galaxy-web-apps 24.1.2

由@ahmedhamidawan在#18479中提供的重置密码电子邮件的通用消息

由@davelopez在#18521中修复作业索引API中的视图参数类型

由@mvdbeek在#18526中在运行提供者检查之前检查数据集是否有任何数据

由@mvdbeek在#18569中如果找不到ldda则引发适当的异常

由@mvdbeek在#18629中在请求结束时关闭安装模型会话

由@mvdbeek在#18640中修复未提供会话时的resume_paused_jobs

由@mvdbeek在#18661中修复从历史记录中提取工作流，当隐式收集没有作业时

由@mvdbeek在#18672中在跟踪非就绪显示应用程序的链接时返回错误

由@mvdbeek在#18683中仅在oidc启用时加载authnz路由

由@mvdbeek在#18685中对文件源和对象存储实例API进行修复

由@jdavcs在#18694中修复在管理员中按最后登录排序用户

由@dannon在#18733中修复恢复暂停作业响应处理

由@mvdbeek在#18798中修复选择数据输出上的错误扩展名

由@mvdbeek在#18841中收紧TRS URL检查

由@itisAliRH在#18842中修复工作流索引书签过滤器

由@mvdbeek在#18846中将磁盘检查扩展到运行、排队和错误状态

由@natefoo在#18471中将default_panel_view变为_by_host选项

由@mvdbeek在#18856中修复检查数据集检查

由@bernt-matthias在#17850中修复API上传的临时上传文件的权限

由@dcore94在#18085中对动态工具进行修复

由@nsoranzo在#18199中撤销某些请求导入更改

由@jmchilton在#18246中对用户数据插件进行小错误修复

由@nsoranzo在#18301中修复各种软件包的问题

由@martenson在#16645中删除已弃用的BCO导出端点

由@jmchilton在#17225中实现页面对象访问性对话框

通过@jmchilton在#17500中启用对象存储进行存储管理

由@nsoranzo在#17630中提供类型注解和CWL相关改进

由@galaxybot在#17653中更新Python依赖

由@nsoranzo在#17654中进行ruff和pyupgrade代码清理

由@jdavcs在#17778中实现SQLAlchemy 2.0

由@davelopez在#17914中添加电子邮件通知通道

由@jdavcs在#17958中进行模型类型化和SA2.0后续工作

由@mvdbeek在#17974中删除未使用的流程控制器方法

由@nsoranzo在#17991中启用warn_unused_ignores mypy选项

由@mvdbeek在#18003中将galaxy添加到用户代理

由@guerler在#18016中整合可视化容器，避免使用默认iframe

由@davelopez在#18059中将分页支持添加到文件源插件

由@galaxybot在#18063中更新Python依赖

由@nsoranzo在#18067中启用flake8-implicit-str-concat ruff规则

由@ahmedhamidawan在#18088中使用GridList将InvocationsList更改为网格

由@jmchilton在#18127中允许用户自带存储和文件源

由@jmchilton在#18172中增强用户对象存储和文件源创建的安全性

由@davelopez在#18234中删除切换到不可变历史记录的限制

由@jmchilton在#18291中对用户数据对象进行更结构化的索引

由@ahmedhamidawan在#18378中允许运行和编辑特定版本的流程

由@davelopez在#18344中修复重用变量中的类型问题

由@martenson在#17818中不展开已知的不可访问的数据集

由@jdavcs在#18094中在下载期间元素缺失时引发异常

由@mvdbeek在#18105中允许使用purge查询参数，弃用purge正文参数

由@ahmedhamidawan在#18192中防止匿名和不活跃用户运行工作流程

由@davelopez在#18200中修复与不可变历史记录一起的“make all histories private”问题

由 @mvdbeek 修复了表格式文件的 pca 3D 渲染和一般可视化错误处理，相关代码在 #18211

由 @mvdbeek 检查尝试访问数据集内容时的数据集状态，相关代码在 #18214

由 @mvdbeek 限制对非终止作业的 job_files 访问，相关代码在 #18217

由 @mvdbeek 在访问已删除的输入文件时引发适当的异常，相关代码在 #18223

由 @mvdbeek 修复了尚未填充的集合的元素序列化，相关代码在 #18235

由 @mvdbeek 如果用户匿名且需要登录时跳过新历史记录的创建，相关代码在 #18319

由 @davelopez 修复了列出用户时用户 API 序列化问题，相关代码在 #18329

由 @davelopez 修复了匿名用户查询作业时的认证错误，相关代码在 #18333

由 @mvdbeek 不将清除的输出复制到对象存储，相关代码在 #18342

由 @davelopez 修复了匿名用户作业检索逻辑，相关代码在 #18358

由 @davelopez 修复了更新组 API 有效负载模型，相关代码在 #18374

由 @mvdbeek 删除了工作流程名称和注释的不必要的转义，相关代码在 #18376

由 @mvdbeek 降低预期可视化错误的日志级别，相关代码在 #18229

由 @mvdbeek 修复了编辑器中的工具版本切换问题，相关代码在 #17858

由 @mvdbeek 修复了在特定历史记录上运行工作流程表单失败的问题，相关代码在 #17869

由 @mvdbeek 确保偏移量和限制永远不会为负，相关代码在 #18044

由 @davelopez 修复了批量操作后的历史更新时间，相关代码在 #18068

由 @mvdbeek 添加了记录请求开始和结束的中间件，相关代码在 #18046

由 @mira-miracoli 表示 tus 需要 v2.0.0 的 json 响应，相关代码在 #17246

由 @davelopez 修复了配额 ID 编码问题，相关代码在 #17335

由 @nsoranzo 对 flake8-bugbear 24.1.17 进行了修复，相关代码在 #17340

由 @wm75 修复了 data_source 和 data_source_async 的错误，相关代码在 #17422

仅在 /api/{history_dataset_collection_id}/contents/{dataset_collection_id} 中检查访问权限，由 @ahmedhamidawan 在 #17444 提出。

