基因组窗口生成器 1.1.0

我该如何安装这个包？

像往常一样，只需使用pip下载即可

pip install genome_windows_generator

测试覆盖率

由于一些处理覆盖率的软件有时会得到略有不同的结果，这里列出了三个

from genome_windows_generator import GenomeWindowsGenerator, NoisyWindowsGenerator

dg = NoisyWindowsGenerator(
    assembly="hg19",
    window_size=200,
    batch_size=3,
    buffer_size=5,
    test_chromosomes=["chr1", "chr5"]
)

方法train, test分别返回训练数据和测试数据的不独立生成器。

这个包主要旨在与keras的fit_generator一起使用。

model.fit_generator(
    epochs=100,
    generator=dg.generator(),
    steps_per_epoch=dg.steps_per_epoch(),
    validation_data=dg.validation_data(),
    validation_steps=dg.validation_steps(),
)