Microsoft Health Futures用于病理图像深度学习的包
项目描述
病理学模型和工作流程
公共数据上的模型
此存储库包含一组基于和针对公共数据集（PANDA、TCGA）构建的模型。有关将数据集上线和运行模型的详细说明，请参阅readthedocs。
入门
设置Python
要处理病理学文件夹，请创建一个单独的Conda环境。
cd hi-ml-cpath
make env
然后您可以通过 conda activate HimlHisto 激活环境。通过从命令面板选择“Python：选择解释器”来设置VSCode使用此Conda环境。
如果需要更新依赖项，请修改 hi-ml-cpath/primary_deps.yml 文件，然后运行脚本 hi-ml-cpath/create_and_lock_environment.sh。这将创建一个包含所有依赖项固定版本的完整“锁定”环境规范。
设置AzureML
此外，请下载您希望使用的AzureML工作区的配置文件。
- 在浏览器中，导航到相关工作区。
- 单击页面右上角的下拉菜单，位于您的账户图片左侧。
- 选择“下载配置文件”。
- 将该文件保存到仓库根目录。
一旦配置文件到位，所有在 hi-ml-cpath 文件夹中启动的Python运行将自动使用此配置文件。
运行组织病理学模型
为了测试您的设置，请在 hi-ml-cpath 文件夹中执行以下操作
conda activate HimlHisto
python ../hi-ml/src/health_ml/runner.py --model health_cpath.TcgaCrckImageNetMIL --cluster=training-nd24
这应在您通过 config.json 配置的AzureML工作区中启动一个AzureML作业。您可能需要调整计算集群的名称（如上面的示例中的 training-nd24）。
Conda环境
如果您在 hi-ml-cpath 文件夹中启动作业，它们将自动选择该文件夹中存在的Conda环境文件。如果您在不同的文件夹中启动作业，您需要添加 --conda_env 选项来指向文件 <repo_root>/hi-ml-cpath/environment.yml。
运行组织病理学测试
在 hi-ml-cpath 文件夹中运行
make call_pytest
在VSCode中，所有测试都应该自动被识别。您可以通过修改VSCode的 .vscode/settings.json 文件中的 python.testing.pytestArgs 来排除 hi-ml 和 hi-ml-azure 包的测试。
需要GPU的测试
组织病理学文件夹的测试管道包含在一个具有2个GPU的机器上运行 pytest。只有标记为 pytest 的 gpu 标记的测试在该GPU机器上执行。注意，所有带有 gpu 标记的测试在CPU机器上运行时也会执行。您需要手动添加 skipif 标志来跳过那些仅在GPU机器上运行的测试。这也确保测试套件在构建代理之外执行时可以通过。
- 仅在CPU机器上运行的测试：不提供任何
pytest标记
def test_my_code() -> None:
pass
- 在CPU和GPU机器上运行的测试：添加
@pytest.mark.gpu
@pytest.mark.gpu
def test_my_code() -> None:
pass
- 仅在GPU机器上运行的测试
from health_ml.utils.common_utils import is_gpu_available
no_gpu = not is_gpu_available()
@pytest.mark.skipif(no_gpu, reason="Test requires GPU")
@pytest.mark.gpu
def test_my_code() -> None:
pass
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源分布
构建分发版
hi-ml-cpath-0.5.2.tar.gz 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 2d93c46119e30e1d63773fcfa8398b3ec58aa66552dadf61ce156b213c22e4ec |
|
| MD5 | 0921fef765959761ea47c85b30c684bf |
|
| BLAKE2b-256 | 6d1515f28973096a8bcf38646470669b556a040464e884ad5aed50c735e4453f |
hi_ml_cpath-0.5.2-py3-none-any.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 29a02286b56bd6325aea1135ab17cd9286bdb09719967b0ef0955c2b23d58e89 |
|
| MD5 | 20017fd2ef7fec9ef26e776e7be5ce05 |
|
| BLAKE2b-256 | d63327933ae24f3ac4128eeeb26c9b73f051678f4b284e9c23a6dfe01640eb81 |