Galaxy（http://galaxyproject.org/）核心代码库的子集，旨在作为库使用。
项目描述
概述
这是一个小型子集，用于在核心之外重用 Galaxy 项目。这个子集依赖性最小，且兼容 Python 3。
免费软件：学术自由许可证版本 3.0
历史
19.5.2 (2019-04-28)
更新到最新版本的 Miniconda。
19.5.1 (2019-03-03)
修复 galaxy.tools.verify API 方法接口更改导致的 Planemo 兼容性问题。
19.5.0 (2019-03-01)
与 Galaxy 的开发尖端同步。
修复 Travis CI 配置（感谢 @nsoranzo）。
18.9.2 (2019-01-02)
实现上传本地测试数据的功能。
引入最新的 Galaxy 变更，提供 Python 3.7 支持。
18.9.1 (2018-09-15)
进一步改进 mulled 容器的通道处理。
18.9.0 (2018-09-14)
更新 Conda 通道顺序（感谢 @bgruening）。
引入最新的 Galaxy 变更，并将 Galaxy XSD 添加到项目中。
各种 cwltool 修复（感谢 @nsoranzo）。
18.5.15 (2018-09-12)
对 CWL 工具加载进行更多调整，以支持更新版本的 cwltool。
18.5.14 (2018-09-12)
由于 @natefoo 和 @nsoranzo 的贡献，改进了工具 linting 和报告。
由于 @nsoranzo 的贡献，添加了对更新 cwltool 的支持。
由于 @pcm32 的贡献，改进了 mulled 构建。
18.5.13 (2018-05-23)
对测试解析进行小更新，以支持 Galaxy 工作流程测试。
18.5.12 (2018-05-22)
更新测试数据处理，以允许在 Galaxy 工作流程测试中使用 URI。
18.5.11 (2018-05-16)
将 CWL SoftwareRequirements 解析为 Galaxy 要求（这是修复 CWL 工具的 Planemo 功能所必需的）。
18.5.10 (2018-05-10)
修复 Planemo 的 Docker 记录 API。
18.5.9 (2018-05-07)
更新 CWL linting 以针对 CWL 1.0。
18.5.8 (2018-05-06)
改进 Conda 搜索的错误处理（感谢 @bgruening）。
针对最新的 Galaxy 代码库进行更新。
添加 Galaxy 工具 linting 以确保版本符合 PEP 440 标准（感谢 @davebx）。
18.5.7 (2018-03-12)
对 ephemeris 进行更多工具测试客户端修复。
18.5.6 (2018-03-12)
引入最新的 Galaxy 开发分支 - 包括代码清理和许多来自 @nsoranzo 的 Python 3 修复以及针对外部 Galaxy 实例执行工具测试的客户端代码。
从 Galaxy 的开发分支扩展工具测试客户端，以收集更多数据以与 Planemo 兼容。
18.5.5 (2018-03-06)
修复 mulled，以使用 shlex.quote 在测试命令中转义单引号（感谢 @mbargull）。
由于 galaxy.tools.toolbox 无条件导入 markupsafe，将其作为依赖项（感谢 @mbargull）。
修复断言测试的 Python 3 问题。
18.5.4 (2018-03-01)
通过环境变量配置 mulled 构建 conda 图像（感谢 @mbargull）。
18.5.3 (2018-02-28)
修复 Windows 上 Pulsar 的路径模块导入问题。
18.5.2 (2018-02-28)
修复与 Conda 相关的库使用问题（感谢 @nsoranzo）。
18.5.1 (2018-02-26)
重新发布最后一个版本 - 没有包括所需的修复就推送到 PyPI。
18.5.0 (2018-02-26)
另一个针对 Planemo 的 Python 3 修复。
修复 galaxy-lib 版本 - 此版本实际上已经跟踪了 Galaxy 的 18.05 版本的前两个版本。
18.1.0 (2018-02-26)
由于 @nsoranzo 的贡献，更多针对 Planemo 的 Python 3 修复。
引入最新的 Galaxy 开发分支。
17.9.12 (2018-02-22)
