Python API用于管理基因型-表型映射数据
项目描述
GPMap
Python API用于管理基因型-表型映射数据
GPMap定义了一个灵活的对象，用于管理基因型-表型（GP）映射数据。其核心是存储所有数据在Pandas DataFrame中，因此可以无缝地与PyData生态系统交互。
要可视化由GPMap创建的基因型-表型对象，请查看GPGraph。
基本示例
导入包的基础对象。
from gpmap import GenotypePhenotypeMap
将您的数据传递给对象。
# Data
wildtype = "AAA"
genotypes = ["AAA", "AAT", "ATA", "TAA", "ATT", "TAT", "TTA", "TTT"]
phenotypes = [0.1, 0.2, 0.2, 0.6, 0.4, 0.6, 1.0, 1.1]
stdeviations = [0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.05, 0.05]
# Initialize the object
gpm = GenotypePhenotypeMap(wildtype,
genotypes,
phenotypes,
stdeviations=stdeviations)
# Check out the data.
gpm.data
或从磁盘加载数据集。
gpm = GenotypePhenotypeMap.read_json("data.json")
安装
用户 安装此包最简单的方法是使用pip
pip install gpmap
开发者 推荐的开发方式是使用pipenv安装此包。
- 克隆此仓库
git clone https://github.com/harmslab/gpmap
- 使用pipenv安装包
cd gpmap
pipenv install --dev -e .
- 使用pytest运行测试
pytest
依赖关系
以下模块是必需的。此外，示例/教程是用 Jupyter 笔记本编写的，需要安装 IPython。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分布
gpmap-0.7.0.tar.gz (136.2 kB 查看哈希值)
构建分布
gpmap-0.7.0-py3-none-any.whl (24.0 kB 查看哈希值)
关闭
gpmap-0.7.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 777c441a57c2dc5f8def28e7f2f588da5e97b6d9f9310aec2e0118dd358089b4 |
|
| MD5 | 9754b2b8af66c2894a1242508e76aefe |
|
| BLAKE2b-256 | 55adf23dd15f9043637494dea2c128fee5037b174c997b0e52ede85e7fd96d93 |
关闭
gpmap-0.7.0-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8de755857f84a1881b734989859002e5c751f261a6494aebc65343987c0a3623 |
|
| MD5 | e54922118e17dbfce1bb0873f6fb4a4e |
|
| BLAKE2b-256 | 0d7f33e5dc9f4e75a9406afa75b99749143d63f7ca2063dc1875ecb4aee41e6f |
