galaxy-data 24.1.2

通过@mvdbeek在#18494提高API对无效请求的健壮性，改进压缩数据服务

通过@mvdbeek在#18517防止删除输入集合元素时提交作业

修复带有扩展元数据收集的共享缓存。由 @jmchilton 在 #18520 中提交。

在确定数据是否可以显示时，也检查dataset.deleted，由 @mvdbeek 在 #18547 中提交。

修复‘column_list’对象中的非空问题，由 @hujambo-dunia 在 #18553 中提交。

修复h5ad元数据，由 @nilchia 在 #18635 中提交。

不要将文件大小设置为零，由 @mvdbeek 在 #18653 中提交。

确保我们也为清理后的输出设置文件大小，由 @mvdbeek 在 #18681 中提交。

修复pick数据输出上的错误扩展名，由 @mvdbeek 在 #18798 中提交。

修复复制包含子工作流步骤的工作流，由 @mvdbeek 在 #18802 中提交。

使pylibmagic导入可选，由 @mvdbeek 在 #18813 中提交。

忽略无效输入状态下的转换数据集，由 @mvdbeek 在 #18850 中提交。

修复具有目录元数据和分布式对象的发现输出，由 @mvdbeek 在 #18855 中提交。

在重新运行问题时，使用MessageException而不是断言，由 @mvdbeek 在 #18858 中提交。

修复使用init_from时的错误最终状态，由 @mvdbeek 在 #18871 中提交。

修复当parent_hda未序列化时历史导入的问题，由 @mvdbeek 在 #18873 中提交。

由 @TomHarrop 在 #18507 中提交，将pod5数据类型回滚。

修复SA2.0的语法，由 @jdavcs 在 #17663 中提交。

修复数据库中的空用户名以及用户名生成中的错误，由 @jdavcs 在 #18379 中提交。

修复没有标签的缺失值，由 @ahmedhamidawan 在 #18405 中提交。

改进与工作流相关的异常报告，由 @mvdbeek 在 #18447 中提交。

启用所有对所有的收集分析模式。由 @jmchilton 在 #17366 中提交。

通过调用图视图可视化工作流运行，由 @ahmedhamidawan 在 #17413 中提交。

更好地显示估计的行数，并为表格添加列数，由 @bernt-matthias 在 #17492 中提交。

通过对象存储启用存储管理，由 @jmchilton 在 #17500 中提交。

为空的bed数据集设置最小元数据，由 @wm75 在 #17586 中提交。

类型注解改进，由@nsoranzo在#17601中提出

类型注解和CWL相关改进，由@nsoranzo在#17630中提出

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17653中更新

由ruff和pyupgrade进行的代码清理，由@nsoranzo在#17654中提出

SQLAlchemy 2.0，由@jdavcs在#17778中提出

使用type_annotation_map概述以修复mypy问题，由@jmchilton在#17902中提出

添加电子邮件通知渠道，由@davelopez在#17914中提出

模型编辑和错误修复，由@jdavcs在#17922中提出

模型类型和SA2.0后续改进，由@jdavcs在#17958中提出

启用mypy选项warn_unused_ignores，由@nsoranzo在#17991中提出

将Galaxy添加到用户代理中，由@mvdbeek在#18003中提出

重构galaxy.files插件加载+配置处理，由@jmchilton在#18049中提出

在文件源中添加更强的类型注解并进行重构，由@davelopez在#18050中提出

添加对其他媒体类型的支持，由@arash77在#18054中提出

更新Python依赖项，由@galaxybot在#18063中更新

启用flake8-implicit-str-concat ruff规则，由@nsoranzo在#18067中提出

删除数据库中无用户历史记录的脚本+测试+删除未使用的模型测试代码，由@jdavcs在#18079中提出

添加Net数据类型，由@martenson在#18080中提出

使用户能够携带自己的存储和文件源，由@jmchilton在#18127中提出

加强用户对象存储和文件源创建，由@jmchilton在#18172中提出

更新数据库版本24.1发布标签，由@jdavcs在#18183中提出

紧化axt sniffer，由@martenson在#18204中提出

对用户数据对象进行更多结构化索引。由@jmchilton在#18291中提出

去除重复词语，由@tianzedavid在#18076中提出

