GMGC-mapper

用于查询全球微生物基因目录（GMGC）的命令行工具。

安装

GMGC-mapper在Python 3.6-3.8上运行，并需要prodigal（基因组模式所需的）可用。

conda安装

安装GMGC-mapper最简单的方法是通过bioconda，这将确保自动安装所有依赖项（包括prodigal）

conda install -c bioconda gmgc-mapper

pip安装

或者，GMGC-mapper可以从PyPI获取，因此可以通过pip进行安装

pip install GMGC-mapper

请注意，这不会安装prodigal（这是基于基因组的流程所必需的）。

从源代码安装

最后，如果您是从Github获取的最新版本，可以使用标准的

python setup.py install

示例

1. 输入是基因组序列。

gmgc-mapper -i input.fasta -o output

2. 输入是DNA/蛋白质基因序列

gmgc-mapper --nt-genes genes.fna --aa-genes genes.faa -o output

核苷酸输入是可选的（但在可用时应使用，以便可以细化命中质量）

gmgc-mapper --aa-genes genes.faa -o output

如果您的输入是宏基因组，您可以使用NGLess进行组装和基因预测。有关更多信息，请阅读文档。

输出

输出文件夹将包含

1. 基因预测输出（prodigal）。
2. 完整数据表，列出每个基因在GMGC中的所有命中。
3. 完整表，列出结果中找到的所有基因组Bin（MAGs）。
4. 可读性总结。

有关更多信息，请阅读文档。输出描述也以方便起见写入输出文件夹。

参数

• -i/--input：输入基因组文件路径（.fasta/.gz/.bz2）。

• -o/--output：输出目录（如果不存在，则创建）。

• --nt-genes：输入DNA基因文件路径（.fasta/.gz/.bz2）。

• --aa-genes：输入蛋白质基因文件路径（.fasta/.gz/.bz2）。