GlycReSoft

分析糖组学和糖蛋白组学LC-MS/MS数据的软件。

用法

本软件包提供了一些命令行工具，名称为 glycresoft。

$ glycresoft -h
Commands:
  analyze           Identify structures in preprocessed data
  build-hypothesis  Build search spaces for glycans and glycopeptides
  config            Set persistent configuration options
  export            Write Data Collections To Text Files
  mzml              Inspect and preprocess mzML files
  tools             Odds and ends to help inspect data and diagnose issues

安装

此程序需要Python 3.8或更高版本，最后测试了Python 3.10。最简单的方法是使用虚拟环境来隔离其依赖项。

pip install -v glycresoft

从源代码安装此程序。依赖项列在 requirements.txt 中。在 pyproject.toml 中的构建系统要求包括 numpy 和 Cython。还需要与您的Python版本兼容的C编译器。

pip install -v .

或者从源代码安装某些依赖项

make install-dependencies

这将在此Python环境中安装此库及其所有依赖项。命令行工具将以 glycresoft 的名称提供。

如果您想构建捆绑所有依赖项及其自己的Python版本的独立可执行文件，接下来运行

pip install PyInstaller
make build-pyinstaller

这将安装PyInstaller，这是一个Python程序，可以将另一个Python程序及其所有依赖项打包成本地可执行文件，并在GlycReSoft的入口点包装器上运行它。之后，独立可执行文件及其静态文件位于 ./pyinstaller/dist/glycresoft-cli/，其中可执行文件名为 glycresoft-cli，其运行方式与上面安装的 glycresoft 可执行文件基本相同，只是它会进行一些特定平台的配置，并且可以从创建它的虚拟环境外使用。

当从软件包索引安装预编译的轮子时，在普通计算机上安装应小于5分钟。从源安装包可能需要长达15分钟。

关于糖肽裂解建模，请参阅 https://github.com/mobiusklein/glycopeptide_feature_learning。

图形用户界面

对于基于Web的图形用户界面，请参阅 https://github.com/mobiusklein/glycresoft_app。桌面应用程序包装：https://github.com/mobiusklein/glycresoft_desktop。

用法

有关一般CLI信息，请参阅文档或命令级别的--help菜单。

关于糖肽

有关原始高碰撞能量糖肽搜索工具的简要教程，请参阅原始教程。

有关阶梯碰撞能量糖肽搜索工具的教程，请参阅SCE教程。

引用

如果您在研究中使用了glycresoft，请引用

Klein, J., Carvalho, L., & Zaia, J. (2024). 通过建模裂解、洗脱和糖苷连接性来扩展N-糖肽鉴定。自然通讯，15(1)，6168. https://doi.org/10.1038/s41467-024-50338-5