将向前合并时导入错误降级为警告，由@mvdbeek在#18152中提出

将count lines错误降级为警告，由@mvdbeek在#18175中提出

不要为出错的任务设置数据集预览，由 @mvdbeek 在 #18231 中实现

在 DatasetDataProvider 中透明地打开压缩文件，由 @mvdbeek 在 #18248 中实现

在没有数据集的情况下从集合中提取数据集时抛出异常，由 @mvdbeek 在 #18249 中实现

序列化时将页面可导入设置为 false，由 @mvdbeek 在 #18263 中实现

修正 first_dataset_element 类型提示，由 @mvdbeek 在 #18284 中实现

不要将清理后的输出复制到对象存储，由 @mvdbeek 在 #18342 中实现

修复用户私有角色可能缺失的问题，由 @davelopez 在 #18381 中实现

为发现的集合输出分配默认的 data 扩展名，由 @mvdbeek 在 #18389 中实现

将 busybox:ubuntu-14.04 镜像替换为 busybox:1.36.1-glibc，由 @mvdbeek 在 #18428 中实现

由 @bernt-matthias 在 #17188 中修复转换器测试问题

由 @hexylena 在 #17196 中修正 minerva 显示应用中的 dbkey

由 @mvdbeek 在 #17278 中修复未设置状态时的调用序列化问题

由 @davelopez 在 #17335 中修复配额 ID 编码问题

由 @jmchilton 在 #17346 中修复包含隐式转换的模型存储导出问题

由 @jdavcs 在 #17516 中修复：如果不在数据库中，则创建新的 PSAAssociation

由 @jdavcs 在 #17530 中修复 social_core 方法

由 @jdavcs 在 #17577 中修复古老的问题：User 模型中 func.coalesce 的不正确使用

由 @patrick-austin 在 #17582 中考虑 CIF 数据类型嗅探器中的换行符

由 @mvdbeek 在 #17598 中预测 check_database_connection 中的 PendingRollbackError

由 @mvdbeek 在 #17628 中添加基本模型导入属性验证

由 @mvdbeek 在 #17632 中提高 change_state 查询的效率，可能解决死锁问题

由 @bernt-matthias 在 #17672 中进行 Npz 嗅探，不读取整个文件

由 @mvdbeek 在 #17679 中断言 npz zip 文件夹中至少有一个文件以 .npy 结尾

由 @ElectronicBlueberry 在 #17700 中进行工作流评论索引

由 @jmchilton 在 #17728 中修复导入公共历史记录时更新_time 的问题

由 @mvdbeek 在 #17777 中完成作业时设置作业输出副本的扩展名和元数据

由 @mvdbeek 在 #17795 中延迟通常不需要的作业属性

由 @mvdbeek 在 #17803 中修复 change_datatype PJA 的动态集合问题

由 @mvdbeek 在 #17817 中简化嵌套集合连接

由 @mvdbeek 在 #17830 中修复非常慢的用户数据表查询

由 @jdavcs 在 #17834 中更新 db 版本 24.0 发布标签

由 @jdavcs 在 #17835 中对查询构建逻辑进行小范围重构以提高可读性

由 @mvdbeek 在 #17854 中修复存在重复 UserRoleAssociation 时的用户登录问题

由 @bernt-matthias 在 #13918 中对于空表格数据，将列类型设为空列表

通过 @martenson 在 #16707 中实现的 FastAPI 端口调用 API

SQLAlchemy 2.0 升级（第 5 部分）由 @jdavcs 在 #16932 中

将最小 Python 版本设为 3.8 由 @mr-c 在 #16954 中

在 UI 中展示更多工具信息/导航性。由 @jmchilton 在 #17105 中

添加对 (fast5.tar).xz 二进制压缩文件的支持由 @tuncK 在 #17106 中

SA2.0 更新：处理“对象正在通过 backref 级联路径合并到 Session”的情况由 @jdavcs 在 #17122 中

朝着 SQLAlchemy 2.0 进发：修复 RemovedIn20Warning 的最后一个案例由 @jdavcs 在 #17132 中

创建用于 show 操作返回的 pydantic 模型 - get: /api/jobs/{job_id} 由 @heisner-tillman 在 #17153 中

