galaxy-app 24.1.2

由 @ahmedhamidawan 在 #18479 中返回密码重置电子邮件的通用消息

通过 @mvdbeek 提高API对无效请求的鲁棒性，改善压缩数据的提供，在 #18494 中

通过 @mvdbeek 阻止输入集合元素被删除时的作业提交，在 #18517 中

通过 @mvdbeek 从工具的stdio中去除unicode空字符，在 #18527 中

通过 @mvdbeek 修复运行时输入的map计算问题，在 #18535 中

通过 @hujambo-dunia 修复'column_list'对象中的非空问题，在 #18553 中

如果数据集处于新状态，通过 @mvdbeek 也使ensure_dataset_on_disk失败，在 #18559 中

通过 @dannon 修复工具tagmanager重置输出中的sqlalchemy语句，在 #18591 中

通过 @mvdbeek 设置最小weasyprint版本，在 #18606 中

通过 @mvdbeek 改进当列数不为2时的relabel identifiers消息，在 #18634 中

通过 @mvdbeek 修复当隐式集合没有作业时从历史中提取工作流的问题，在 #18661 中

通过 @mvdbeek 确保为清除的输出设置文件大小，在 #18681 中

通过 @mvdbeek 修复文件源和对象存储实例API，在 #18685 中

通过 @mvdbeek 修复表达式工具数据输出中的更改数据类型PJA，在 #18691 中

通过 @jmchilton 为交叉积工具填写缺失的帮助，在 #18698 中

通过 @mvdbeek 修复与数据输入相关联的延迟子工作流步骤的子工作流调度，在 #18731 中

通过 @mvdbeek 在导入格式错误的yaml工作流时捕获并显示异常，在 #18734 中

通过 @mvdbeek 修复如果跳过的步骤创建HDCA时的无限延迟工作流调度，在 #18751 中

通过 @mvdbeek 修复目录获取或创建逻辑，在 #18752 中

通过 @mvdbeek 修复作业摘要中可选未设置作业数据输入的问题，在 #18754 中

通过 @bernt-matthias 允许仅更改配额的描述，在 #18775 中

通过 @mvdbeek 修复拾取数据输出上的错误扩展名，在 #18798 中

通过 @bgruening 修复未指定的oidc_endpoint变量覆盖指定的redirect_url，在 #18818 中

通过 @mvdbeek 在 #18819 中修复了作业和工作流处理器上的 celery_app 配置错误。

通过 @mvdbeek 在 #18825 中修复了“命名游标不再有效”的问题。

通过 @mvdbeek 在 #18841 中加强了 TRS url 检查。

通过 @itisAliRH 在 #18842 中修复了工作流索引书签过滤器。

如果作业工作目录不存在，则跳过指标收集，由 @mvdbeek 在 #18845 中完成。

通过 @mvdbeek 在 #18846 中将磁盘检查扩展到运行、排队和错误状态。

通过 @mvdbeek 在 #18858 中在重运行问题上升起 MessageException 而不是断言。

通过 @mvdbeek 在 #18875 中修复了数据列引用到嵌套集合的问题。

通过 @mvdbeek 在 #18876 中修复了加载带有数据输入的非常旧的工作流的问题。

通过 @mvdbeek 在 #18594 中在异常日志中包含工作流调用 ID。

通过 @Edmontosaurus 在 #18670 中将 python-social-auth 中的通用 OIDC 后端实现到 Gal…。

通过 @mvdbeek 在 #18809 中在作业失败时也收集作业指标。

通过 @ljocha 在 #18826 中通过支持 Keycloak 后端中的 防止“缺少刷新令牌”错误。

通过 @nsoranzo 在 #17607 中取消 social-auth-core 依赖的锁定。

通过 @dcore94 在 #18085 中完成动态工具修复。

通过 @Edmontosaurus 在 #18106 中修复了意外的 OIDC XML 验证错误。

通过 @nsoranzo 在 #18199 中撤销了一些请求导入更改。

通过 @jmchilton 在 #18246 中修复了用户数据插件的一些小错误。

通过 @jdavcs 在 #18274 中修复了处理器：由于 SA2.0 中的更改，访问结果行项的方式已更改。

通过 @nsoranzo 在 #18301 中修复了各种软件包的问题。

通过 @anuprulez 在 #18305 中将工具预测 API 适配到基于 Transformer 的深度学习架构。

通过 @jdavcs 在 #18379 中修复了数据库中的空用户名以及用户名生成中的错误。

通过 @mvdbeek 在 #18418 中为 JobsSummary 添加了 TypedDict。

通过 @nsoranzo 在 #18423 中将 pydantic 锁定为 >=2.7.4。

