几何图像分析统计版本3 (GIAS3)
项目描述
一个用于肌肉骨骼建模工具的Python库。包括参数化网格划分、配准、图像分析、统计形状建模以及使用Mayavi的3-D可视化工具。
模块
此元包包含以下模块
有关更多信息,请参阅安装可选模块。
可选依赖
VTK和VTK Python绑定(用于网格处理)
Mayavi(用于3-D可视化,需要Numpy、VTK、wxPython、configobj)
PyCSG(用于生成构造实体)
pydicom(用于读取DICOM图像)
Cython(加速活动形状模型和随机森林分割)
matplotlib用于一些内置绘图函数
OpenSIM(用于gias3.musculoskeletal所需)
安装
Linux
如果您想使用内置的可视化模块,请首先为您的发行版安装Mayavi,否则可以跳过此步骤。
安装VTK和VTK Python绑定(例如,通过您的包管理器)。在我的经验中,VTK 5.10与Mayavi最稳定。
通过您的包管理器安装Mayavi(例如,sudo apt-get install mayavi2)或pip(例如,pip install –user mayavi)
如果您想使用GIAS3肌肉骨骼模块,您必须首先将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。否则,您可以跳过此步骤。有关更多信息,请参阅安装OpenSIM。
安装GIAS3
pip install gias3
Windows
如果您想使用内置的可视化模块,请首先安装Mayavi,否则可以跳过此步骤。
如果您使用Anaconda来管理您的Python环境,请使用conda安装Mayavi(例如,conda install mayavi),否则请使用pip(例如,pip install mayavi)。
如果您想使用GIAS3肌肉骨骼模块,您必须首先将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。否则,您可以跳过此步骤。有关更多信息,请参阅安装OpenSIM。
安装GIAS3
pip install gias3
安装可选模块
可选的GIAS3模块可以通过传递相应的关键字到pip来包含在安装过程中
apps = gias3.applications
examples = gias3.examples
tests = gias3.testing
vis = gias3.visualisation
io = gias3.io
mapclient = gias3.mapclientpluginutilities
musculoskeletal = gias3.musculoskeletal
例如,如果您想包含除默认模块外的模块gias3.applications和gias3.visualisation,请使用以下命令:
pip install gias3[apps,vis]
安装OpenSIM
要使用GIAS3肌肉骨骼模块,用户必须首先将OpenSIM安装到他们的Python脚本环境中。
首先,从此页面下载OpenSIM。
然后,按照这里的说明将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。
教程
许可证
GIAS3遵循Mozilla公共许可证2.0。
项目详情
下载文件
下载您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。
源分布
构建分布
gias3-3.0.1.tar.gz的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 283e7af2c6b03e8c290a4e47553fb574f05d9784a5b21b4156faf443e8a2aec1 |
|
MD5 | 66a1b14e06ac5196ebed03c5deeafe4d |
|
BLAKE2b-256 | 3aa240d9549b8792a19a4c253a885f40eddb49515334fc7c567f5c88805579a1 |