galaxy-config 24.1.2

通过 @jdavcs 在 #18656 中去除列出管理员用户时的空白字符

通过 @natefoo 将 default_panel_view 变为 _by_host 选项，在 #18471

通过 @mvdbeek 添加更多数据类型弃用警告，在 #18612

通过 @Edmontosaurus 将 python-social-auth 的通用 OIDC 后端集成到 Galaxy 中，在 #18670

通过 @TomHarrop 回滚 pod5 数据类型，在 #18507

通过 @cat-bro 将“将 BlobToolkit 添加到交互式工具列表”的 PR 18630 回滚到 release_24.1，在 #18784

通过 @davelopez 替换配置中的示例 Celery result_backend，在 #17949

通过 @Edmontosaurus 修复意外的 OIDC XML 验证错误，在 #18106

通过 @nsoranzo 修复各种软件包的问题，在 #18301

通过 @bgruening 重建 Galaxy 配置，在 #18325

通过 @jmchilton 启用所有对所有的集合分析模式，在 #17366

通过 @bwalkowi 添加 onedata objectstore，在 #17540

通过 @astrovsky01 添加 colabfold tar 文件数据类型，在 #17567

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖项，在 #17653

通过 @jdavcs 使用 SQLAlchemy 2.0，在 #17778

通过 @davelopez 添加 email 通知渠道，在 #17914

通过 @davelopez 更新有关 Celery 的配置文档，在 #17918

通过 @davelopez 使紧急通知成为强制性的，在 #17975

通过 @nsoranzo 启用 mypy 选项 warn_unused_ignores，在 #17991

通过 @davelopez 添加 Zenodo 集成，在 #18022

通过 @arash77 添加对额外媒体类型的支持，在 #18054

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖项，在 #18063

通过 @martenson 添加 Net 数据类型，在 #18080

通过 @jmchilton 允许用户带来自己的存储和文件源，在 #18127

通过 @jmchilton 对对象存储功能进行更多单元测试，在 #18136

通过 @martenson 紧密 axt sniffer，在 #18204

通过 @jmchilton 对用户数据对象进行更多结构化索引，在 #18291

由在#18372修复了OneDada对象存储和文件源稳定性问题

由在#18076进行整理：移除重复的词语

由在#18314修复了指向carbon配置的链接

由在#18111回滚OIDC模式修复

由在#18256进行小修，以启用外部hgweb进程

由在#18428将busybox:ubuntu-14.04镜像替换为busybox:1.36.1-glibc

由在#17997修复了Invenio插件

由在#18033澄清了对象存储重定位功能

由在#18053更新了FASTK工具的数据类型名称

由在#17875添加了4dn_pairs和4dn_pairsam数据类型

由在#18046添加了记录请求开始和结束的中间件

由在#17911重建了配置示例

由在#18029回滚了colabfold tar文件数据类型

由在#17302跟进#17274和#17262

由在#17385修复了oidc_backends_config注释的bug

由在#16662添加了harmonize collections工具（或其他名称）

由在#16954将最低Python版本更改为3.8

由在#16977支持OIDC API身份验证和OIDC集成测试

由在#17106添加了对(fast5.tar).xz二进制压缩文件的支持

由在#17217添加了a3m数据类型

由在#17222将样本对象存储配置转换为YAML，并支持内联配置

由在#17242允许作业文件消耗TUS上传

由在#17274添加了OIDC后端配置架构和验证

由在#17391更新为black 2024稳定样式

由在#17435允许使用工具数据包作为参考数据选择参数的输入

由在#17467使用TPV共享数据库的短链接

由@guillaume-gricourt在#17482中突出显示SBOL数据类型

由@bernt-matthias在#17498中添加有关如何在文件源中使用保险库密钥的文档

由@astrovsky01在#17517中添加npy数据类型

增强Avivator显示应用程序以支持常规Tiff文件，由@davelopez在#17554中实现

允许管理员对所选对象存储的语言进行更精确的设置，由@jmchilton在#17806中实现

将fs.dropboxfs固定到>=1，由@bernt-matthias在#16451中实现

MINERVA显示应用程序：启用cors，添加表格支持，由@hexylena在#16737中实现

调整：修复拼写错误，由@afuetterer在#16851中实现

由@mvdbeek在#16883中添加Filtering1工具的1.1.0版本

将webdav文件源默认设置为使用临时文件，由@davelopez在#17388中实现

将cellxgene交互式工具更新到1.1.1，由@pcm32在#15313中实现

工具屋2.0，由@jmchilton在#15639中实现

限制每个用户每秒执行celery任务的数量，由@claudiofr在#16232中实现

添加碳排放管理配置选项，由@Renni771在#16307中实现

添加Invenio RDM存储库集成，由@davelopez在#16381中实现

添加新的数据类型：STL，由@TanguyGen在#16478中实现

将新的表格文件格式cns、cnr和cnn添加到datatypes_conf.xml.sample文件中，因为它们对于cnvkit galaxy工具是必需的，由@khaled196在#16503中实现