通过 @nsoranzo 在 #18434 中将 mercurial 更新到非已删除的 6.7.4。

由 @mvdbeek 在 #18446 中修复了步骤升级时的 when_expression 跌落问题。

由 @mvdbeek 在 #18447 中改进了与工作流程相关的异常报告。

由 @arash77 在 #18456 中修复了子工作流程标签序列化类型问题。

由 @laperlej 在 #18459 中禁用了删除用户时的密码重置功能 [GCC2024_COFEST]。

由 @mvdbeek 在 #18462 中将输入额外文件添加到 get_input_fnames。

由 @natefoo 在 #16730 中仅将工具的 stdout/stderr 包含在 HDA 信息中。

由 @SergeyYakubov 在 #17156 中添加了 Rucio 对象存储插件。

由 @jmchilton 在 #17366 中启用所有对所有的集合分析模式。

由 @bwalkowi 在 #17540 中添加 onedata 对象存储。

由 @nsoranzo 在 #17601 中改进了类型注解。

由 @nsoranzo 在 #17630 中改进了类型注解和 CWL 相关功能。

由 @galaxybot 在 #17653 中更新了 Python 依赖。

由 @nsoranzo 在 #17654 中进行了代码清理（使用 ruff 和 pyupgrade）。

由 @galaxybot 在 #17764 中更新了 Python 依赖。

由 @jdavcs 在 #17778 中更新到 SQLAlchemy 2.0。

由 @galaxybot 在 #17819 中更新了 Python 依赖。

由 @galaxybot 在 #17870 中更新了 Python 依赖。

由 @davelopez 在 #17914 中添加了 email 通知通道。

由 @jdavcs 在 #17922 中进行了模型编辑和错误修复。

由 @galaxybot 在 #17923 中更新了 Python 依赖。

由 @jdavcs 在 #17958 中进行了模型类型化和 SA2.0 后续工作。

由 @jmchilton 在 #17968 中进行了错误报告单元测试。

由 @davelopez 在 #17975 中使紧急通知成为强制性的。

由 @galaxybot 在 #17982 中更新了 Python 依赖。

由 @nsoranzo 在 #17991 中启用了 warn_unused_ignores mypy 选项。

由 @mvdbeek 在 #18003 中将 galaxy 添加到用户代理。

通过 @davelopez 在 #18022 中添加 Zenodo 集成

通过 @galaxybot 在 #18035 中更新 Python 依赖

通过 @davelopez 在 #18050 中在文件源中添加更强的类型注解并进行重构

通过 @davelopez 在 #18059 中为文件源插件添加分页支持

通过 @galaxybot 在 #18063 中更新 Python 依赖

通过 @nsoranzo 在 #18067 中启用 flake8-implicit-str-concat ruff 规则

通过 @davelopez 在 #18086 中确保导出时设置 history 的 update_time

通过 @jmchilton 在 #18087 中全面改进 Azure 存储基础设施

通过 @galaxybot 在 #18095 中更新 Python 依赖

通过 @galaxybot 在 #18125 中更新 Python 依赖

通过 @guerler 在 #18126 中修订工作流程运行表中的警告处理

通过 @jmchilton 在 #18127 中赋予用户携带自己的存储和文件源的能力

通过 @jmchilton 在 #18135 中更新 s3fs 依赖

通过 @jmchilton 在 #18136 中为对象存储添加更多单元测试

通过 @jmchilton 在 #18172 中强化用户对象存储和文件源创建

通过 @nsoranzo 在 #18173 中修复 boto3-stubs 类型检查依赖问题

通过 @jmchilton 在 #18291 中为用户数据对象提供更结构化的索引

通过 @bwalkowi 在 #18372 中修复 onedada 对象存储和文件源的不稳定性

通过 @ahmedhamidawan 在 #18378 中允许运行和编辑特定版本的流程

任务：通过 @tianzedavid 在 #18076 中删除重复的单词

修复 #18316（匿名文件源）问题，通过 @jmchilton 在 #18352 中完成

通过 @jdavcs 在 #18353 中将 24.0 合并到 24.1

通过 @jdavcs 在 #18365 中将 24.0 合并到 24.1

在下载过程中如果集合元素缺失时引发异常，通过 @jdavcs 在 #18094 中完成

允许使用 purge 查询参数，弃用 purge body 参数，通过 @mvdbeek 在 #18105 中完成

