guiltytargets 0.0.2

安装

下载此存储库，进入该目录并运行

$ git clone https://github.com/phanein/deepwalk.git
$ cd deepwalk
$ pip install .
$ cd ..
$ # Install GAT2VEC, which depends on DeepWalk
$ git clone https://github.com/ozlemmuslu/GAT2VEC.git gat2vec
$ cd gat2vec
$ pip install .
$ cd ..
$ # Actually install GuiltyTargets
$ git clone https://github.com/guiltytargets/guiltytargets.git
$ cd guiltytargets
$ pip install -e .

使用方法

之后，您可以将其作为Python库使用

import guiltytargets

guiltytargets.run(
    input_directory,
    targets_path,
    ppi_graph_path,
    dge_path,
    auc_output_path,
    probs_output_path,
    max_adj_p=max_padj,
    max_log2_fold_change=lfc_cutoff * -1,
    min_log2_fold_change=lfc_cutoff,
    entrez_id_header=entrez_id_name,
    log2_fold_change_header=log_fold_change_name,
    adj_p_header=adjusted_p_value_name,
    base_mean_header=base_mean_name,
    entrez_delimiter=split_char,
    ppi_edge_min_confidence=confidence_cutoff,
 )

这将在路径 auc_output_path 和 probs_output_path 中创建文件，其中前者显示交叉验证的AUC值，后者显示预测的靶点。

以下解释了参数。一个用例可以在 https://github.com/GuiltyTargets/reproduction 下找到

输入文件

运行此程序需要3个文件。所有输入文件应位于输入目录下

1. ppi_graph_path：包含蛋白质-蛋白质相互作用网络的文件路径，格式为

   source_entrez_id	target_entrez_id	confidence
   216	216	0.76
   3679	1134	0.73
   55607	71	0.65
   5552	960	0.63
   2886	2064	0.90
   5058	2064	0.73
   1742	2064	0.87

   此类网络的示例可以在[此处](http://cbdm-01.zdv.uni-mainz.de/~mschaefer/hippie/download.php)找到

2. dge_path：包含实验数据的文件路径，格式为tsv。行显示单个条目，列是以下属性的值

   • 基础均值

   • 对数倍数变化

   • 调整后的p值

   • Entrez id

该文件可能还包含其他列，但上述列的索引和名称必须输入到配置文件中。

3. targets_path：包含已知靶点Entrez id列表的文件路径，格式为

   … code-block:: sh

   1742 3996 150 152 151

OPTIONS

应设置以下选项

• max_adj_p：基因被认为是差异表达的调整后p值的最大值。

• max_log2_fold_change：基因被认为是差异表达的对数2倍数变化的最大值

• min_log2_fold_change：基因被认为是差异表达的对数2倍数变化的最小值

• ppi_edge_min_confidence：PPI网络中边的最小置信度分数。

• entrez_id_header：差异表达文件中Entrez id的列名。

• log2_fold_change_header：差异表达文件中对数2倍数变化的列名。

• adj_p_header：差异表达文件中调整后p值的列名。

• base_mean_header：差异表达文件中基础均值的列名。

• entrez_delimiter：如果在差异表达文件中每行有多个Entrez id，则它们之间的分隔符。