由于 @nsoranzo 的贡献，针对 Planemo 的 Python 3 修复。
修复 mulled 工作中 miniconda 更新的错误合并。
17.9.11 (2018-02-22)
更新到 18.01 分支之前的最新 Galaxy 开发版本。
Python 3 修复。
17.9.10 (2017-11-23)
添加了使用 mulled-build 与您自己的 quay.io 账户的文档（感谢 @jerowe）。
如果找不到任何内容，则在 Conda 搜索中捕获错误（防止 planemo-monitor 正确运行）（感谢 @bgruening）。
使通过 mulled 构建 multi-requirement 容器更稳定（感谢 @bgruening）。
17.9.9 (2017-09-27)
引入来自 Galaxy 17.09 分支的最新更新 - 包括更新默认目标 Conda 版本和模块解析的修复。
17.9.8 (2017-09-26)
从上游CWL集成工作引入更新的CWL工具。
17.9.7 (2017-09-19)
从上游CWL集成工作引入更新的CWL工具。
17.9.6 (2017-09-15)
删除已不再有效的 command lint检查。
17.9.5 (2017-09-06)
从上游CWL集成工作引入更新的CWL工具。
17.9.4 (2017-09-06)
引入各种Galaxy更新，包括许多Conda修复和变更（感谢@nsoranzo）。
改进了解析工具reStructuredText时的错误处理（感谢@erasche）。
更新CWL工具。
17.9.3 (2017-06-27)
修复工具依赖规范from_dict解析中的错误。
17.9.2 (2017-06-22)
与Galaxy开发分支的mulled增强和修复同步。
17.9.1 (2017-06-17)
各种小的Singularity修复和增强。
17.9.0 (2017-06-11)
引入最新的Galaxy开发变更。
实现支持构建Singularity mulled容器。
实现mulled版本2的包哈希。
修复mulled操作默认命名空间，从mulled更改为biocontainers。
17.5.11 (2017-05-31)
修复HISTORY.rst格式，以在PyPI上正确渲染发布版本。
修复在17.5.10中引入的新离线Conda搜索功能中的错误。
17.5.10 (2017-05-30)
在mulled命令中始终清理构建目录（感谢@johanneskoester）。
在Conda搜索工具中公开离线模式（用于重复快速搜索）。
在发布mulled容器时 - 使用quay.io API将其发布为公共。
向mulled-build-*添加显式选项--check-published。
修复首次尝试自动安装Involucro。
处理mulled-build-files中的显式标签，如果没有找到则添加隐式标签0。
修复mulled-build-files中的制表符解析。
17.5.9 (2017-05-16)
默认使mulled-search搜索biocontainers而不是mulled存储库（感谢@tom-tan）。
允许通过mulled-build设置新基础镜像。
17.5.8 (2017-04-23)
修复mulled图像清理。#55。
17.5.7 (2017-03-15)
更新CWL库功能，以适应数月CWL工具更新的价值。
允许通过类似于URI的字符串（例如file://、http://、dockstore://）查找工具。
引入最新的Galaxy更新。
17.5.6 (2017-03-01)
扩展mulled CLI工具和库功能。修复#49。
17.5.5 (2017-02-26)
修复17.5.4中的错误，在该错误中，在某些条件下，conda-build会尝试使用conda –use-local标志进行设置 - 这是不允许的。
17.5.4 (2017-02-26)
修复本地构建对Conda的支持，以反映conda-build是必需的。
修复miniconda安装的默认目标路径。
17.5.3 (2017-02-24)
更新以反映最新Galaxy开发分支的变更。
更新Conda工具以允许使用本地构建的包。
17.5.2 (2017-02-21)
Conda工具增强以修复Planemo错误。
17.5.1 (2017-02-21)
Galaxy工具linting的多种改进。
17.5.0 (2017-02-16)
引入Galaxy开发变更的最后部分。
