genial 0.1.0a1

支持的格式

• 输入：BED，GFF3，GTF

• 输出：BED

脚本

为了方便，我们提供了两个命令行工具： annotParser.py 和 annotMergeSmallGap.py。

$ annotParser.py -h
usage: annotParser.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-f {gff3,gtf,bed}]
                      [-t {extb,bed}] [-n MIN_EXON_COUNT]
                      [-igs IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN]
                      [-igb IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN] [-v]

Parse, filter and convert annotation files

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        input file. to read from pipe, use the argument
                        'stdin'
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        output file
  -f {gff3,gtf,bed}, --input_format {gff3,gtf,bed}
                        input file format
  -t {extb,bed}, --output_format {extb,bed}
                        output file format
  -n MIN_EXON_COUNT, --min_exon_count MIN_EXON_COUNT
                        min number of exons
  -igs IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN, --ignore_gaps_smaller_than IGNORE_GAPS_SMALLER_THAN
  -igb IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN, --ignore_gaps_bigger_than IGNORE_GAPS_BIGGER_THAN
  -v, --invert_match    select non matching annotations (similar to grep -v)

$ annotMergeSmallGaps.py -h
usage: annotMergeSmallGaps.py [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-f {gff3,bed,gtf}]
                              [-t {extb,bed}] [-s SMALL_GAP_SIZE]

Merge exons separated by small gaps. Can also be used to convert different
kinds of annotations.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        input file. to read from pipe, use the argument
                        'stdin'
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        output file
  -f {gff3,bed,gtf}, --input_format {gff3,bed,gtf}
                        input file format
  -t {extb,bed}, --output_format {extb,bed}
                        output file format
  -s SMALL_GAP_SIZE, --small_gap_size SMALL_GAP_SIZE
                        gap size.

上述脚本也可以用于将不同类型的注释文件进行转换。通过导入库可以实现更高级的使用。

安装说明

在Ubuntu上全局安装

sudo apt-get install python3-pip
sudo pip3 install genial

致谢

我想感谢我的朋友，Lucas Silva 和 David Pires，他们在我学习Python和软件开发的过程中提供了很多帮助和鼓励。没有他们，我几乎找不到这么多乐趣来编码，这个项目也不会出现。我还感谢 Marcelo Reis 帮助我为这个库命名 :D