通用模拟数据文件格式。

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GSD

GSD 文件格式是 HOOMD-blue 的原生文件格式。 GSD 文件以二进制文件存储 HOOMD-blue 系统状态轨迹，并具有高效随机访问帧。 GSD 允许所有粒子和拓扑属性在帧之间变化。使用 GSD Python API 指定 HOOMD-blue 模拟的初始条件或使用脚本分析轨迹输出。使用可视化工具读取 GSD 轨迹以探索模拟的行为。

资源

GSD 文档：教程、Python API、C API、使用信息和格式规范。
安装指南：安装和编译 GSD 的说明。
HOOMD-blue：读取和写入 GSD 文件的仿真引擎。
GSD 讨论板：向 GSD 社区寻求帮助。
freud：用于分析轨迹的强大工具集。
OVITO：与 GSD 文件兼容的开源可视化工具。
gsd-vmd 插件：支持 GSD 文件的 VMD 插件。

HOOMD 示例

创建 hoomd gsd 文件。

>>> s = gsd.hoomd.Frame()
>>> s.particles.N = 4
>>> s.particles.types = ['A', 'B']
>>> s.particles.typeid = [0,0,1,1]
>>> s.particles.position = [[0,0,0],[1,1,1], [-1,-1,-1], [1,-1,-1]]
>>> s.configuration.box = [3, 3, 3, 0, 0, 0]
>>> traj = gsd.hoomd.open(name='test.gsd', mode='w')
>>> traj.append(s)

将帧追加到 gsd 文件中

>>> def create_frame(i):
...     s = gsd.hoomd.Frame();
...     s.configuration.step = i;
...     s.particles.N = 4+i;
...     s.particles.position = numpy.random.random(size=(4+i,3))
...     return s;
>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'a') as t:
...     t.extend( (create_frame(i) for i in range(10)) )
...     print(len(t))
11

随机索引帧

>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'r') as t:
...     frame = t[5]
...     print(frame.configuration.step)
4
...     print(frame.particles.N)
8
...     print(frame.particles.position)
[[ 0.56993282  0.42243481  0.5502916 ]
 [ 0.36892486  0.38167036  0.27310368]
 [ 0.04739023  0.13603486  0.196539  ]
 [ 0.120232    0.91591144  0.99463677]
 [ 0.79806316  0.16991436  0.15228257]
 [ 0.13724308  0.14253527  0.02505   ]
 [ 0.39287439  0.82519054  0.01613089]
 [ 0.23150323  0.95167434  0.7715748 ]]

切片帧

>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'r') as t:
...     for s in t[5:-2]:
...         print(s.configuration.step, end=' ')
4 5 6 7

文件层示例

with gsd.fl.open(name='file.gsd', mode='w') as f:
    f.write_chunk(name='position', data=numpy.array([[1,2,3],[4,5,6]], dtype=numpy.float32));
    f.write_chunk(name='angle', data=numpy.array([0, 1], dtype=numpy.float32));
    f.write_chunk(name='box', data=numpy.array([10, 10, 10], dtype=numpy.float32));
    f.end_frame()

with gsd.fl.open(name='file.gsd', mode='r') as f:
    for i in range(1,f.nframes):
        position = f.read_chunk(frame=i, name='position');
        do_something(position);

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3.0.0

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2.9.0

2023年5月19日

2.8.1

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2.8.0

2023年2月24日

2.7.0

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2.6.1

2022年11月4日

2.6.0

2022年8月19日

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2.5.2

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2.5.1

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2.5.0

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2.4.2

2021年4月14日

2.4.1

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2.4.0

2020年11月11日

2.3.0

2020年10月30日

2.2.0

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2020年6月26日

2.1.1

2020年4月20日

2.1.0

2020年2月27日

2.0.0

2020年2月3日

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2019年10月4日

1.9.2

2019年10月1日

1.9.1

2019年9月23日

1.9.0

2019年9月18日

1.8.1

2019年8月19日

1.7.0

2019年4月30日

1.6.2

2019年4月17日

1.6.1

2019年3月5日

1.6.0

2018年12月20日

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2018年11月28日

1.5.4

2018年10月4日

1.5.2

2018年4月4日

1.5.1

2018年2月26日

1.5.0

2018年1月19日

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gsd-3.3.2-cp313-cp313-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (639.9 kB 查看哈希值)

