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在HTML视图中探索HDF5文件

项目描述

H5Glance 允许您在终端或HTML界面中探索HDF5文件。

https://travis-ci.org/European-XFEL/h5glance.svg?branch=master

使用以下命令安装

pip install h5glance

在终端中,您可以获取文件的结构视图

$ h5glance sample.h5
sample.h5
└path
  └inside
    └file   [float64: 100 × 100]

默认情况下,数据集、组和链接的名称将以颜色编码。如果您想禁用此功能,请设置环境变量 H5GLANCE_COLORS=0

检查其中的组或数据集

$ h5glance sample.h5 path/inside/file
sample.h5/path/inside/file
      dtype: float64
      shape: 100 × 100
   maxshape: 100 × 100
     layout: Contiguous

sample data:
[[-0.27756437  0.36923643 -0.28113527 ...

在bash & zsh中,h5glance为HDF5文件内的路径提供自动完成功能。要设置此功能,请运行

python -m h5glance.completer

或者,使用 - 作为第二个参数,h5glance将提示您使用自动完成功能输入对象路径

$ h5glance sample.h5 -
Object path: sample.h5/  # try tapping tab

HTML界面

HTML界面允许您在Jupyter Notebook中检查HDF5文件。 Demo.ipynb 展示了如何使用它。

为什么选择H5Glance?

有许多其他工具可以查看HDF5文件,包括HDFViewViTables,以及正在开发中的各种基于Web的查看器。为什么您会选择H5Glance呢?

  • 实用的终端界面:如果您在终端中工作,使用那里提供的工具比启动GUI应用程序并点击它要快得多。

    • Tab补全也是其中之一——花点时间设置它们(见上文)。

  • 静态Jupyter视图:H5Glance以简单的HTML显示您的HDF5对象,它不与服务器通信。将您的笔记本导出为HTML,或在nbviewer上查看,H5Glance视图仍然存在。

  • 深度嵌套结构:它在欧洲XFEL编写,那里的数据文件可以轻易有6层嵌套组。它试图使处理这些数据变得容易。

它不适合设计的一些事情

  • 查看数据:终端界面可以显示原始数据,但它的重点是HDF5文件的结构,而不是其内容。H5Glance不会显示图表或图像。

  • 机器可读的输出:它旨在为人设计,而不是为程序。在Python中,您的代码可以使用h5py。对于shell管道,请使用类似

    h5ls
    h5dump
    的工具。

项目详情


下载文件

下载您平台上的文件。如果您不确定该选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源分发

h5glance-0.8.1.tar.gz (21.8 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分发

h5glance-0.8.1-py3-none-any.whl (18.2 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持者

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