Python中的Hetnets

概述

Hetnetpy是一个Python 3包，用于创建、查询和操作hetnets。此软件为hetnets提供了方便的数据结构，以及边预测算法。与其他更通用的网络软件相比，它专门针对hetnets进行了优化和简化。有关为hetnets设计的其他软件包的更多信息，请参阅https://het.io/software。

包迁移

请注意，此包之前命名为hetio，可在以下仓库中找到

• https://github.com/hetio/hetnetpy（当前）
• https://github.com/hetio/hetio（之前）
• https://github.com/dhimmel/hetio（之前）

2019年7月，该包被重命名为hetnetpy，以更清楚地表示其功能并区分其他产品。

背景

Hetnets：Hetnets，也称为异构信息网络，是具有多种节点和边类型的图。Hetnets既是多部分也是多关系的。它们为数据集成提供了可扩展、直观和无缝的结构。

目的：本包为hetnets提供数据结构，为边预测提供算法。它只支持hetnets，这是与其他网络软件相比的主要优势。支持节点/边属性和边方向性。

动力：开发始于一个旨在预测疾病相关基因的研究，随后是继续进行的一个旨在重新利用药物的研究。

注意：文档目前不完整，测试覆盖范围适中，API尚未完全稳定。欢迎贡献力量。请通过GitHub Issues进行反馈、提问或故障排除。

安装

请使用Python 3.4或更高版本。要安装当前PyPI版本（推荐），运行

pip install hetnetpy

对于最新的GitHub版本，运行

pip install git+https://github.com/hetio/hetnetpy.git#egg=hetnetpy

对于开发，克隆或下载并解压存储库。然后在存储库的根目录中运行pip install --editable .。--editable标志指定可编辑模式，因此更新源代码会更新您的安装。

安装完成后，可以从存储库的根目录运行py.test test/来执行测试。

设计

Graph对象存储异构网络，依赖于以下类

1. Graph
2. MetaGraph
3. Edge
4. MetaEdge

开发

此存储库使用pre-commit

# run once per local repo before committing
pre-commit install

以下内容仅适用于维护者。在https://github.com/hetio/hetnetpy/releases/new处创建新版本。GitHub Actions将构建发行版并将其上传到PyPI。版本信息由Git标签推断得出，使用setuptools_scm。

许可协议

此存储库具有双重许可，可在以下任一或两个许可下使用

1. BSD-2-Clause Plus Patent License在LICENSE-BSD.md
2. CC0 1.0 Universal Public Domain Dedication在LICENSE-CC0.md