为典型用户提供更简单的默认数据集权限。由 @jmchilton 在 #17166 中

向 SA 引擎添加 future=True 标志由 @jdavcs 在 #17174 中

向 SA 会话添加 future=True 标志由 @jdavcs 在 #17179 中

Vueify 历史网格由 @guerler 在 #17219 中

将样本对象存储配置转换为 YAML，并支持内联配置由 @natefoo 在 #17222 中

将模型迁移到 pydantic 2 由 @mvdbeek 在 #17262 中

允许在“安全”场景下“更改”对象存储的 API 端点由 @jmchilton 在 #17329 中

启用 warn_unreachable mypy 选项由 @mvdbeek 在 #17365 中

修复使用 XML etree 的代码的类型注解由 @nsoranzo 在 #17367 中

向 JSONType 子类添加显式的 cache_ok 属性由 @mvdbeek 在 #17376 中

为 BaseJobExec.parse_status() 添加更具体的类型注解由 @nsoranzo 在 #17381 中

更新到 black 2024 稳定风格由 @nsoranzo 在 #17391 中

允许使用工具数据包作为参考数据选择参数的输入由 @mvdbeek 在 #17435 中

为“迁移”数据集到新的对象存储（当安全时）提供 UI 由 @jmchilton 在 #17437 中

允许通过对象存储 ID 和配额来源过滤历史数据集由 @jmchilton 在 #17460 中

更快的 FASTA 和 FASTQ 元数据设置由 @bernt-matthias 在 #17462 中

添加 SBOL 数据类型功能由 @guillaume-gricourt 在 #17482 中

显示工作流程调用次数。由@jmchilton在#17488中提交。

由@astrovsky01添加npy数据类型，提交于#17517。

增强Avivator显示应用以支持常规Tiff格式，由@davelopez在#17554中提交。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17580中提交。

为24.0版本添加迁移修订标识符，由@jdavcs在#17589中提交。

将to_dict重命名为populate以修复bug，由@jdavcs在#16553中提交。

MINERVA显示应用：启用cors，支持表格，由@hexylena在#16737中提交。

使用AlignedSegment.to_string，由@mvdbeek在#16803中提交。

Ruff和flake8修复，由@nsoranzo在#16884中提交。

为更新的h5py和错误添加准备，由@mr-c在#16963中提交。

修复基数违反错误：子查询返回多个结果，由@jdavcs在#17224中提交。

修复显示应用程序链接生成，由@mvdbeek在#17227中提交。

显示应用程序修复和测试，由@mvdbeek在#17233中提交。

回滚无效事务，由@jdavcs在#17280中提交。

在数据集关联上设置元数据状态，而不是数据集本身，由@mvdbeek在#17474中提交。

为每个ASGI请求提供工作路由.url_for，由@mvdbeek在#17497中提交。

实现数据和收集参数的默认位置，由@jmchilton在#14955中提交。

显示非文本文件的开始部分作为文本，而不是触发下载，由@SergeyYakubov在#15447中提交。

工具箱2.0，由@jmchilton在#15639中提交。

限制每个用户每秒执行的celery任务数量，由@claudiofr在#16232中提交。

在取消调用时删除非终端作业和工作流调用，由@mvdbeek在#16252中提交。

迈向SQLAlchemy 2.0（升级到SA Core使用），由@jdavcs在#16264中提交。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#16409中提交。

迈向SQLAlchemy 2.0（升级到/test中的SA ORM使用），由@jdavcs在#16431中提交。

SQLAlchemy 2.0升级到/lib中的ORM使用，由@jdavcs在#16434中提交。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#16436中提交。