回滚 OIDC 架构修复，通过 @mvdbeek 在 #18111 中完成

如果SLURM作业被取消且没有stderr文件，则不要记录异常，由@mvdbeek在#18121中提出

对于失败作业，将工作目录中缺失的输出文件降级为警告，由@mvdbeek在#18123中提出

修复默认值未添加到历史记录中的数据，由@mvdbeek在#18132中提出

删除冗余的错误信息，由@mvdbeek在#18156中提出

当用户取消的作业已完成时发出警告，由@mvdbeek在#18178中提出

在构建JobState对象时避免查找对象存储路径，由@mvdbeek在#18190中提出

为dbkey / genome_build添加字符串转换，由@mvdbeek在#18207中提出

当尝试访问数据集内容时检查数据集状态，由@mvdbeek在#18214中提出

对于出错作业不设置数据集预览，由@mvdbeek在#18231中提出

在没有数据集的情况下从集合中提取数据集时抛出异常，由@mvdbeek在#18249中提出

如果工具仓库、dx.doi未响应，则跳过测试，由@mvdbeek在#18250中提出

不要尝试下载已清除的数据集，由@mvdbeek在#18278中提出

在FeatureLocationIndexDataProvider中检查各种先决条件，由@davelopez在#18283中提出

不要序列化已删除数据集的显示应用程序链接，由@mvdbeek在#18307中提出

将DOI获取错误降级为调试，由@mvdbeek在#18330中提出

修复匿名用户查询作业时的身份验证错误，由@davelopez在#18333中提出

修复slurm内存检查中的seek，由@mvdbeek在#18338中提出

不要将已清除的输出复制到对象存储，由@mvdbeek在#18342中提出

如果作业在Galaxy端停止，则终止pulsar作业，由@mvdbeek在#18348中提出

允许DCE作为to_cwl的外部输入，由@mvdbeek在#18349中提出

修复匿名用户作业检索逻辑，由@davelopez在#18358中提出

修复更新组API有效负载模型，由@davelopez在#18374中提出

修复用户私有角色可能缺失的问题，由@davelopez在#18381中提出

修复数据库操作工具中的null输入，由@mvdbeek在#18385中提出

在发现集合输出上分配默认的data扩展名，由@mvdbeek在#18389中提出

由@mvdbeek修复在#18400中未使用会话调用get_accessible_job的问题

由@mvdbeek修复用于新集合的invocation step_job_summary问题，在#18402中

由@bernt-matthias在#18411中真正允许txt的in-range验证器

由@mvdbeek修复拖拽集合在状态上的集合映射问题，在#18416中

由@davelopez在#18420中将集合中的数据集的清理标志序列化

由@mvdbeek进行的小型linting清理，在#18421中

由@mvdbeek将busybox:ubuntu-14.04镜像替换为busybox:1.36.1-glibc，在#18428中

由@mvdbeek修复编辑器中的工具版本切换问题，在#17858中

由@mvdbeek修复工作流程运行表单在某些历史记录上的失败问题，在#17869中

由@mvdbeek在列出内容时始终序列化element_count和populated，在#17890中

由@mvdbeek修复仅包含freehand_comments的工作流程的保存问题，在#17901中

由@mvdbeek在__handle_waiting_jobs完成后始终丢弃会话，在#17913中

由@mvdbeek修复具有null重命名PJA的工作流程的工作流程运行表单，在#17929中

由@mvdbeek撤销不必要的错误更改，在#17948中

由@mvdbeek修复映射作业中缺少隐式转换的问题，在#17952中

由@mvdbeek修复压缩文本数据类型的get_content_as_text，在#17976中

回滚：修复错误：在结果上调用unique()，而不是select语句，由@jdavcs在#17981中

由@mvdbeek修复没有传递值时的LengthValidator，在#17983中

由@mvdbeek如果集合元素具有未知扩展，则引发RequestParameterInvalidException，在#17985中

由@mvdbeek在dry_run模式下不要尝试提交，在#17987中

由@mvdbeek在报告无效参数值时不要失败，在#18002中

由@mvdbeek在刷新令牌出错时包含异常信息，在#18008中

由@mvdbeek避免在打开apply rules工具且历史记录中没有集合时抛出异常，在#18011中

在@mvdbeek中设置 hid 之后，再提交代码，请参阅#18014

如果用户强制收集未用元素填充的集合，则抛出适当的异常，请参阅@mvdbeek的#18023

