genome-to-sqlite

将您的基因组导入SQLite数据库。

如何安装

$ pip install genome-to-sqlite

如何使用

首先，导出您的基因组。此工具到目前为止仅针对23andMe进行了测试。您可以从https://you.23andme.com/tools/data/download/请求导出您的基因组

现在，您可以像这样将生成的export.zip文件转换为SQLite

$ genome-to-sqlite export.zip genome.db

将显示一个进度条。您可以使用--silent禁用它。

Importing genome  [#----------------]    5%  00:01:33

您可以使用Datasette像这样探索生成数据

$ datasette genome.db --config facet_time_limit_ms:1000

提高分面时间限制对于按染色体分面非常有用

http://127.0.0.1:8001/genome/genome?_facet=chromosome&_sort=position