通过 @jmchilton 在 #16564 中实现数据类型上传警告功能

通过 @claudiofr 在 #16576 中支持新的基因组浏览器链文件格式

工作流程注释 💬 由 @ElectronicBlueberry 在 #16612 中添加

通过 @bernt-matthias 在 #16668 中更新 samtools 转换器

通过 @jdavcs 在 #16712 中对会话处理进行杂项编辑/重构

通过 @jdavcs 在 #16724 中升级 SQLAlchemy 2.0（第二部分）

通过 @davelopez 在 #16725 中将 集合元素 存储迁移到 Pinia

通过 @jdavcs 在 #16745 中将自动提交重置为 False

通过 @jdavcs 在 #16755 中删除遗留的服务器端搜索

通过 @jdavcs 在 #16776 中优化 DatasetInstance 模型中的迭代并修复 SA2.0 问题

通过 @heisner-tillman 在 #16778 中将部分作业 API 迁移到 Fast API

通过 @SergeyYakubov 在 #16783 中用 get_file_name 函数替换 file_name 属性

通过 @sveinugu 在 #16795 中更新基于路径的交互式工具，包括路径注入、支持带有相对链接的 ITs、缩短的 URL、文档和配置更新（包括 Podman job_conf）

通过 @ahmedhamidawan 在 #16860 中允许在流程名称标签搜索中执行部分匹配，并支持对未引号查询搜索所有标签

通过 @guerler 在 #16892 中将可视化网格 Vueify

通过 @dannon 在 #16949 中将颜色标准化为 W3C 命名

通过 @mvdbeek 在 #16955 中移动和重用 persist_extra_files

通过 @jmchilton 在 #17008 中修复调用报告以针对正确的流程版本

通过 @SergeyYakubov 在 #17025 中优化对象存储缓存操作

通过 @mvdbeek 在 #17342 中使用 python-isal 在 rocrate 导出中进行快速的 zip 解压压缩

通过 @martenson 在 #17499 中添加 magres 数据类型

通过 @mvdbeek 在 #16534 中将 23.1 合并到 dev

通过 @mvdbeek 在 #16768 中将 release_23.1 合并到 dev

通过 @dannon 在 #16838 中创建 db head 合并修订版

通过 @martenson 在 #16933 中将 release_23.1 合并到 dev

由 @dannon 在 #16993 中对 datatypes.data 进行了轻微的澄清/错别字修正

由 @mvdbeek 在 #17097 中修复了合并前对 .file_name 的访问问题

由 @mvdbeek 在 #17439 中回滚模型存储修复

由 @mvdbeek 在 #17481 中修复了 succces 错别字

由 @mvdbeek 在 #17232 中修复了 User.current_galaxy_session

由 @mvdbeek 在 #17231 中回滚 #17188：修复转换器测试

由 @mvdbeek 在 #16931 中在实际上未更改扩展的情况下跳过 change_datatype 事项

由 @mvdbeek 在 #17007 中修复了将元数据复制到复制作业输出中的问题

由 @mvdbeek 在 #17009 中更新了 tar_to_directory 依赖关系

由 @mvdbeek 在 #17071 中断言 DatasetCollectioElement 有关联对象

由 @davelopez 在 #17088 中修复了通知中的输入日期，考虑时区偏移

由 @davelopez 在 #17093 中允许广播操作链接中使用相对 URL

由 @mvdbeek 在 #16917 中改进了调用错误报告

由 @patrick-austin 在 #17080 中添加了对 larch 数据类型的支持

由 @jmchilton 在 #15386 中修复了 dev. 的不良自动合并

由 @jdavcs 在 #15771 中将冲突的数据库迁移分支合并为一个

由 @nsoranzo 在 #15808 中启用 strict_equality mypy 选项

由 @jdavcs 在 #15811 中修复了修订脚本，在 CI 中运行迁移，添加修复选项，改进迁移工具

由 @tchaussepiedifb 在 #15858 中修复了配置了保险库时的匿名用户上传

由 @davelopez 在 #15956 中修复了 API 密钥表中的可空已删除列

由 @davelopez 在 #16103 中尝试修复 mypy 检查

由 @jdavcs 在 #16207 中确保会话在旧端点中是请求范围的

由 @jdavcs 在 #16283 中临时将自动提交重置为 True

由 @jdavcs 在 #16294 中更新 23.1 版本标签以用于迁移脚本

由 @guerler 修复表单构建器值处理问题，在 #16304 中

由 @davelopez 修复标签所有权问题，在 #16339 中

由 @mvdbeek 修复分布式对象存储的磁盘使用量重新计算，在 #16380 中