通过@jdavcs修复标签正则表达式模式，请参阅#18025

修复历史数据集关联的创建，以确保由@mvdbeek设置 hid，请参阅#18036

将错误的 quota_source 值从 KeyError 更改为 ValueError，请参阅@mvdbeek的#18040

如果未建立连接，则通过@jdavcs发出回滚操作，请参阅#18070

通过@davelopez修复远程文件源的错误处理，请参阅#18027

通过@mvdbeek删除多余的调试语句，请参阅#17939

通过@bernt-matthias在工具箱重新加载时重新加载内置转换器，请参阅#17209

在工具错误报告中添加可选的 Reply-to SMTP 头部，请参阅@neoformit的#17243

通过@nsoranzo打包测试修复，请参阅#17301

通过@nsoranzo跟进 #17274 和 #17262，请参阅#17302

通过@jdavcs回滚无效事务：尽早捕获它们，请参阅#17312

通过@nsoranzo修复 flake8-bugbear 24.1.17 的问题，请参阅#17340

通过@wm75修复 data_source 和 data_source_async 的错误，请参阅#17422

通过@mvdbeek进行更有效率的 change_state 查询，可能解决死锁问题，请参阅#17632

通过@mvdbeek不要索引没有 task_uuid 的任务，请参阅#17646

通过@mvdbeek将 ConnectedValue 从 RuntimeValue 分离，请参阅#17678

通过@mvdbeek修复 StoredWorkflowDetailed 模型的步骤类型序列化，请参阅#17716

通过@jdavcs修复 DISTINCT 的使用，请参阅#17759

在完成作业时，也设置作业输出的扩展名和元数据，通过@mvdbeek，请参阅#17777

通过@mvdbeek使用 hg clone --stream 克隆仓库，请参阅#17786

通过@mvdbeek推迟通常不需要的作业属性，请参阅#17795

通过@mvdbeek修复 change_datatype PJA 动态集合，请参阅#17803

通过@davelopez修复存档历史与活动历史列表中混合的问题，请参阅#17856

通过@mvdbeek在加载工具时规范化扩展名，请参阅#17868

暂时忽略用户数据表错误，由@mvdbeek在#17880中提出。

添加调和集合工具（或任何其他名称），由@lldelisle在#16662中提出。

添加对Python 3.12的支持，由@tuncK在#16796中提出。

SQLAlchemy 2.0升级（第5部分），由@jdavcs在#16932中提出。

将Python 3.8作为最低版本，由@mr-c在#16954中提出。

支持OIDC API身份验证和OIDC集成测试，由@nuwang在#16977中提出。

朝着Galaxy markdown指令的声明性帮助前进，由@jmchilton在#16979中提出。

扩展stdio正则表达式匹配中的正则表达式组，由@bernt-matthias在#17016中提出。

Vueify Admin User Grid，由@guerler在#17030中提出。

从工具中移除Web框架依赖，由@davelopez在#17058中提出。

添加从远程资源选择参数的选项，由@mvdbeek在#17087中提出。

在UI中公开更多工具信息/可导航性，由@jmchilton在#17105中提出。

Vueify Admin Roles Grid，由@guerler在#17118中提出。

SA2.0更新：处理“对象正在通过backref级联路径合并到Session”的问题，由@jdavcs在#17122中提出。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17123中提出。

Vueify Admin Groups Grid，由@guerler在#17126中提出。

向着SQLAlchemy 2.0前进：修复RemovedIn20Warning的最后几个案例，由@jdavcs在#17132中提出。

Vueify Admin Forms和配额网格，由@guerler在#17141中提出。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17157中提出。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17201中提出。

将fastapi-utls.cbv进行供应商化，由@jdavcs在#17205中提出。

修复graphene-sqlalchemy的使用，升级到3.0.0rc1，由@jdavcs在#17216中提出。

Vueifiy History Grids，由@guerler在#17219中提出。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17230中提出。

