Curation of Neurodegeneration in BEL (CONIB)

这个知识库是在人类脑药组项目期间开发的，包含描述神经退行性疾病现象（如tauopathies）的生物学表达式语言（BEL）文档。

安装 • 使用 • 贡献 • 许可

内容

• hbp_knowledge：此文件夹包含经过整理的BEL文档。大多数已按类别（感兴趣蛋白、感兴趣生物过程、通路等）组织。几乎所有BEL文档都对应一篇单一出版物，但少数文档由于基于主题的整理，包含多个出版物的内容。
• docs：此文件夹包含自动生成的HTML摘要内容，最佳访问方式为https://pharmacome.github.io/conib。
• notebooks：此文件夹包含与存储库相关联的各种Jupyter笔记本。由于许多笔记本使用了PyBEL-Jupyter，因此最好使用NBViewer进行查看。

整理规划

以下是一些用于导航GitHub问题和拉取请求的链接

• 整理的拉取请求
• 由审阅者批准的重新整理的拉取请求

安装

hbp_knowledge可以从PyPI使用以下命令安装：

$ pip install hbp_knowledge

或通过以下方式从GitHub安装最新版本：

$ pip install git+https://github.com/pharmacome/conib.git

用法

可以使用以下方式加载数据：

import hbp_knowledge

# Get a dictionary of names to graphs
graphs = hbp_knowledge.get_graphs()

# Get all BEL documents as a single graph
graph = hbp_knowledge.get_graph()

贡献

欢迎贡献！请将所有拉取请求提交到https://github.com/pharmacome/conib。

许可

• 本存储库中的BEL脚本采用CC BY 4.0许可。
• 本存储库中的Python源代码采用MIT许可。