Galaxy Workflow Format 2 描述
项目描述
格式2
本软件包定义了一个高级Galaxy工作流程描述，称为“格式2”。当前的模式版本是v19_09，模式可以在此处找到。此版本的工作流程格式可以从19.09版本的Galaxy使用。
格式2工作流程描述仍然有些实验性，并且可能以小幅度且可能向后不兼容的方式改变，直到格式由Galaxy默认导出。
传统的Galaxy工作流程描述（以.ga扩展名结尾，有时在本项目中称为原生工作流程）并非设计为简洁，既不易于人类阅读也不易于人类编写。Galaxy工作流程格式2正在设计以解决这些限制，同时将Galaxy的工作流程描述语言推向如公共工作流程语言等标准。
gxformat2
此Python项目可以通过PyPI使用pip进行安装。
$ pip install gxformat2
请查看项目测试或它如何在Planemo和Galaxy等项目中使用，以了解如何使用gxformat2库。关于模块的参考文档可以作为项目文档的一部分找到。
此项目还包括处理Galaxy工作流的多个脚本。查看它们的帮助以获取更多信息。
$ gxwf-lint --help $ gxwf-viz --help $ gxwf-abstract-export --help
此库和相关脚本采用MIT许可。
历史记录
0.20.0 (2024-08-23)
设计目标（感谢@jmchilton）。拉取请求97
0.19.0 (2024-07-23)
0.18.0 (2023-05-12)
如果输入没有标签，则通过@mvdbeek修复输入转换https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/89
0.17.0 (2023-01-06)
通过@mr-c在https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/74中启用工作流步骤的“when”
通过@mvdbeek在https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/86中的修复
0.16.0 (2022-09-20)
通过@jmchilton在步骤中添加dev when到后端（尚未在模式中公开）。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/48
通过@jmchilton更新项目管道以允许开发版本。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/49
通过@nsoranzo删除对Python 3.5的支持，添加3.9。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/52
通过@nsoranzo重新许可为MIT许可。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/58
通过@nsoranzo向Format2添加
通过@nsoranzo进行一些修复和重构。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/55
通过@nsoranzo将Format2工作流的
通过@simleo在test_abstract_export中使用不同的名称为不同的输出。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/57
通过@nsoranzo修复2个错误。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/62
通过@nsoranzo将
字段传播到抽象CWL格式。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/65 通过@mvdbeek进行linting修复。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/64
如果存在，则保持collection_type不变。https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/68
修复架构文档构建问题，由@nsoranzo在https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/69中处理。
由@nsoranzo进行的代码风格和弃用修复，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/70。
由@mvdbeek运行java代码生成器，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/71。
由@mvdbeek在pull_request上运行maven测试，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/72。
修复schema-salad pycodegen问题，由@mr-c在https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/76中处理。
由@mvdbeek添加工作流默认文件支持，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/79。
由@mr-c添加typescript实现，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/75。
修复从dist包中导出的cytoscape HTML问题，由@jmchilton在https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/82中处理。
由@mvdbeek向架构中添加缺少的元素，修复change_datatype转换和CSS问题，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/83。
由@mvdbeek支持列表作为数据输入，见https://github.com/galaxyproject/gxformat2/pull/84。
