糖生物信息学工具包
项目描述
糖生物学是研究碳水化合物生物大分子的生物功能、性质和结构，也称为糖链。这些大型、树状分子复杂，具有广泛的构建块以及这些构建块上的修饰和替换。
glypy是一个Python库，提供读取、写入和操作糖链结构、糖链组成、单糖及其取代基的代码。它还包括使用SPARQL查询和RDF对象映射器与流行的糖链结构数据库GlyTouCan和UnicarbKB的接口。
示例用例
使用规范或残基级别规则顺序遍历结构。
将单糖和取代基作为节点，将边作为边进行操作。
添加、删除和修改这些结构以改变糖链性质。
识别子结构和基序，对糖链进行分类。
使用几种排序和比较方法之一评估结构相似性。
使用MatPlotLib绘制树结构，使用可配置的符号命名法进行渲染，如SNFG、CFG或IUPAC。使用矢量图形进行布局以实现无损缩放。
计算原生或衍生糖苷的质量。
为一系列糖苷结构生成糖苷键和交联环断裂片段，以进行MS/MS数据库搜索。
使用精确排序或拓扑比较以及精确或模糊的每残基匹配进行子结构相似性搜索，以将结构分类为N-连接的糖苷。
用糖苷结构注释MS谱图，标记哪些峰与数据库条目匹配。
从GlyTouCan下载所有N-糖苷。
在一个列表中找到所有包含特定子树的糖苷，或在一个糖苷数据库中找到共同子树，执行树元富集分析。
从一组种子结构开始，使用一组酶合成所有可能的糖苷。
引用
如果您在出版物中使用glypy，请引用以下内容：
Klein, J.，Zaia, J. (2019). glypy - 一个开源糖蛋白信息库。蛋白质组学研究杂志。 https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00367
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glypy-1.0.12.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8923728018c8a0ff439c90b33bb019da8d0fad112744617cd337c35f277ffa0b |
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| MD5 | 4f9fac0bbd24cd483a72f500ae77cc3b |
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| BLAKE2b-256 | 8b5099e58cf537c57a20047fe2e14956d12c2cd75c3b9a435ff9775f89b12ab2 |
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glypy-1.0.12-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f291efcc2b74aa7d9375429974199be6053da8f9b482a8557b13486b35b9f376 |
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| MD5 | c3f7da9fc1ac229cde1f6986f6a8127f |
|
| BLAKE2b-256 | 98fbc89045ec4293c0aeaf3cf7c973512e0b8423f07b2667985cbc1d3abb6016 |
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glypy-1.0.12-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1003c2cf25a03ead27474873f627dbdda2556ce5f0afac36e3c44624efe409d3 |
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| MD5 | 901c0a5355b256189781c2baf4ae6501 |
|
| BLAKE2b-256 | 22db86c55b1b22d502f89c50ed8ef21151ea134dfa684ba3984d142a44753766 |
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glypy-1.0.12-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 17ef3a4f8399a3a2f43a12881b2062421d06f2b5a10366f937eb58e0197e72d2 |
|
| MD5 | c276e52a8e2298bddfe9358a099e09bb |
|
| BLAKE2b-256 | bc3d895baa33124a5acd1c7a74baf9d41b2ae084f8ecf20f4059d7121e423db0 |
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glypy-1.0.12-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | c42a3402f1ae54697103a7801626879d0d488c48cd82bcf360a2e8251decf187 |
|
| MD5 | ef7a8ff8a19f04bc6c064df79ab6df45 |
|
| BLAKE2b-256 | 5e4f473f48bdc357a6df8d505523beb185c1975c4a2a1e2e0a03c24040ab5973 |
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glypy-1.0.12-cp38-cp38-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4aeaea1f170c6943299574ffd3da6bec74bc9a4ad9c5f18bb1a3a022f66f6911 |
|
| MD5 | 78ff799d3198c9d45093c8a07faceca1 |
|
| BLAKE2b-256 | 2eaee1c886af5f6b3f1e0edd152903a8893b7a4f6dbd8716c349eb47ebe0fab9 |
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glypy-1.0.12-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 67ce1ed7eb84ac67cdf9fd613f2b90b51fe186afbcb5a7ca7d095a015a437db7 |
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| MD5 | bf8384e6f2c283759a3a6e9818bdf386 |
|
| BLAKE2b-256 | 78537bf71fab870b366f27bfd24f72918cb5829f344c88a35498aff2adb6b83b |