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Galaxy XML生成库

项目描述

这些库将支持构建Tool XML和Tool Dependencies XML。如果您有兴趣支持Galaxy支持的任何其他XML,请创建一个issue或PR。

已知错误

  • 没有唯一名称的验证

  • 重复项未正确命名

  • 条件/whens未正确命名

  • 在CLI中未处理条件

许可证

  • Apache许可证,第2版

变更日志

  • 0.5.2

    • 调试构建

  • 0.5.1

    • 调试构建

  • 0.5.0

    • 添加对toolprofile的支持 (@fubar2)

    • 删除默认stdio添加 (@fubar2)

    • Github Actions (@bernt-matthias)

  • 0.4.14

    • 修复TestRepeats (@fubar2)

  • 0.4.13

    • 添加TestOutputCollection、TestRepeat和测试(感谢 @fubar2)

  • 0.4.12

    • 为planemo正确排序元素(感谢 @fubar2)

    • 在加载工具时正确读取stdio(感谢 @fubar2)

  • 0.4.11

    • 更新到命令行覆盖(感谢 @fubar2)

  • 0.4.10

    • 允许覆盖命令行以支持位置参数(感谢 @fubar2)

  • 0.4.9

    • 修复文本参数的引号(感谢 @fubar2!)

  • 0.4.8

    • 修复travis部署过程

    • 修复测试

    • 仅py36

  • 0.4.6

    • 弃用py2

    • 将版本命令包装在CDATA中

  • 0.4.5

    • 错误修复

      • 将捕获的错误写入日志而不是STDOUT

      • 修复Travis:安装 xmllint

      • 修复Travis:处理新的 flake8 异常限制

  • 0.4.3

    • 错误修复

      • 允许在 <outputs> 中的 <data> 内使用 <discover_dataset>

      • 允许导入没有描述的现有XML

  • 0.4.2

    • 添加检查EDAM和引用存在的方法(感谢 @khillion)

  • 0.4.0

    • 添加导入现有Galaxy xml的功能

  • 0.3.3

    • @khillion 实现了以下功能

      • <options><filter><column>

      • <container> 用于 <requirements>

      • 开始添加 <tests> 部分

      • <inputs> 中的 <section>

      • <outputs> 中的 <collection><discover_datasets>

    • 请注意,tool.parameters.OutputParam() 已更改为 tool.parameters.OutputData()

  • 0.3.2

    • configfiles (#8)

  • 0.3.0

    • Travis在新标签上自动部署

    • 测试

    • p3k

  • 0.2.3

    • 第一个广泛使用/稳定版本

项目详情


下载文件

下载适用于您平台的自定义文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于 安装包 的信息。

源分布

galaxyxml-0.5.3.tar.gz (20.0 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

galaxyxml-0.5.3-py3-none-any.whl (23.9 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持者

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