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Galaxy支持云爆发的库。

项目描述

Documentation Status

GalaxyCloudRunner允许将用户作业扩展到Galaxy应用程序的远程计算资源。它提供了一种动态作业运行器,可以插入Galaxy。

概述

GalaxyCloudRunner允许将用户作业扩展到Galaxy应用程序的远程计算资源。它提供了一些动态作业规则,可以插入Galaxy,使Galaxy能够向远程云节点提交作业。

工作原理

GalaxyCloudRunner提供了一系列规则,可以通过job_conf.xml插入Galaxy。一旦配置完毕,您可以将作业自动路由到云上运行的远程Pulsar节点。GalaxyCloudRunner将通过查询CloudLaunch API来发现可用的Pulsar节点。添加新节点只需要访问CloudLaunch网站并在您选择的云上启动新的Pulsar节点。

入门

使用GalaxyCloudRunner入门是一个简单的过程。

  1. 首先,通过pip install galaxycloudrunner将galaxycloudrunner安装到Galaxy的虚拟环境中。
  2. 为Galaxy添加一个作业规则,以确定要路由到的Pulsar节点。
  3. 配置job_conf.xml以使用此规则。
  4. 通过CloudLaunch启动您需要的Pulsar节点。
  5. 按常规提交作业。

有关详细说明,请参阅:https://galaxycloudrunner.readthedocs.io/

开发者安装

克隆源代码仓库,并使用开发依赖项安装库。

git clone https://github.com/CloudVE/galaxycloudrunner.git
cd galaxycloudrunner
pip install --upgrade .[dev]

要本地构建HTML文档,请运行以下命令。构建的站点将在docs/_build/html中可用。

cd docs
make html

贡献

欢迎对项目的任何部分做出贡献。如果您有一个全新的想法,或者想在实施之前讨论您的想法,请自由创建一个问题以开始讨论。

贡献应以拉取请求的形式提交。代码需要良好的文档,所有方法都有文档字符串。我们主要遵循80字符行、4个空格缩进(使用空格而不是制表符)、明确、每行一个导入等PEP8风格指南。请保持与项目其他部分的风格一致。

发布流程

  1. 更新setup.py中的任何依赖项,并提交更改。
  2. 根据semver规则,在galaxycloudrunner/__init__.py中递增库版本号。
  3. 将发布说明添加到CHANGELOG.rst中,将最新的提交哈希添加到更改日志中。可以使用git shortlog <last release hash>..HEAD获取提交列表。

项目详情


下载文件

下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分发

galaxycloudrunner-0.3.0.tar.gz (6.2 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

galaxycloudrunner-0.3.0-py2.py3-none-any.whl (7.7 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 2 Python 3

支持者

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