上传时间 2024年9月6日 CPython 3.13 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_11_0_arm64.whl (253.5 kB 查看哈希值)

上传时间 2024年9月6日 CPython 3.13 macOS 11.0+ ARM64

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_10_13_x86_64.whl (257.2 kB 查看哈希值)

上传于 2024年9月6日 CPython 3.13 macOS 10.13+ x86-64

gsd-3.3.2-cp312-cp312-win_amd64.whl (252.4 kB 查看哈希值)

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上传于 2024年9月6日 CPython 3.12 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

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上传于 2024年9月6日 CPython 3.12 macOS 11.0+ ARM64

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上传于 2024年9月6日 CPython 3.11 macOS 11.0+ ARM64

gsd-3.3.2-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl (259.9 kB 查看哈希值)

上传于 2024年9月6日 CPython 3.11 macOS 10.9+ x86-64

gsd-3.3.2-cp310-cp310-win_amd64.whl (254.3 kB 查看哈希值)

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gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl (255.1 kB 查看哈希值)

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gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl (259.7 kB 查看哈希值)

上传于 2024年9月6日 CPython 3.10 macOS 10.9+ x86-64

gsd-3.3.2.tar.gz 的哈希值

gsd-3.3.2.tar.gz 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`7e0171c4ed3b5c5804ad5590ed06e8ef0f975162c0fc81b3395df32bd68f9dbe`
MD5	`809f1a93c88c6693543969097309a224`
BLAKE2b-256	`cb495c009de66b98a79f64ca312aae313462d9085b4934d6a52a6c6c83f94647`

gsd-3.3.2-cp313-cp313-win_amd64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp313-cp313-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`1898ec1dd2fcc4e65c9c50c38920c054319246606cbd6aa984682102ee49f4d4`
MD5	`5ef4fa7e0d28902c408f37473c1c28ce`
BLAKE2b-256	`1c33c11703800f8c2850c111e619387c32d745e5f28ebd5e740f291af7b5f856`

gsd-3.3.2-cp313-cp313-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp313-cp313-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`aa2e30e1dfa1bb88f42647987bba463a50aa32fdd785ac175ae1f02516b50172`
MD5	`ca22cb1a5239b9302e9eb5ee119b616c`
BLAKE2b-256	`bfa1ce7cdc6283e6b3f235eecd3cf9937388ff2a00ef88b7dcd4058513da98ca`

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`07aca3cf710b3be358bb087e285cbf684655dd3a76db95e8732f3be95437eaaa`
MD5	`266f3c19b11f34a1a5a2f143bd7480bf`
BLAKE2b-256	`98fe5a2e63c3fa5c54115c96ef4088803a6568e4c2d4800d6bb07805fae7cd2c`

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_10_13_x86_64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp313-cp313-macosx_10_13_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2111d4478f48f988664e2349c9fd8cc1008ac9af8cc72c418557efaa33477e2b`
MD5	`84e76e62d6acbd0de9359b172cc9fde2`
BLAKE2b-256	`05df881ca68bfffaaa5fb7c6b33b868455d441396035deb5a4369daccc3d1257`

gsd-3.3.2-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2e4166bdacb6c706d1c9e5b0195d22a5e3cc4e6b11cc285783a19f101d0206da`
MD5	`9b6c69ca44ed927a6fe76048a198d89d`
BLAKE2b-256	`4c64ea9b329a45a0a9ae14502eae84137fb4e2d36e057c4a40dc0ce0106058ed`