创建新会话时，由 @mvdbeek 将默认历史与会话关联，#17557。

由 @mvdbeek 修复工具存储web应用，#17597。

由 @nsoranzo 防止对无效会话两次调用 get_or_create_default_history()，#17613。

由 @ahmedhamidawan 修复工具面板工作流程和收藏按钮的bug，#17634。

由 @mvdbeek 修复 DataResult 类型，#17639。

由 @mvdbeek 防止匿名 /api/invocations 的500错误，#17640。

由 @mvdbeek 防止匿名 /api/users 请求失败，#17645。

由 @mvdbeek 限制新的匿名历史，#17657。

由 @davelopez 修复 histories API index_query 序列化，#17726。

由 @ahmedhamidawan 处理数据集缺失的索引器，#17736。

由 @mvdbeek 不要求历史记录计算匿名磁盘使用，#17765。

由 @mvdbeek 再次修复匿名用户值，#17772。

由 @dannon 修复在远程或单用户模式下创建新默认历史记录，#17796。

由 @mvdbeek 在 display_by_username_and_slug 中首先返回已发布的记录，#17808。

由 @davelopez 修复存档历史记录与活动记录在历史列表中的混合，#17856。

由 @itisAliRH 添加新的工作流程列表和卡片视图，#16607。

由 @martenson 将调用API移植到 fastapi，#16707。

由 @mr-c 将最低要求设置为 Python 3.8，#16954。

由 @nuwang 支持OIDC API认证和OIDC集成测试，#16977。

由 @jmchilton 向 Galaxy markdown 指令添加声明性帮助，#16979。

由 @guerler Vueify 管理员用户网格，#17030。

由 @davelopez 从工具中移除网络框架依赖，#17058。

由 @guerler Vueify 管理员角色网格，#17118。

SA2.0 更新：处理“对象正在通过后向引用级联路径合并到会话中”，由 @jdavcs 提出，#17122。

由 @guerler Vueify 管理员组网格，#17126。

面向 SQLAlchemy 2.0：通过 @jdavcs 在 #17132 中修复了 RemovedIn20Warning 的最后几个案例

由 @guerler 实现 Vueify 管理表单和配额网格 #17141

将数据集额外文件存储迁移到 Pinia @davelopez 在 #17145

创建用于显示操作的返回 pydantic 模型 - 获取：/api/jobs/{job_id} @heisner-tillman 在 #17153

从管理面板中删除旧工具版本列表 @guerler 在 #17155

不要求管理员用户列出 /api/tool_data @jozh2008 在 #17161

用 fastapi.APIRouter 代替 fastapi-utils.InferringRouter @jdavcs 在 #17184

将 fastapi-utls.cbv 商业化 @jdavcs 在 #17205

Vueifiy 历史网格 @guerler 在 #17219

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系 #17235

重构两个缺失的调用路由到 FastAPI @heisner-tillman 在 #17237

允许作业文件消费 TUS 上传 @jmchilton 在 #17242

将模型迁移到 pydantic 2 @mvdbeek 在 #17262

在历史网格中添加删除、清除和恢复批量操作 @guerler 在 #17282

修复工具数据文件路径的类型 @mvdbeek 在 #17293

API 端点允许在“安全”场景下“更改”对象存储 @jmchilton 在 #17329

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系 #17333

将历史索引端点的旧 qv-pattern 和高级过滤模式合并 @guerler 在 #17368

更新到 black 2024 稳定样式 @nsoranzo 在 #17391

用数据对话框替换 Trackster 网格，删除 Phyloviz、Circster 和 Sweepster @guerler 在 #17415

删除过时的网格控制器和骨架模块 @guerler 在 #17434

允许将工具数据包用作参考数据选择参数的输入 @mvdbeek 在 #17435

使存储显示部分现代化 @jmchilton 在 #17436

用户界面允许将数据集“迁移”到新的对象存储（当安全时）@jmchilton 在 #17437

重构工作流 API 路由 - 第 1 部分 @heisner-tillman 在 #17463

通过 @guerler 在 #17487 将资源网格合并到标签视图

显示工作流调用次数。由 @jmchilton 在 #17488 实现

由 @guerler 在 #17505 删除遗留的历史 xml makos

由 @mira-miracoli 在 #17510 添加编码 ID API 端点

修复数据源工具并递增工具配置文件由 @wm75 在 #17515 实现

由 @mvdbeek 在 #17558 过滤子工作流调用

由 @jmchilton 在 #17566 链接到单个调用

通过 @davelopez 在 #17779 恢复历史 API 的 keys 查询参数行为

通过 @davelopez 在 #17793 修复数据集 API 自定义键编码

通过 @jdavcs 在 #16553 修复将 to_dict 重命名为 FormDefintion 中的 populate 以修复错误

通过 @davelopez 在 #16561 修复：直接从 API 序列化 tool_shed_urls

通过 @afuetterer 在 #16851 修复拼写错误

通过 @ahmedhamidawan 在 #16872 恢复 ToolsApi 并为新的面板结构创建新的 API 路由

通过 @nsoranzo 在 #16884 进行 Ruff 和 flake8 修复

通过 @nsoranzo 在 #17144 使创建标签 API 的有效负载再次可选

通过 @mvdbeek 在 #17227 修复显示应用程序链接生成

通过 @mvdbeek 在 #17233 修复显示应用程序和测试

通过 @mvdbeek 在 #17400 在流式传输数据集集合存档时尊重 upstream_gzip 设置

通过 @davelopez 在 #17433 修复历史批量操作菜单条件

通过 @mvdbeek 在 #17459 仅在 /api/{history_dataset_collection_id}/contents/{dataset_collection_id} 检查访问权限