由 @mvdbeek 修复 DCEs 的作业缓存问题，在 #16384 中

由 @davelopez 修复历史记录计数问题，在 #16400 中

由 @mvdbeek 修复双编码通知内容问题，在 #16530 中

由 @mvdbeek 优化获取当前用户会话，在 #16604 中

由 @mvdbeek 修复条件子工作流程步骤问题，在 #16632 中

由 @mvdbeek 在复制集合时默认复制集合内容，在 #16717 中

由 @mvdbeek 修复文件源中 allowlist 反序列化问题，在 #16729 中

由 @mvdbeek 修复无标签的流程输出显示问题，在 #16749 中

由 @mvdbeek 修复并防止持久化 null 文件大小，在 #16855 中

由 @mvdbeek 修复工作流程导入丢失 tool_version 问题，在 #16869 中

由 @mvdbeek 在数据库操作工具中移除更多刷新操作，在 #16875 中

由 @mvdbeek 修复嵌套集合查询的连接条件，在 #16880 中

由 @jmchilton 允许用户选择存储目标，在 #14073 中

由 @davelopez 为历史记录添加存储仪表板可视化，在 #14820 中

由 @jdavcs 朝着解耦数据类型和模型迈进，在 #15186 中

由 @davelopez 添加存储管理 API，在 #15295 中

由 @SergeyYakubov 添加 OIDC 令牌，在 #15300 中

由 @claudiofr 暴露额外的 beaker 缓存后端，在 #15349 中

由 @jdavcs 针对 #15186 的后续工作，在 #15388 中

由 @jarrah42 添加支持可视化 HDF5 数据集，在 #15394 中

朝着 SQLAlchemy 2.0 进发：删除会话自动提交设置，由 @jdavcs 在 #15421 中

更新 Python 依赖项，由 @galaxybot 在 #15435 中

通过文件源统一 URL 处理，由 @nuwang 在 #15497 中

将TS移动到Alembic，由@jdavcs在#15509中完成。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#15564中完成。

更新database_heartbeat以兼容SA 2.0，由@jdavcs在#15611中完成。

更新supports_skip_locked和supports_returning以兼容SA 2.0，由@jdavcs在#15633中完成。

添加Galaxy通知系统，由@davelopez在#15663中完成。

删除模型映射单元测试，由@jdavcs在#15669中完成。

将事务状态添加到工作流调度管理器，由@jdavcs在#15683中完成。

从代码库中删除DELETED_NEW作业状态，由@jdavcs在#15690中完成。

修复/增强重新计算磁盘使用率API端点，由@davelopez在#15739中完成。

删除数据库视图，由@jdavcs在#15876中完成。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#15890中完成。

FITS数据格式，由@volodymyrss在#15905中完成。

改进BAMs的显示块生成，由@wm75在#15972中完成。

添加历史存档功能，由@davelopez在#16003中完成。

添加alter_column迁移实用工具，由@jdavcs在#16009中完成。

来自ruff和pyupgrade的代码清理，由@nsoranzo在#16035中完成。

将缺失的字段添加到HistorySummary架构模型中，由@davelopez在#16041中完成。

数据集分块测试（和一些小修复），由@jmchilton在#16069中完成。

添加create_foreign_key迁移实用工具，由@jdavcs在#16077中完成。

重构模型枚举以消除对模型层的架构依赖，由@jmchilton在#16080中完成。

使用自动命名约定在数据库中生成索引和约束，由@jdavcs在#16089中完成。

添加压缩的mongodb和genenotebook数据类型，由@abretaud在#16173中完成。

删除对旧ro-crate-py和docutils版本的解决方案，由@mvdbeek在#16198中完成。

将（已发布的）页面上的网格与工作流对齐，由@martenson在#16209中完成。

添加squidpy和spatialomics工具的Visium数据类型，由@astrovsky01在#16255中完成。

从api_keys关系中过滤已删除的键，由@dannon在#16321中完成。

增加CustosAuthnzToken.external_user_id列的大小，由@davelopez在#16818中完成。

跟进对象存储选择PR。由@jmchilton在#15654中提交。

修复API文档中的枚举类型问题，由@davelopez在#15740中提交。

将release_23.0合并到dev分支，由@martenson在#15830中提交。

修复FITS数据类型代码的linting问题，由@mvdbeek在#16169中提交。

将pysam tostring回滚，由@martenson在#16822中提交。