银河工具和工具依赖工具
项目描述
概述
银河工具实用程序。
历史
24.1.2 (2024-09-25)
错误修复
在ApiBiotoolsMetadataSource._raw_get_metadata中处理所有请求错误，由@nsoranzo在#18510修复
允许在静态定义的集合元素中使用 change_format 和 actions，并通过 @bernt-matthias 在 #18605 中中断递归
增强功能
24.1.1 (2024-07-02)
错误修复
由 @kostrykin 在 #17752 中修复 galaxy.xsd 中的错误
由 @kostrykin 在 #17754 中修复 assert_has_image_n_labels 中的错误
通过 @bernt-matthias 在 #18252 中删除工具 xml 叶子的未剥离文本内容的 linter
增强功能
通过 @bernt-matthias 在 #16885 中添加测试和文档，展示动态选择的使用方法
通过 @kostrykin 在 #17581 中添加用于图像测试输出验证的内容断言 XML 标签
通过 @bernt-matthias 在 #17596 中在容器中自动绑定 galaxy_data_manager_data_path
通过 @galaxybot 在 #17653 中更新 Python 依赖
工具 linter：通过 @bernt-matthias 在 #17655 中检查有效的 bio.tools 条目
工具 linter：通过 @bernt-matthias 在 #17656 中检查未剥离文本内容的叶子节点
通过 @kostrykin 在 #17797 中添加对浮点 TIFF 文件的支持，以验证基于图像的工具输出
通过 @bernt-matthias 在 #17839 中添加对有效 EDAM 术语的工具 linting
通过 @kostrykin 在 #17866 中为 image_diff 比较方法添加 pin_labels 属性
通过 @bernt-matthias 在 #18018 中记录访问 change_format - when 标签中嵌套参数的语法
通过@galaxybot在#18063更新Python依赖项
24.0.3 (2024-06-28)
错误修复
确保所有Linter子类都被导入以便列出，由@bernt-matthias在#18339
由@bernt-matthias在#18403允许selects的in_range验证器
24.0.2 (2024-05-07)
错误修复
工具linters：允许通过旧lintern名称（通过允许跳过linter模块）跳过由@bernt-matthias在#18091
工具linters：输出过滤器应仅考虑子过滤器节点，由@bernt-matthias在#18096
24.0.1 (2024-05-02)
错误修复
24.0.0 (2024-04-02)
错误修复
由@bernt-matthias在#17187为宽松布尔值重新排序xsd选择项
由@bernt-matthias在#17254允许大写容器标记
由@neoformit在#17359在工具XSD文档中转义管道字符
由@bernt-matthias在#17364构建XSD模式文档：在属性表中引用管道字符
由@bernt-matthias在#17465添加工具XML模式文档 - 输出 - 集合 - 数据
has_size断言：实现大小（作为值的同义词），由@bernt-matthias在#17490
Yaml嵌套断言：由@bernt-matthias在#17641修复解析
增强功能
build_mulled：在构建singularity图像时也使用命名空间，由@bernt-matthias在#15657
由@bernt-matthias在#17016扩展stdio正则表达式匹配中的正则表达式组
由@bernt-matthias在#17081将linters拆分为单独的类
由@bernt-matthias在#17190中阐明发现的数据集的词汇排序的意义
由@bernt-matthias在#17357中添加element_identifier和ext到输入配置文件导出
由@jmchilton在#17398为测试交互器添加一些额外的类型
data_column参数：如果存在，则使用column_names元数据
由@kostrykin在#17556中为使用图像进行测试输出验证添加image_diff比较方法
由@richard-burhans在#17565中根据ShmSize添加shm_size
由@bernt-matthias在#17874中将缺失的输出记录为测试错误
其他更改
由@bernt-matthias在#16492中一致比较配置文件版本
23.2.1 (2024-02-21)
错误修复
由@bernt-matthias在#16460中永远不将_galaxy_ conda环境视为未使用
由@afuetterer在#16851中修复拼写错误
由@bernt-matthias在#17055中引用singularity环境参数
由@bernt-matthias在#17117中在复制工具面板视图部分时删除重复项
增强功能
由@jmchilton在#14955中实现数据和收集参数的默认位置
由@bernt-matthias在#15482中添加对format="input"配置文件行为的框架测试
由@jmchilton在#15639中实现Tool Shed 2.0
通过@bernt-matthias在#15825中添加了对输入数据集参数元数据属性的断言功能
由@heisner-tillman在#16341中将用户API的一部分迁移到Fast API
由@galaxybot在#16436中更新Python依赖
由@bernt-matthias在#16538中记录了需要验证器来验证所需文本参数
由@davelopez在#16684中在lint验证器时包含regex
由@ahmedhamidawan在#16739中对工具面板视图结构进行重构并将ToolBox和ToolBoxWorkflow合并为一个组件
由@SergeyYakubov在#16783中将文件名属性替换为get_file_name函数
由@sveinugu在#16795中更新了基于路径的交互式工具，包括入口点路径注入、支持具有相对链接的ITs、缩短的URL以及包括Podman job_conf在内的文档和配置更新
由@ahmedhamidawan在#16928中将api/tool_panel更改为api/tool_panels/…
由@SergeyYakubov在#17025中优化了对象存储缓存操作
其他更改
由@bernt-matthias在#16625中明确记录了多个的默认值
23.1.4 (2024-01-04)
错误修复
23.1.3 (2023-12-01)
自上次发布以来没有记录的更改
23.1.2 (2023-11-29)
错误修复
由@bernt-matthias在#17013中将最小conda升级以兼容最新的conda-build
由@jmchilton在#17036中修复了工具面板视图部分复制中的重复工具
增强功能
由@kostrykin在#16952中将
23.1.1 (2023-10-23)
错误修复
由@bernt-matthias在#15483中对两个框架测试工具进行了修复
