GPGraph

NetworkX中的基因型-表型图谱

将 GenotypePhenotypeMap 迁移到 NetworkX 有向图。

基本示例

GPGraph遵循NetworkX语法。初始化图，添加基因型-表型图谱对象，并绘制图形。这个库甚至提供了一个适合基因型-表型图的绘制方法 draw_gpgraph。

from gpmap.simulate import MountFujiSimulation
from gpgraph import GenotypePhenotypeGraph
from gpgraph.pyplot import draw_gpgraph, draw_edges

# Simulate a genotype-phenotype map
sim = MountFujiSimulation.from_length(4, roughness_width=1)

# Turn the genotype-phenotype map into a networkx object
G = GenotypePhenotypeGraph(sim)

# Draw the graph
figure = draw_gpgraph(G,
                      edge_colors = 'gray', 
                      node_size=400)

安装

克隆此存储库，并使用pip安装

pip install -e .

为了开发

克隆此存储库，并按照以下方式运行setup.py

python setup.py develop --user

这样，如果只有Python脚本被更改，则无需重新安装任何内容。