通过 @mvdbeek 在 #17474 在数据集关联上设置元数据状态，而不是数据集本身

通过 @mvdbeek 在 #17497 为每个 ASGI 请求提供工作的 routes.url_for

通过 @jmchilton 在 #15639 实现 Tool Shed 2.0

通过 @claudiofr 在 #16232 限制每个用户每秒的 celery 任务执行次数

在由@mvdbeek通过#16252取消调用时删除非终端作业和子工作流调用

通过@jdavcs向SQLAlchemy 2.0（升级到SA Core使用）过渡 #16264

由@itisAliRH开发的“通知”管理面板 #16278

通过@heisner-tillman将云API迁移到Fast API #16296

通过@dannon删除（仅管理员）userskeys控制器 #16318

通过@heisner-tillman将用户API的一部分迁移到Fast API #16341

通过@davelopez添加Invenio RDM存储库集成 #16381

通过@davelopez重构FilesDialog + Remote Files API模式改进 #16420

通过@jdavcs将SQLAlchemy 2.0升级到/lib中的ORM使用 #16434

通过@galaxybot更新Python依赖项 #16436

由@ElectronicBlueberry发布的“工作流程共享页面”全面改版 #16510

通过@mvdbeek调整工具内存使用并优化在预加载时使用的共享内存 #16536

通过@galaxybot更新Python依赖项 #16577

由@ElectronicBlueberry开发的工作流程评论 💬 #16612

通过@jmchilton将工作流程图像和许可证添加到Galaxy Markdown中 #16672

通过@jmchilton在Galaxy Markdown中实现实例URL #16675

通过@davelopez增强任务监控的可组合性 #16695

通过@jdavcs升级SQLAlchemy 2.0（第2部分） #16724

通过@davelopez将“集合元素”存储迁移到Pinia #16725

通过@ahmedhamidawan重构工具面板视图结构并将ToolBox和ToolBoxWorkflow合并为一个组件 #16739

通过@nsoranzo在test_dataset_collection_hide_originals中不要复制集合元素 #16747

通过@jdavcs删除遗留的服务器端搜索 #16755

通过@heisner-tillman将作业API的一部分迁移到Fast API #16778

通过@SergeyYakubov将文件名属性替换为get_file_name函数 #16783

更新基于路径的交互式工具，包括入口点路径注入、支持具有相对链接的IT、缩短的URL、文档和配置更新以及Podman作业_conf，通过@sveinugu #16795

