happer

Daniel Standage, 2018
https://github.com/bioforensics/happer

happer是一个用于生成完整单倍型序列的最小Python库。给定一个参考序列和以BED格式注释的单倍型等位基因，happer将变异参考序列并生成与指定单倍型匹配的序列。

安装

要安装

pip3 install happer

为确保软件包安装正确

pip3 install pytest
py.test --pyargs happer

happer需要Python版本3。

用法

参考序列必须以Fasta格式提供，而单倍型等位基因必须按以下方式以BED格式指定。位于位点的不同单倍型的等位基因由一个|字符分隔，因此例如二倍体个体应在每个位点有2个|分隔的等位基因注释，而四倍体应具有4个等位基因。在下面的示例中，CCGA等位基因是相位的，代表一个单倍型，而TATG等位基因是相位的，代表另一个单倍型。

#SeqID    Start  End     Alleles
chr1     38827  38828   C|T
chr1     59288  59289   C|A
chr2     24771  24772   G|T
chr4     201191 201192  A|G

从命令行调用happer

[standage@lappy ~]$ happer --out haploseqs.fasta refr.fasta alleles.bed

直接在Python中调用happer

>>> import happer
>>> seqfile = open('refr.fasta', 'r')
>>> alleles = open('alleles.bed', 'r')
>>> for label, haploseq in happer.mutate.mutate(seqfile, alleles):
...     # do whatever you'd like with the sequences