glue-medical 0.2

需求

注意，此插件需要安装glue - 有关安装glue的说明，请参阅此页面。

此外，此插件需要安装GDCM和pydicom包。如果您使用conda，可以轻松地使用以下命令安装这些包：

conda install -c conda-forge gdcm pydicom

安装

要从git仓库安装插件的最新开发者版本，您可以执行以下操作：

pip install https://github.com/glue-viz/glue-medical/archive/master.zip

这将自动将插件注册到Glue中。

使用

目前，此插件提供了DICOM文件的读取器。您可以将DICOM文件或包含DICOM文件的目录提供给Glue。例如，您可以使用以下命令启动Glue：

glue mydata.dcm

或

glue directory_with_dicom_files

您还可以从Glue内部加载文件。目前，尚无法从Glue的“打开数据集”菜单中加载目录。

目前，如果目录内所有DICOM文件形状都匹配，我们将这些数组组合成一个更高维度的数组（例如，我们将2维数组组合成单个3维数组）。在将来，我们将使用户能够控制这种行为。

测试

要运行测试，请在仓库根目录下执行以下操作：

py.test glue_medical

这需要安装pytest模块。