由 @ElectronicBlueberry 在 #16798 中实现的 Galaxy 帮助论坛集成

SQLAlchemy 2.0 升级（第 4 部分）由 @jdavcs 在 #16852 中

Vueify 可视化网格由 @guerler 在 #16892 中

将 api/tool_panel 改为 api/tool_panels/… 由 @ahmedhamidawan 在 #16928 中

移除“创建工作流”表单，并允许在编辑器中创建工作流由 @ahmedhamidawan 在 #16938 中

更新 API tool_panels 路由条件由 @dannon 在 #16991 中

修复调用报告以针对正确的工作流版本。由 @jmchilton 在 #17008 中

将作业管理器的 index_query 方法升级到 SA2.0 由 @jdavcs 在 #17020 中

保存工作流时要求提供名称，默认为“未命名工作流”由 @ahmedhamidawan 在 #17038 中

将组 API 迁移到 fastAPI 由 @arash77 在 #17051 中

将 ItemTags API 迁移到 FastAPI 由 @arash77 在 #17064 中

将 23.1 合并到 dev 由 @mvdbeek 在 #16534 中

修复 succces 错别字由 @mvdbeek 在 #17481 中

提供错误消息而不是内部服务器错误由 @mvdbeek 在 #16905 中

修复通知中的输入日期：考虑时区偏移由 @davelopez 在 #17088 中

为 job_files 端点添加 HEAD 路由由 @mvdbeek 在 #17072 中

创建 ToolSuccess 路由并重构组件由 @ahmedhamidawan 在 #15484 中

修复用户 API 中的提前返回问题由 @martenson 在 #15781 中

确保会话对于旧端点是请求作用域的由 @jdavcs 在 #16207 中

允许对 api/datasets/get_content_as_text 的匿名访问由 @martenson 在 #16226 中

修复表单构建器的值处理由 @guerler 在 #16304 中

修复标签所有权问题由 @davelopez 在 #16339 中

修复历史计数由 @davelopez 在 #16400 中

将数据类型编辑的默认值从字符串列表更改为字符串由 @mvdbeek 在 #16591 中

由 @mvdbeek 在 #16601 中修复了 mem 工具的回滚工具

由 @mvdbeek 在 #16604 中优化获取当前用户会话

由 @mvdbeek 在 #16605 中删除 RecursiveMiddleware

由 @mvdbeek 在 #16705 中仅对终端数据集列出额外文件

由 @mvdbeek 在 #16717 中默认复制集合内容时复制集合

由 @mvdbeek 在 #16836 中修复本地工具版本处理

由 @davelopez 在 #16879 中修复删除集合 + 元素

由 @jmchilton 在 #14073 中赋予用户选择存储目标的能力

由 @davelopez 在 #14820 中为历史记录添加存储仪表板可视化

外部登录流程：如果帐户已存在则重定向用户 by @ahmedhamidawan in #15019

由 @jmchilton 在 #15247 中进行各种工具棚清理

由 @davelopez 在 #15295 中添加存储管理 API

由 @SergeyYakubov 在 #15300 中使用 OIDC tokens

