量子化学的几何优化
项目描述
这是一个分子结构的几何优化代码。代码通过封装函数调用外部软件来进行能量和梯度的计算。通过命令行界面支持Q-Chem、TeraChem、Psi4、Molpro、Gaussian 09/16等量子化学代码。PySCF和QCArchive包也提供了geomeTRIC优化的接口。通过命令行界面还支持使用OpenMM和Gromacs的MM优化。
文档托管在 https://geometric.readthedocs.io/ .
作者：王丽平，宋晨晨
贡献者：邱宇东（Psi4引擎，错误处理）；Daniel G. A. Smith（测试框架，QCEngine JSON API）；Sebastian Lee（Molpro引擎）；Chaya Stern（Travis，Conda）；孙启迪（自定义引擎）；Alberto Gobbi（批量能量/梯度，日志记录）；Josh Horton（收敛标准，Gaussian引擎）
联系邮箱： leeping@ucdavis.edu
如果此代码对您的研究有所帮助，请通过引用支持我们
王丽平，宋晨晨 (2016) “通过平移和旋转坐标简化几何优化”，J. Chem, Phys. 144, 214108. http://dx.doi.org/10.1063/1.4952956
快速帮助
包依赖项包括：Python 2.7，3.5+ NumPy，Scipy，NetworkX
要从源代码安装代码，请运行 "python setup.py install"。要从pip安装最新版本，请运行 "pip install geometric"。要从conda-forge安装最新版本，请运行 "conda install -c conda-forge geometric"。
要执行几何优化器，请运行 "geometric-optimize"。使用 "-h" 查看命令行选项列表。
通常，您需要一个 .xyz 文件用于坐标，并在您的系统上安装一个支持的量子化学软件包。
支持的QM软件包包括：TeraChem，Q-Chem，Molpro，Psi4，以及 Gaussian 09/16。支持的MM软件包包括：OpenMM，Gromacs。
请参阅示例计算以了解如何运行代码。
执行代码的命令包含在 "command.sh" 中。
引用
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王立平，宋承才（2016）“使用平移和旋转坐标简化几何优化”，化学物理杂志，144，214108。DOI：10.1063/1.4952956
geometric-1.0.2.tar.gz 的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8d9989ca40a4d079d3e9f00c55bdd894c2b5d195d40d7508bf46ec61f8d46b1a |
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| MD5 | c1ac88fc14df5706fed66865e9bf800c |
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| BLAKE2b-256 | 88921843b9ecf8f21353e571ce3a3e95f171a08345c7e802ceb7c9a4bbe235c4 |