调整工具内存使用，并在使用preload时优化共享内存，由@mvdbeek在#16536中实现

实现数据类型上传警告，由@jmchilton在#16564中实现

支持新的基因组浏览器链文件格式，由@claudiofr在#16576中实现

更新Python依赖项，由@galaxybot在#16577中实现

在Galaxy markdown中实现实例URL，由@jmchilton在#16675中实现

使用fs.onedatarestfs实现Onedata文件源插件，由@lopiola在#16690中实现

在datatypes_conf.xml.sample中更新docx类型，由@yvanlebras在#16713中实现

用生命科学登录替换ELIXIR AAI按钮，由@sebastian-schaaf在#16762中实现

通过 @enolfc 在 #16782 中将 EGI Check-in 添加为 OIDC 认证选项

更新了基于路径的交互式工具，包括入口路径注入、支持具有相对链接和缩短 URL 的 IT、文档和配置更新，包括 Podman job_conf，由 @sveinugu 在 #16795 中完成

通过 @ElectronicBlueberry 在 #16798 中集成 Galaxy 帮助论坛

通过 @davelopez 在 #16900 中删除了 Invenio RDM 插件中的记录访问处理

通过 @SergeyYakubov 在 #17025 中优化对象存储缓存操作

通过 @natefoo 在 #17178 中支持在行内配置作业指标并更新文档

通过 @astrovsky01 在 #17265 中为 fastk 工具的中间输出添加二进制数据类型

通过 @martenson 在 #17499 中添加 magres 数据类型

通过 @mvdbeek 在 #16534 中将 23.1 合并到 dev

通过 @bernt-matthias 在 #16609 中删除了样本 yml 作业配置中的 xml 遗留物

通过 @ahmedhamidawan 在 #16961 中防止 Singular 外部身份验证用户断开身份

通过 @mvdbeek 在 #17102 中设置打包 Galaxy 的正确工具路径

通过 @patrick-austin 在 #17080 中添加对 larch 数据类型的支持

通过 @nuwang 在 #15777 中修复了一些 DRS 处理问题

通过 @mvdbeek 在 #16280 中改进了容器解析器文档

通过 @mvdbeek 在 #16537 中限制工具文档缓存只对具有显式缓存路径的工具配置

通过 @mvdbeek 在 #16601 中回滚工具内存修复

通过 @mvdbeek 在 #16729 中修复了文件来源中的 allowlist 反序列化

外部登录流程：如果帐户已存在则重定向用户，由 @ahmedhamidawan 在 #15019 中完成

通过 @hexylena 在 #15025 中添加 Slack 错误报告插件

在作业_conf 示例中说明 k8s_extra_job_envs 的使用，由 @pcm32 在 #15110 中完成

通过 @claudiofr 在 #15349 中公开了额外的 beaker 缓存后端

通过 @nuwang 在 #15497 中统一了与文件来源的 URL 处理

根据模式描述一致地处理“email_from”配置选项，由 @jdavcs 在 #15557 中完成

通过 @dannon 在 #15576 中删除了 workflow 导出到 myexperiment.org

通过 @bernt-matthias 在 #15614 中添加了容器解析器文档、类型和测试

通过@ElectronicBlueberry在#15628中添加建议的培训材料到工具表单。

由@bernt-matthias在#15656中弃用工具/evolution。

由@davelopez在#15663中添加Galaxy通知系统。

更多对象存储文档。由@jmchilton在#15707中提供。

从配置中删除use_legacy_history。由@dannon在#15861中实施。

FITS数据格式。由@volodymyrss在#15905中实现。

由@minh-biocommons在#15998中配置导出工具引用的可配置消息。

在配置中重命名对象存储。由@jmchilton在#16029中实施。

由@TheoMathurin在#16105中添加hdf4数据类型。

改进对象存储的缓存监控。由@jmchilton在#16110中实施。

在添加基于任务的存储之前重构缓存对象存储。由@jmchilton在#16144中实施。

由@abretaud在#16173中添加zip压缩的mongodb和genenotebook数据类型。

由@astrovsky01在#16255中为squidpy和spatialomics工具添加Visium数据类型。

实施一些对象存储选择端到端测试的初始版本。由@jmchilton在#15785中实施。

将默认watchdog inotify_buffer日志级别更改为info。由@mvdbeek在#15967中实施。

为sentry客户端添加ca_certs选项。由@mvdbeek在#15943中实施。