允许Conda安装针对全局Conda配置（针对Planemo）。
17.1.2 (2017-01-23)
在release_17.01分支之前引入Galaxy开发变更的最后部分。
由于@mvdbeek，mulled测试得到改进。
17.1.1 (2016-12-14)
撤销对Galaxy中shell命令执行所做的更改，这些更改对Planemo产生了意外的后果。
17.1.0 (2016-12-12)
由于@bgruening，mulled日志得到改进。
引入最新的Galaxy开发变更。
16.10.10 (2016-10-24)
修复Mac OS X上mulled包数据获取问题（感谢@dannon）。
16.10.9 (2016-10-21)
包括反映mulled在quay.io上名称更改为biocontainers在内的少量修复。
16.10.8 (2016-10-10)
由于@bgruening和@daler，mulled增强和错误修复。
16.10.7 (2016-10-08)
由于@bgruening，mulled增强和错误修复。
通过将conda-forge添加到默认通道列表中修复bioconda支持。
16.10.6 (2016-10-07)
由于@bgruening，mulled增强。
16.10.5 (2016-10-04)
一些docstring清理和对下游planemo mulled工作Conda支持的轻微调整。
16.10.4 (2016-10-03)
更多mulled修复和增强。
16.10.3 (2016-10-02)
少量mulled和Conda相关修复和增强。
16.10.2 (2016-09-30)
修复setup.py以包含16.10.1中的功能。
16.10.1 (2016-09-29)
针对Galaxy的最新更改和初始mulled脚本和容器解析器的更新。
16.10.0 (2016-08-31)
针对Galaxy的最新更改的更新。
16.7.10 (2016-08-04)
针对Galaxy的最新更改的更新。
16.7.9 (2016-06-13)
针对Galaxy和cwltool的最新更改的更新。
16.7.8 (2016-06-05)
更新包括用于验证测试输出的Galaxy库和Galaxy的最新开发更改。
16.7.7 (2016-05-23)
针对Planemo的CWL和Docker库的修复。
16.7.6 (2016-05-11)
针对Planemo的CWL处理的修复。
16.7.5 (2016-05-11)
针对Planemo的CWL处理的更新。
16.7.4 (2016-05-10)
针对Planemo的CWL处理的更新。
16.7.3 (2016-05-07)
针对Planemo的cwltool_deps的更新。
16.7.2 (2016-05-06)
针对Planemo的工具解析和linting的更新。
16.7.1 (2016-05-02)
针对Galaxy的最新开发分支的更新。
16.7.0 (2016-04-21)
针对Galaxy的最新开发分支的更新。
16.4.1 (2016-04-08)
针对Galaxy的最新开发分支的更新。
16.4.0 (2016-02-15)
针对Galaxy的最新开发分支的更新。
16.1.9 (2016-01-14)
修复galaxy-lib源分布中的一个错误。
16.1.8 (2016-01-12)
针对Galaxy的release_16.01分支的更新。
16.1.7 (2016-01-03)
针对Galaxy的开发分支的更新 - 包括conda更新、依赖关系解析更改和工具箱更新。
16.1.6 (2015-12-28)
针对setup.py的额外修复以及针对Galaxy开发分支最近更改的更新。
16.1.5 (2015-12-22)
修复另一个防止Pulsar中依赖关系解析工作的错误。
16.1.4 (2015-12-22)
针对作业度量模块的另一个setup.py修复。
16.1.3 (2015-12-22)
针对最近Galaxy开发提交的Python 3修复和更新。
16.1.2 (2015-12-21)
修复setup.py中缺失galaxy.tools.parser包的问题。
修复仓库中的LICENSE。
16.1.1 (2015-12-20)
针对首次发布的依赖项、命名和版本问题进行的小修复。
16.1.0 (2015-12-20)
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