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几何图像分析统计版本3 (GIAS3)

项目描述

一个用于肌肉骨骼建模工具的Python库。包括参数化网格划分、配准、图像分析、统计形状建模以及使用Mayavi的3-D可视化工具。

模块

此元包包含以下模块

有关更多信息,请参阅安装可选模块

可选依赖

  • VTK和VTK Python绑定(用于网格处理)

  • Mayavi(用于3-D可视化,需要Numpy、VTK、wxPython、configobj)

  • PyCSG(用于生成构造实体)

  • pydicom(用于读取DICOM图像)

  • Cython(加速活动形状模型和随机森林分割)

  • matplotlib用于一些内置绘图函数

  • OpenSIM(用于gias3.musculoskeletal所需)

安装

Linux

  1. 如果您想使用内置的可视化模块,请首先为您的发行版安装Mayavi,否则可以跳过此步骤。

    1. 安装VTK和VTK Python绑定(例如,通过您的包管理器)。在我的经验中,VTK 5.10与Mayavi最稳定。

    2. 通过您的包管理器安装Mayavi(例如,sudo apt-get install mayavi2)或pip(例如,pip install –user mayavi

  2. 如果您想使用GIAS3肌肉骨骼模块,您必须首先将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。否则,您可以跳过此步骤。有关更多信息,请参阅安装OpenSIM

  3. 安装GIAS3

    pip install gias3

Windows

  1. 如果您想使用内置的可视化模块,请首先安装Mayavi,否则可以跳过此步骤。

    • 如果您使用Anaconda来管理您的Python环境,请使用conda安装Mayavi(例如,conda install mayavi),否则请使用pip(例如,pip install mayavi)。

  2. 如果您想使用GIAS3肌肉骨骼模块,您必须首先将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。否则,您可以跳过此步骤。有关更多信息,请参阅安装OpenSIM

  3. 安装GIAS3

    pip install gias3

安装可选模块

可选的GIAS3模块可以通过传递相应的关键字到pip来包含在安装过程中

  • apps = gias3.applications

  • examples = gias3.examples

  • tests = gias3.testing

  • vis = gias3.visualisation

  • io = gias3.io

  • mapclient = gias3.mapclientpluginutilities

  • musculoskeletal = gias3.musculoskeletal

例如,如果您想包含除默认模块外的模块gias3.applicationsgias3.visualisation,请使用以下命令:

pip install gias3[apps,vis]

安装OpenSIM

要使用GIAS3肌肉骨骼模块,用户必须首先将OpenSIM安装到他们的Python脚本环境中。

首先,从此页面下载OpenSIM。

然后,按照这里的说明将OpenSIM安装到您的Python脚本环境中。

教程

许可证

GIAS3遵循Mozilla公共许可证2.0

项目详情


下载文件

下载您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。

源分布

gias3-3.0.1.tar.gz (8.3 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

gias3-3.0.1-py3-none-any.whl (8.3 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下机构支持