globus-pilot 0.7.0

Globus Pilot

用于管理Globus Search中的数据以及将相关数据传输到和从Globus端点传输的命令行工具。

安装

Pilot需要python 3.6+，您可以使用以下命令安装：

pip install globus-pilot

有关更多选项，请参阅Read-The-Docs页面。

快速入门

有关完整教程，请参阅用户指南。管理员还可以查看管理员指南。

以下是快速教程。

首先，使用Globus登录

pilot login

设置您的搜索索引

pilot index set <myindex>

然后选择您的项目。有关任何列出的项目的信息，请参阅pilot项目信息

pilot project
pilot project set <myproject>

您可以使用list获取数据的概述

pilot list

如果您想了解特定搜索记录的更多详情，可以使用describe查看详情

pilot describe dose_response/rescaled_combined_single_drug_growth

您还可以下载与搜索记录关联的数据

pilot download dose_response/rescaled_combined_single_drug_growth

当您想将更多数据添加到集合时，可以使用upload命令。这将上传数据，并在Globus Search中创建一个记录来跟踪它。

touch my_data.tsv
pilot upload my_data.tsv test_dir --dry-run --verbose -j my_metadata.json

两个标志“–dry-run –verbose”是可选的，但很有用，用于测试。“-j my_metadata.json”用于提供pilot工具无法自动确定的任何额外元数据。以下是一个元数据的示例

{
    "title": "Drug Identifiers",
    "description": "Drug identifiers, including InChIKey, SMILES, and PubChem.",
    "data_type": "Drug Response",
    "dataframe_type": "List",
    "source": [
        "InChIKey",
        "SMILES",
        "PubChem"
    ]
}

运行测试

确保安装了test-requirements.txt中的包，然后运行

pytest

以及覆盖率

pytest --cov pilot