更新Python依赖项，由@galaxybot在#17235中提出。

允许作业文件消耗TUS上传，由@jmchilton在#17242中提出。

由 @galaxybot 在 #17247 中更新 Python 依赖。

由 @mvdbeek 在 #17262 中将模型迁移到 pydantic 2。

由 @bernt-matthias 在 #17271 中考虑空输入。

由 @uwwint 在 #17274 中添加 OIDC 后端配置架构和验证。

由 @guerler 在 #17282 中将删除、清除和恢复批量操作添加到历史网格。

由 @lldelisle 在 #17294 中添加 __KEEP_SUCCESS_DATASETS__。

由 @mvdbeek 在 #17299 中改进 ModelManager 类型提示。

API 端点允许在“安全”场景中“更改”对象存储，由 @jmchilton 在 #17329 中实现。

由 @galaxybot 在 #17333 中更新 Python 依赖。

由 @bernt-matthias 在 #17357 中将 element_identifier 和 ext 添加到输入配置文件导出。

由 @mvdbeek 在 #17361 中删除作业搜索函数中的未使用语句。

由 @mvdbeek 在 #17365 中启用 mypy 选项 warn_unreachable。

由 @nsoranzo 在 #17367 中修复使用 XML etree 的代码的类型注释。

为 BaseJobExec.parse_status() 提供更具体的类型注释，由 @nsoranzo 在 #17381 中实现。

由 @davelopez 在 #17390 中在用户被删除时取消所有活动作业。

由 @nsoranzo 在 #17391 中更新到 black 2024 稳定风格。

由 @davelopez 在 #17411 中从数据库中清除 groups 和 roles（实际上是）。

由 @galaxybot 在 #17420 中更新 Python 依赖。

由 @mvdbeek 在 #17435 中允许使用工具数据包作为参考数据选择参数的输入。

由 @guerler 在 #17449 中将已发布的记录添加到网格列表。

允许根据对象存储 ID 和配额源过滤历史数据集，由 @jmchilton 在 #17460 中实现。

参数 data_column：如果存在，则使用 column_names 元数据，由 @bernt-matthias 在 #17478 中实现。

由 @galaxybot 在 #17486 中更新 Python 依赖。

由 @guerler 在 #17487 中将资源网格合并到选项卡视图中。

由 @nuwang 在 #17494 中将 k8s docker python 更新到 3.12。

通过@mira-miracoli在#17510中添加了编码ID API端点。

由@wm75修复数据源工具并增加工具配置#17515

由@galaxybot更新Python依赖项#17541

由@kostrykin添加了使用图像进行测试输出验证的image_diff比较方法#17556

由@mvdbeek过滤子工作流调用#17558

由@galaxybot更新Python依赖项#17580

由@davelopez恢复历史API对keys查询参数的行为#17779

由@davelopez修复数据集API自定义键编码#17793

由@jmchilton改进运行时共享问题的错误消息#17794

由@jmchilton允许管理员针对选定的对象存储提高语言#17806

由@bernt-matthias一致比较配置版本#16492

由@bernt-matthias将fs.dropboxfs固定到>=1#16451

由@jdavcs删除不必要的检查：项目不能为None#16550

由@davelopez直接从API序列化tool_shed_urls#16561

由@nsoranzo修复依赖项更新GitHub工作流程#16639

由@jdavcs确保作业属于当前SA会话#16647

由@jdavcs考虑TS和galaxy应用之间的共享使用#16746

