Galaxy支持云爆发的库。
项目描述
GalaxyCloudRunner允许将用户作业扩展到Galaxy应用程序的远程计算资源。它提供了一种动态作业运行器,可以插入Galaxy。
概述
GalaxyCloudRunner允许将用户作业扩展到Galaxy应用程序的远程计算资源。它提供了一些动态作业规则,可以插入Galaxy,使Galaxy能够向远程云节点提交作业。
工作原理
GalaxyCloudRunner提供了一系列规则,可以通过job_conf.xml
插入Galaxy。一旦配置完毕,您可以将作业自动路由到云上运行的远程Pulsar节点。GalaxyCloudRunner将通过查询CloudLaunch API来发现可用的Pulsar节点。添加新节点只需要访问CloudLaunch网站并在您选择的云上启动新的Pulsar节点。
入门
使用GalaxyCloudRunner入门是一个简单的过程。
- 首先,通过
pip install galaxycloudrunner
将galaxycloudrunner安装到Galaxy的虚拟环境中。 - 为Galaxy添加一个作业规则,以确定要路由到的Pulsar节点。
- 配置
job_conf.xml
以使用此规则。 - 通过CloudLaunch启动您需要的Pulsar节点。
- 按常规提交作业。
有关详细说明,请参阅:https://galaxycloudrunner.readthedocs.io/
开发者安装
克隆源代码仓库,并使用开发依赖项安装库。
git clone https://github.com/CloudVE/galaxycloudrunner.git
cd galaxycloudrunner
pip install --upgrade .[dev]
要本地构建HTML文档,请运行以下命令。构建的站点将在docs/_build/html
中可用。
cd docs
make html
贡献
欢迎对项目的任何部分做出贡献。如果您有一个全新的想法,或者想在实施之前讨论您的想法,请自由创建一个问题以开始讨论。
贡献应以拉取请求的形式提交。代码需要良好的文档,所有方法都有文档字符串。我们主要遵循80字符行、4个空格缩进(使用空格而不是制表符)、明确、每行一个导入等PEP8风格指南。请保持与项目其他部分的风格一致。
发布流程
- 更新
setup.py
中的任何依赖项,并提交更改。 - 根据semver规则,在
galaxycloudrunner/__init__.py
中递增库版本号。 - 将发布说明添加到
CHANGELOG.rst
中,将最新的提交哈希添加到更改日志中。可以使用git shortlog <last release hash>..HEAD
获取提交列表。
项目详情
关闭
哈希值 for galaxycloudrunner-0.3.0-py2.py3-none-any.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | e2a3fe1c23eb398ecbf7b2b75d6082895cfce2a9fc0873dac5943f15a20afd5e |
|
MD5 | 238ca8f04d22e45fd7357a984bdc213d |
|
BLAKE2b-256 | c88986b574dce48f1817fb81753c879549da4bb431b8376b736b8d9072477930 |