hgvs-dataproviders-rest

UTA和SeqRepo的REST接口，这两者结合构成了hgvs数据提供者。

uta和seqrepo数据库被hgvs用于执行其序列操作功能的大部分工作。hgvs库包含用于标准化、验证和映射序列变异（以及其他功能）的工具。为了使hgvs能够访问执行此类工作所需的信息，它使用uta数据提供者来获取转录本和序列。

本包包含一个用于 uta 的 REST API (restapi.py)，它位于 hgvs 和 uta/seqrepo 数据库之间，同时还包括一个为 hgvs 提供数据的服务器 (restclient.py)，作为其客户端。

本地安装 Rest 接口

安装 Docker。

$ docker pull biocommons/uta-rest:uta-rest
$ docker volume create --name=uta-rest
$ docker run -p 8000:8000 biocommons/uta-rest:uta-rest

或者不使用 Docker

$ make devready
$ source venv/bin/activate
$ uvicorn restapi:app

与 hgvs 一起使用

只需将 utarest 的 connect() 函数的结果作为参数传递给任何 hgvs 工具，例如组装映射器。

>>> import hgvs_dataproviders_rest
>>> import hgvs.assemblymapper
>>> hdp = hgvs_dataproviders_rest.connect()

>>> am = hgvs.assemblymapper.AssemblyMapper(hdp,
...     assembly_name='GRCh37', alt_aln_method='splign',
...     replace_reference=True)

您不是从 hgvs.dataproviders.uta 调用 connect()，而是使用 .hgvs_dataproviders_rest。两者都实现了 hgvs 数据提供者接口。

与 hgvs (2.0+) 一起使用

计划了 hgvs 的第二个版本，它允许从多个支持选项中选择数据提供者：uta、hgvs_dataproviders_rest、cdot，以及可能的一个未来的 Ensembl 接口实现。有关每个数据提供者的更多信息，请参阅 utaclients。

开发者安装

$ make devready
$ source venv/bin/activate
$ uvicorn restapi:app --reload