__________________

安装HiCExplorer最简单的方法是使用`BioConda <http://bioconda.github.io/>`_
::

$ conda install hicexplorer -c bioconda -c conda-forge

使用pip安装
________________
::

$ pip install HiCExplorer

通过克隆此存储库安装
__________________________________

您可以通过克隆此git存储库在命令行（linux/mac）上安装HiCExplorer的任何分支
（通过以下命令）

::

$ git clone https://github.com/deeptools/HiCExplorer.git
$ cd HiCExplorer
$ python setup.py install

如果您没有root权限，您可以使用`--prefix`选项设置特定的文件夹

::

$ python setup.py install --prefix /User/Tools/hicexplorer

Galaxy版本
++++++++++++++

使用Docker安装
___________________

作为Docker镜像的安装说明可在https://github.com/deeptools/docker-galaxy-hicexplorer找到。


使用工具库安装
______________________

Galaxy HiCExplorer是`Galaxy工具库 <https://toolshed.g2.bx.psu.edu/>`_的一部分，并且可以通过以下链接安装到任何Galaxy服务器：`此链接 <https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/browse_repository?id=f1554978eeb3da8b>`_。


文档
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请访问我们的完整文档`此处 <http://hicexplorer.readthedocs.org/>`_。此文档也直接在`Galaxy <http://hicexplorer.usegalaxy.eu/>`_中提供。