由 @jarrah42 在 #15394 中添加支持可视化 HDF5 数据集

朝着 SQLAlchemy 2.0 进发：删除 session autocommit 设置 by @jdavcs in #15421

由 @galaxybot 在 #15435 中更新 Python 依赖项

由 @nuwang 在 #15497 中统一处理文件来源的 url

由 @davelopez 在 #15510 中探索工具远程测试数据

由 @galaxybot 在 #15564 中更新 Python 依赖项

由 @dannon 在 #15576 中删除 workflow 导出到 myexperiment.org

由 @davelopez 在 #15663 中添加 Galaxy 通知系统

在 Galaxy API 文档中提及 OpenAPI 文档 by @bernt-matthias in #15713

由 @davelopez 在 #15739 中修复/增强重新计算磁盘使用率 API 端点

由 @galaxybot 在 #15890 中更新 Python 依赖项

由 @davelopez 在 #16003 中添加历史存档功能

由 @nsoranzo 在 #16035 中从 ruff 和 pyupgrade 进行代码清理

由 @jmchilton 在 #16069 中进行数据集分块测试（和一些小修复）

通过@ahmedhamidawan在#16084中实现按分页存储历史记录。

允许通过@martenson在#16113中请求元数据文件的HEAD请求。

通过@martenson在#16136中添加查看与历史相关的调用的选项。

通过@davelopez在#16143中改进历史和数据集的不可变性检查。

通过@heisner-tillman在#16156中将显示应用程序API迁移到Fast API。

通过@martenson在#16163中调整网格共享指示器。

通过@mvdbeek在#16199中删除各种回退行为。

通过@martenson在#16209中将（发布）页面上的网格与工作流程对齐。

通过@jmchilton在#16220中对小型测试装饰器进行改进。

通过@mvdbeek在#16246中在UI控制器中对缺失的参数或未使用的参数不报错。

通过@galaxybot在#16267中更新Python依赖。

通过@davelopez在#16473中修复存储仪表板中缺少存档历史记录的问题。

通过@davelopez在#16475中在保存的历史记录中添加缺失的存档过滤器。

通过@mvdbeek在#16606中删除WebTransactionRequest中的expunge_all()调用。

通过@jmchilton在#15654中跟进对象存储选择PR。

通过@jmchilton在#15709中对新的对象存储和配额API进行调整。

通过@davelopez在#15740中修复API文档中的枚举。

通过@jmchilton在#15795中修复配额源标签错误并改进。

通过@martenson在#15830中将release_23.0合并到dev。

通过@martenson在#15854中将release_23.0合并到dev。

通过@nsoranzo在#15902中将23.0合并到dev。

通过@mvdbeek在#16299中修复通过kombu消息重新计算配额的问题。

通过@nsoranzo在#16284中修复将枚举值转换为str以支持Python 3.11的问题。

在导入工具数据包时，使用由 @natefoo 提供的第一个 loc 文件进行匹配表，详见 #16247