gsd-3.3.2-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`96052b774e3d9c4ce6ae28b639e9e847fe1a104064d4a88d6d078c3e1b525eb1`
MD5	`9b4bfa823dbf6546c14ed3176e317688`
BLAKE2b-256	`e8466ac391f03ab4cad9708311b6e529e424b4dd883f2fe1c0da309e335bce93`

gsd-3.3.2-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`64c9f83d4411ad0f484f201195e44cda399d2ce6b8c7be4f33faa3c08d874983`
MD5	`01088985633db3f603462c5de8bbdcb3`
BLAKE2b-256	`9d56e093ab105ddc39f8f4ac103cea4b2cf9094d275b12f190584af420d43a15`

gsd-3.3.2-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`8505c999cef33d3676ac6833b577a646b94647555f5dda1a416ef50b7007d391`
MD5	`c0cc6176ee9d767276b469638a3b55f2`
BLAKE2b-256	`bf60f7745a1cb4091bc89d674ba819f5e8b09068408a51788788ca5f9ba078da`

gsd-3.3.2-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值

gsd-3.3.2-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`70fb424b6e670966ccc4844648567479f8c0483c2b318d1db486107a7982bf64`
MD5	`6c182ef390d626c01763e3d13c9a1bf2`
BLAKE2b-256	`7f49868783a15aa0990f272ce29c4c06567ee1e090f922a8b4cd2c3096e62f86`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

gsd-3.3.2-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c80a58242f9003f5d8c5166513e9bced4eb126920a4ed9c386ac2967222327d0`
MD5	`8e800976516610e422e2cc49ba785da2`
BLAKE2b-256	`bbd1a6290f812821b3eab351710eeb53a03301a3f6ff0b5827bf7c14c9bdec0f`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

gsd-3.3.2-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2a403a848f343bff44b348ed9fb6ac61b6ab9da5cd609518bc909a5afba594c6`
MD5	`5606334687db70e38d0bd7836adbd6c6`
BLAKE2b-256	`d18124790dd104115e64d775f0680343448d388fbf84b533137be83952e2306b`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

gsd-3.3.2-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b0377cd01fba50ae5048281d754bf272a035ef17da3cbb596006ffdd71b72d00`
MD5	`55ca429395995faaedadcceeb70e5499`
BLAKE2b-256	`69f0b25fe2400f55a89c5d8c624e1427ba5e26eacf2e191093439afdeccbf4e2`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp310-cp310-win_amd64.whl

gsd-3.3.2-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`b2e9150e0cf5a3dd91462be92738f94c239b769ee0f8e3b8ed56609fc4a83e7a`
MD5	`98d9ad82ea63cc500426deebe798a0b5`
BLAKE2b-256	`3385b192274839475f70e4c2eff0d66bd07e2ecc4f154e013f1574aea3afa930`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

gsd-3.3.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`3867bff00276005a7837b93450b9004fac7a476d0c042fc4f27c3c5d73cb18d2`
MD5	`c0ba571264957e5da0b263abdd254711`
BLAKE2b-256	`5322780871e9e974c9c0f0afff0e6aaa523b669e59b6f9d55a6361f5aef80b46`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`3221c63da6f84cac5126a8e525e9d0f1cbed9d4d3d8c1bb286bf7c6e5d928de2`
MD5	`cfc90a1cbeab4e52969dfcc8d05b06f6`
BLAKE2b-256	`949a3b325479af2bc58438935b144075106dd6e06e24f86a681bc3f7c80d8111`

哈希值用于 gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

gsd-3.3.2-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`68f4c7f3be20abe59825131b695a30994332520b6dcbcb8cde8b9229fe8bcb46`
MD5	`728fd4b90e2c6d4bcd862de5ad00931a`
BLAKE2b-256	`a835877700dc3521abe6d17d938043ca51cf0a774538def607a31e591187b1da`

gsd 3.3.2

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