galaxy-upload 1.0.1

安装

$ pip install galaxy-upload

$ python3 -m venv ~/galaxy-upload
$ . ~/galaxy-upload/bin/activate
$ pip install galaxy-upload

$ conda create -n galaxy-upload -c conda-forge -c bioconda galaxy-upload
$ conda activate galaxy-upload

$ docker run -it --rm -v "$(pwd):$(pwd)" -w "$(pwd)" -u "$(id -u):$(id -g)" \
    quay.io/biocontainers/galaxy-upload:1.0.0--pyhdfd78af_0 /bin/bash

$ docker run --rm -v "$(pwd):$(pwd)" -w "$(pwd)" -u "$(id -u):$(id -g)" \
    quay.io/biocontainers/galaxy-upload:1.0.0--pyhdfd78af_0 galaxy-upload

$ singularity run https://depot.galaxyproject.org/singularity/galaxy-upload:1.0.0--pyhdfd78af_0

$ singularity run https://depot.galaxyproject.org/singularity/galaxy-upload:1.0.0--pyhdfd78af_0 galaxy-upload

用法

上传一对fastq.gz文件

$ galaxy-upload --url https://usegalaxy.org \
    --api-key 70ffeec0ffeea11e1eaccede1337loaf --history-name 'Run 2' \
    RUN2_F_001.fastq.gz RUN2_R_001.fastq.gz
RUN2_F_001.fastq.gz ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 100/100 mB ? eta 0:00:00
RUN2_R_001.fastq.gz ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 100/100 mB ? eta 0:00:00

必需的参数是Galaxy服务器URL、API密钥以及历史ID或名称。您可以在登录后通过导航到 用户 ⮕ 偏好设置 ⮕ 管理API密钥 在Galaxy UI中找到API密钥。

您可以将URL和API密钥选项作为环境变量设置，以避免重新输入，并防止密钥在 ps(1) 输出中对其他用户可见。

$ export GALAXY_URL=https://usegalaxy.org
$ export GALAXY_API_KEY=70ffeec0ffeea11e1eaccede1337loaf
$ galaxy-upload --history-name stuff reads.bam

在选择按名称选择历史记录时，使用正则表达式进行匹配。如果名称匹配多个历史记录，galaxy-upload 将退出并输出有关匹配的历史记录的详细信息，然后退出并显示错误。然后您可以使用 --history-id 选项选择正确的历史记录ID。

$ galaxy-upload --history-name stuff reads.bam
                          Active Histories
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ ID               ┃ Name        ┃ Last Modified            ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ 70ffeec0ffeead07 │ Newer stuff │ Mon Jul 11 15:54:05 2022 │
│ a11e1eaccedeble8 │ Older stuff │ Wed May 25 18:03:46 2022 │
└──────────────────┴─────────────┴──────────────────────────┘
ERROR: Multiple histories matching stuff found! Use --history-id to select one.
$ galaxy-upload --history-id 70ffeec0ffeead07 reads.bam
reads.bam ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.6/3.6 gB ? eta 0:00:00

如果您想在不上传的情况下查找正确的历史记录，请使用 galaxy-history-search 命令。可以使用 --ignore-case 选项进行不区分大小写的搜索。

$ galaxy-history-search --ignore-case trinity
                           Active Histories
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ ID               ┃ Name                  ┃ Last Modified            ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ 084649feb42d4295 │ : test trinity inputs │ Wed Dec  9 10:02:35 2020 │
│ f697f94ca47080cf │ automate_trinity      │ Mon Dec 21 17:40:24 2015 │
│ c79278c7a37e619e │ TrinityRun            │ Fri Mar 10 14:21:56 2017 │
│ ee31286b26ff3352 │ trinity               │ Wed Sep 30 09:04:03 2020 │
└──────────────────┴───────────────────────┴──────────────────────────┘

支持正则表达式，例如，仅查找以 trinity 结尾的历史记录。

$ galaxy-history-search --ignore-case 'trinity$'
                         Active Histories
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━┳━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ ID               ┃ Name             ┃ Last Modified            ┃
┡━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━╇━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┩
│ f697f94ca47080cf │ automate_trinity │ Mon Dec 21 17:40:24 2015 │
│ ee31286b26ff3352 │ trinity          │ Wed Sep 30 09:04:03 2020 │
└──────────────────┴──────────────────┴──────────────────────────┘

多个选项与Galaxy UI的上传对话框中的选项相同，包括 --file-type、--dbkey 和 --space-to-tab。可以使用 --file-name 选项在上传单个文件时控制历史记录中的文件名（默认情况下，它将与本地文件系统上的名称相同）。

要支持中断上传的恢复，请使用 --storage 选项指向状态文件（如果不存在，将创建它）。

$ galaxy-upload --file-type bam --file-name Reads --storage /data/upload.txt /data/reads.bam

如果上传中断，只需重复相同的命令即可从中断点恢复上传。

请注意，如果您尝试重新上传（而不是继续）之前已经上传过的文件，您需要从存储文件中删除它或使用不同的存储文件。

1.0.1

• 由 @natefoo 在 https://github.com/galaxyproject/galaxy-upload/pull/7 中使用 conda 和容器安装/使用文档

• 由 @natefoo 在 https://github.com/galaxyproject/galaxy-upload/pull/9 中使用 click 强制要求文件参数存在

• 由于 upload_chunk() 问题，将 tuspy 固定在 !=1.0.1。由 @natefoo 在 https://github.com/galaxyproject/galaxy-upload/pull/10 中

1.0.0

• 初始版本

0.0.1

• 初始预发布版本，供评论和测试使用