0.15.0 (2020-08-12)
检查默认值的类型。
修复与Galaxy和CWL之间不同类型名称相关的架构中的错误。
现在已发布，生成cwl v1.2而不是cwl v1.2.0-dev5版本。
进行更多代码风格和CWL 1.2导出的测试。
0.14.0 (2020-08-11)
修复了原生导出中仍然存在明确的输出声明的错误（不会破坏任何东西，但具有误导性）。
为实验性CWL 1.2抽象导出进行修复。
改进脚本结构和文档。
改进代码结构 - 添加更多类型，使更多东西不可变，在文档字符串中提及可变性。
0.13.1 (2020-08-03)
改进包结构 - 发布修复后的sphinx文档，修复readme徽章，添加mypy类型支持。
0.13.0 (2020-07-30)
添加使用新抽象Operation类的实验性CWL 1.2导出。
0.12.0 (2020-07-27)
放弃对Python 2的支持 - 以支持下一个问题。
更新架构解析器以适应架构salad的最新更改。
0.11.4 (2020-07-27)
添加了统一访问不同格式下工作流输出的抽象。
0.11.3 (2020-07-23)
修复从原生到格式2导出较新输入概念的错误。
添加了统一访问不同格式下工作流输入的抽象。
0.11.2 (2020-07-22)
重新设计cytoscape和辅助工具，以便从Planemo中重用。
修订markdown验证器以适应最新的Galaxy更改。
0.11.1 (2020-02-25)
修复从安装的setup.py脚本中调用gxwf-lint的错误。
0.11.0 (2020-02-25)
将Galaxy Markdown验证作为代码风格的一部分。
改进原生ga工作流代码风格的null处理。
改进Python中的工作流代码风格。检查文档不足、使用测试工具库的工具，并实施针对培训材料工作流的特殊代码风格，以确保标签与工作流主题匹配。
添加gxwf-viz脚本，用于生成工作流的cytoscape可视化。
0.10.1 (2019-12-07)
修复格式2中无标签的输出的错误 - 虽然它们本身没有验证，但对Galaxy框架中的测试很重要。
0.10.0 (2019-12-06)
实现scheam、验证、代码风格（对于格式2和.ga）。
处理Galaxy 19.09工作流中的新报告字段。
针对从原生工作流转换为和转换到原生工作流进行了许多修复。
添加了许多新的测试用例。
实现Java项目以验证和代码风格两种类型的工作流。
0.9.0 (2019-07-08)
在gxformat2中实现默认值。
0.8.4 (2019-06-24)
修复输出ID为0的错误。
0.8.3 (2019-05-23)
实现set_columns PJA。
0.8.2 (2019-03-16)
允许另一个API返回选项用于实验性工具创建API。
0.8.1 (2019-03-11)
实现change datatype PJA。
0.8.0 (2018-11-01)
实现实验性的CWL风格步骤默认值（见Galaxy PR #6850）。
0.7.1 (2018-10-09)
0.7.1中的一些小修复。
0.7.0 (2018-10-08)
添加一些基本测试用例。
允许以ID-map风格列出步骤。
按顺序加载（除了现有的导出功能外）或以ID映射风格变体的步骤排序功能正常工作。
允许CWL风格的$graph定义，可以在单个文件中定义多个工作流程。
在导入时对子工作流程定义进行去重工作的初始版本。
修复导出工作流程时的位置处理。
0.6.1 (2018-10-01)
修复非数据参数和隐式工作流程连接的导出。
0.6.0 (2018-10-01)
各种修复，允许ID映射风格的工作流程输入定义。
0.5.0 (2018-10-01)
针对PJA的更多修复，添加doc关键字以将2个工作流程格式化为与CWL工作流程匹配。将原生Galaxy工作流程映射为注释。
0.4.0 (2018-10-01)
修复从原生.gx到格式2导出PJA时的问题。
0.3.2 (2018-10-01)
修复从原生.gx到格式2导出工作流程输出的问题，支持现代映射风格输出定义，如CWL 1.0。
0.3.1 (2018-10-01)
修复从原生.gx到格式2导出子工作流程的问题。
0.3.0 (2018-09-30)
更多CWL风格输入，对原生工作流程的转换的初始工作，各种小的修复和调整。
0.2.0 (2018-02-21)
引入最新的Galaxy更新 - Python 3修复，安全的YAML使用，以及更多PJA的实现。
0.1.1 (2016-08-15)
修复一个Python 3不兼容性问题。
0.1.0 (2016-05-02)
初始版本 - 来自Galaxy测试框架的代码，基于planemo测试进行了更改。
下载文件
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源分发
构建分发
gxformat2-0.20.0.tar.gz的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9697b1548c7a016e211581831c48242718f2cbe8987c7db0dc75c20e65931df8 |
|
| MD5 | 0fceb299fad7b9da31cc748bf784b83b |
|
| BLAKE2b-256 | 74c6701b919337c9371e33c652c610cab26062092c968c3f54b88f466d46d9c7 |
gxformat2-0.20.0-py2.py3-none-any.whl的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7a05f1f7d7f33ee771548b028579e4db8093ca31addb9d02ddc49f45825f52ee |
|
| MD5 | 3ee45faab9061ab6b6a28f7ad2f98c7a |
|
| BLAKE2b-256 | ccdd62048b5d0d0e9ec8a6bcbf2e384ea51b9d2c3aefd3c231d4905288c69dff |
