基因的VICC标准化程序
项目描述
基因标准化器
概述
基因标准化器提供了解决模糊的人类基因引用到一致结构化、标准化术语的工具。对于从NCBI Gene、Ensembl和HGNC提取的基因概念，它指定一个CURIE，并提供额外的元数据，如当前和以前使用的符号、别名、数据库交叉引用和关联以及坐标。
安装
Gene Normalizer 可在 PyPI 上找到
python3 -m pip install gene-normalizer
有关安装选项和数据设置要求，请参阅文档中的 安装说明
示例
使用 实时服务 以编程方式规范化基因术语，如下例所示（示例已截断）
$ curl 'https://normalize.cancervariants.org/gene/normalize?q=BRAF' | python -m json.tool
{
"query": "BRAF",
"match_type": 100,
"normalized_id": "hgnc:1097",
"gene": {
"type": "Gene",
"id": "normalize.gene.hgnc:1097"
"label": "BRAF",
"gene_id": "hgnc:1097",
"aliases": [
"BRAF1",
"B-RAF1",
"NS7",
"RAFB1",
"B-raf",
"BRAF-1"
]
}
# ...
}
或使用 Python API 进行快速访问
>>> from gene.database import create_db
>>> from gene.query import QueryHandler
>>> q = QueryHandler(create_db())
>>> result = q.normalize("KRAS")
>>> result.normalized_id
'hgnc:6407'
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源分布
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构建分布
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | c78edcee0875893c5d66048d3be7bcb5caad73cf07039d3ebc4a975778c8d06c |
|
| MD5 | def1a6df4d3c91e66d0b0db01e701cd4 |
|
| BLAKE2b-256 | 43cb9e2a53c62cf9061965032abe355e3162b4e063983fa3701dbb52b7e97c04 |
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gene_normalizer-0.4.1-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | c353f4549e9fd87f4e0aa47110b12a507c7af86cff8b24b1b574c8cbb57646f3 |
|
| MD5 | ddc7445900d82273747d69619f3bf7f3 |
|
| BLAKE2b-256 | ac6b7fcd19965c2cdce1b97d51dea910103f5f297b5dcc8282bbfbeb130ae53f |