由@martenson将电子邮件和用户名脱密从角色循环中移除#16805

由@mvdbeek修复shed单元测试#16811

由@afuetterer修复拼写错误#16851

由@jdavcs修复SQLAlchemy语句中的错误#16881

由@nsoranzo进行Ruff和flake8修复#16884

由@lldelisle更新relabel_from_file.xml中的帮助#16891

由@jdavcs修复listify函数中的微妙错误并简化列表整理#16904

由@mr-c为更新的h5py和拼写错误做准备#16963

工具表单页面增强，重复表单字段通过 @hujambo-dunia 在 #17018 实现

通过 @jdavcs 在 #17107 中在 DatasetFilenameWrapper 中公开 file_name 属性

通过 @mvdbeek 在 #17276 修复 to_cwl 对嵌套集合的支持

通过 @jdavcs 在 #17280 回滚无效的事务

通过 @mvdbeek 在 #17309 在 python 3.8+ 上安装新的 celery

通过 @mvdbeek 在 #17315 返回回滚无效事务：更早地捕获它们

通过 @mvdbeek 在 #17317 在任务完成后丢弃 sqlalchemy 会话

通过 @mvdbeek 在 #17319 为作业运行器监视循环作用域会话

通过 @ahmedhamidawan 在 #17384 修复 History 内容 genome_build 过滤 PostgreSQL 错误

通过 @nsoranzo 在 #17429 更新 python-multipart 到 0.0.7

通过 @mvdbeek 在 #17440 在创建入口点之前构建参数字典

通过 @jdavcs 在 #17446 修复 bug：true >> True

通过 @mvdbeek 在 #17474 在数据集关联上设置元数据状态，而不是数据集

通过 @bernt-matthias 在 #17480 删除两个打印语句

通过 @mvdbeek 在 #17497 为每个 ASGI 请求提供有效的 routes.url_for

通过 @jmchilton 在 #14955 实现数据和集合参数的默认位置

通过 @pcm32 在 #15238 在 k8s 运行器中启用作业重新提交

通过 @bernt-matthias 在 #15440 将参数名称添加到验证错误中

通过 @jmchilton 在 #15639 实现 Tool Shed 2.0

通过 @bernt-matthias 在 #15825 添加在输入数据集参数上断言元数据属性的能力

通过 @claudiofr 在 #16232 限制每个用户每秒 celery 任务的执行次数

通过 @mvdbeek 在 #16252 在取消调用时删除非终端作业和子工作流调用

通过 @jdavcs 在 #16264 向 SQLAlchemy 2.0（升级到 SA Core 使用）迈进

通过 @galaxybot 在 #16305 更新 Python 依赖项

通过@Renni771在#16307添加碳排放管理配置选项

通过@heisner-tillman在#16341将用户API的部分迁移到Fast API

通过@galaxybot在#16360更新Python依赖

通过@davelopez在#16381添加Invenio RDM仓库集成

通过@galaxybot在#16389更新Python依赖

通过@galaxybot在#16409更新Python依赖

通过@davelopez在#16420重构FilesDialog + Remote Files API架构改进

通过@jdavcs在#16431迈向SQLAlchemy 2.0（在/test中升级到SA ORM的使用）

通过@jdavcs在#16434升级到SQLAlchemy 2.0，在/lib中使用ORM

通过@galaxybot在#16436更新Python依赖

通过@galaxybot在#16485更新Python依赖

通过@bernt-matthias在#16489重命名MetadataEqualsValidator

通过@uwwint在#16490添加对CILogon在不同地区（非美国）部署的支持