由@bernt-matthias在#15584中添加了缺失的f用于f-string
由@bernt-matthias在#15598中修复了对docker_cached_container_description的调用
由@bernt-matthias修复日志消息，在#15838
由@bernt-matthias添加到标签列表的required_files进行linting，在#16129
由@ksuderman处理追加到不存在的结果文件，在#16233
由@davelopez修复多个远程测试数据，在#16542
由@bernt-matthias允许测试集合的name属性，在#16663
由@jmchilton修复工具面板视图中的短ID，在#16800
增强功能
由@bernt-matthias解压缩历史数据以进行测试断言，在#15085
由@SergeyYakubov实现OIDC令牌，在#15300
由@bernt-matthias修复新风格的conda包，在#15446
由@jmchilton针对有问题的布尔参数提供保护，在#15493
由@jmchilton实现针对JSON数据的初始工具/wf测试断言模块，在#15494
由@davelopez探索工具远程测试数据，在#15510
由@bernt-matthias将multiple添加到所有从select派生的参数类型的属性列表中，在#15534
由@galaxybot更新Python依赖，在#15564
由@bernt-matthias为容器解析器添加文档、类型和测试，在#15614
由@bernt-matthias启用每个目标
container_resolver_config_file，在#15884使用 @bernt-matthias 提出的方法，使容器构建者使用 mamba（在 #15953 中实现）。
由 @nsoranzo 将 packaging.versions.LegacyVersion 进行标准化处理（在 #16058 中实现）。
对小的测试装饰器进行了改进。由 @jmchilton 实现（在 #16220 中实现）。
在非32位系统上切换到 mambaforge；添加 arm64 支持。由 @mr-c 实现（在 #16223 中实现）。
修复工具远程测试数据。由 @davelopez 实现（在 #16311 中实现）。
其他更改
23.0.6 (2023-10-23)
错误修复
23.0.5 (2023-07-29)
错误修复
如果输出包含过滤器，则允许 linter 存在重复标签。由 @bernt-matthias 实现（在 #15933 中实现）。
修复 linter 的正则表达式以匹配配置文件版本。由 @bernt-matthias 实现（在 #16480 中实现）。
在 GalaxyInteractorApi 中调整 test_data_download 方法，以便无需管理员用户即可进行操作。由 @simonbray 实现（在 #16482 中实现）。
23.0.4 (2023-06-30)
自上次发布以来没有记录的更改
23.0.3 (2023-06-26)
错误修复
为 xsd 添加缺失的 sep 属性以匹配 has_n_columns。由 @bernt-matthias 实现（在 #16262 中实现）。
防止由于缺少初始化而导致 models.py 无法打包到 tool_util 中。由 @nuwang 实现（在 #16308 中实现）。
增强功能
23.0.2 (2023-06-13)
错误修复
在工具测试中，如果设置了 expect_failure，则允许跳过 expect_num_outputs。由 @bernt-matthias 实现（在 #16237 中实现）。
23.0.1 (2023-06-08)
错误修复
增强功能
22.1.5 (2022-11-14)
在预期失败的情况下设置测试状态为成功
22.1.4 (2022-10-28)
将缺少的 unittest_utils 包添加到 galaxy-tool-util
22.1.3 (2022-10-27)
安装 Conda 时锁定最低 pyopenssl 版本
如果使用 conda >=4.7.5，则在 conda create/install 命令中添加 --strict-channel-priority
22.1.2 (2022-08-29)
修复 lint 上下文错误级别
将 galaxy-util 锁定到 >= 22.1
修复没有 beaker cache 的 biocontainer 解析问题
22.1.1 (2022-08-22)
来自 Galaxy 22.01 分支的第一个发布版
21.9.2 (2021-11-23)
修复 multiple="true" 选择输入的 linting 问题
21.9.1 (2021-11-03)
修复工具 linting 问题
21.9.0 (2021-11-03)
来自 Galaxy 21.09 分支的第一个发布版。
21.1.2 (2021-06-23)
21.1.1 (2021-05-21)
21.1.0 (2021-03-19)
来自 Galaxy 21.01 分支的第一个发布版。
20.9.1 (2020-10-28)
修复与注释预期工具测试失败的绕过和注释的 Bug。
20.9.0 (2020-10-28)
来自 Galaxy 20.09 分支的第一个发布版。
20.9.0.dev2 (2020-08-02)
来自 Galaxy 20.09 分支的第一个发布版。
20.5.0 (2020-07-04)
来自 Galaxy 20.05 分支的第一个发布版。
20.1.0 (2020-07-04)
来自 Galaxy 20.01 分支的第一个发布版。
19.9.1 (2019-12-28)
修复与包的声明依赖问题。
19.9.0 (2019-12-16)
在 19.09 开发周期中从 Galaxy 开发分支进行初始导入。
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源分布
构建分布
galaxy_tool_util-24.1.2.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1b6b93727a83fb36e08f1e952f28ff8ea54c1b4ae51a08469f48ad12a3a5bb0c |
|
| MD5 | 2aec59e460fbb482651b4affa857a857 |
|
| BLAKE2b-256 | dac73ea0fd5c014e0f01e36db724443b7c23557c662b9f0a519927b2b3d2957b |
galaxy_tool_util-24.1.2-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 16cea48774e1a3f57ad683054de1d9047740147b6b424e9f6945b8a34dfcf131 |
|
| MD5 | 66b532dae3de8260351c23efead6ad09 |
|
| BLAKE2b-256 | 147bf58a11282771b73fe105bb8ec20f023cb433aebe1f7fbae76e4b3b09817e |
