一个用于安装Grape RNA-Seq流水线的Buildout食谱
项目描述
葡萄食谱流水线包是一个Buildout食谱，用于配置Grape，一个用于处理和分析RNA-Seq数据的流水线。RNA-Seq是一种用于测序细胞RNA的下一代测序技术。要运行Grape，您需要Fasta、FastQ或预对齐SAM/BAM格式的读取文件，以及基因组和一个基因转录注释。首先，Grape进行质量控制，然后对读取进行基因组对齐。Grape的核心是对转录组的分析。Grape量化基因和转录的表达水平，估计外显子包含水平，并为您发现新的剪接形式，并包括一个强大的Web应用程序，允许您无缝地在本地或互联网上发布您的摘要统计信息。虽然Grape可以在具有适度硬件要求的独立机器上运行，但它被设计为可以在计算机集群上并行运行。Grape附带自己的默认映射和量化工具，并使得替换这些工具中的任何一个以您自己的工具变得容易，前提是它们支持流行的数据交换格式。Grape正在CRG积极开发，并在数十个具有大量数据集的项目中使用，如Illumina体图项目（HBM）和ENCODE项目。
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grape.recipe.pipeline-1.1.16.zip的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3dbef55992465aaac4c737beb07873cbee3ad20192960c63817ffdab37d3a4d4 |
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| MD5 | f940420555dac2623d8816cbac76429e |
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| BLAKE2b-256 | 64d9ab481a22dacbc2efcd9697b898262d7a6796081be79574487a1eba3d92b3 |