通过@uwwint在#16497重构/OIDC custos

通过@galaxybot在#16521更新Python依赖

通过@jdavcs在#16526将数据库访问代码从galaxy.util中移除

通过@mvdbeek在#16536调整工具内存使用并优化使用preload时的共享内存

通过@galaxybot在#16577更新Python依赖

通过@guerler在#16578Vueify工具表单数据选择器

通过@ElectronicBlueberry在#16612添加工作流注释 💬

通过@mvdbeek在#16636替换条件要求解析器

通过@ahmedhamidawan在#16642将滚动分页和用户名过滤器添加到HistoryPublishedList

通过@bernt-matthias在#16668升级samtools转换器

通过@jmchilton在#16672在Galaxy Markdown中添加工作流图像和许可证

通过@jmchilton在#16675实现Galaxy Markdown中的实例URL

由 @kysrpex 更改 Sentry 错误报告插件，在 #16686 中

由 @lopiola 实现 Onedata 文件源插件，使用 fs.onedatarestfs，在 #16690 中

通过 @davelopez 增强 task monitor 的可组合性，在 #16695 中

对会话处理进行杂项编辑/重构，由 @jdavcs 在 #16712 中

SQLAlchemy 2.0 升级（第二部分），由 @jdavcs 在 #16724 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16735 中

将工作流程报告中的日期/时间从 ISO 转换为 UTC，由 @assuntad23 在 #16758 中

用生命科学登录替换 ELIXIR AAI 按钮，由 @sebastian-schaaf 在 #16762 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16770 中

将部分作业 API 迁移到 Fast API，由 @heisner-tillman 在 #16778 中

添加 EGI Check-in 作为 OIDC 身份验证选项，由 @enolfc 在 #16782 中

用 get_file_name 函数替换 file_name 属性，由 @SergeyYakubov 在 #16783 中

更新基于路径的交互式工具，包括入口点路径注入、支持带有相对链接的 IT、缩短的 URL、文档和配置更新（包括 Podman job_conf），由 @sveinugu 在 #16795 中

集成 Galaxy 帮助论坛，由 @ElectronicBlueberry 在 #16798 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16807 中

在 TS2.0 中进行另一批 SA2.0 编辑（第三部分），由 @jdavcs 在 #16833 中

移除剩余的旧版 backbone 表单输入元素，由 @guerler 在 #16834 中

SQLAlchemy 2.0 升级（第四部分），由 @jdavcs 在 #16852 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16853 中

删除未使用的 HistoryContentManager 代码和相关测试，由 @jdavcs 在 #16882 中

Vueify 可视化网格，由 @guerler 在 #16892 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16896 中

在 ruff 中启用一些 flake8-logging-format 规则，由 @nsoranzo 在 #16915 中

移除“创建工作流”表单，并允许在编辑器中创建工作流，由 @ahmedhamidawan 在 #16938 中

更新 Python 依赖，由 @galaxybot 在 #16939 中

通过 src 和 id 获取数据集或集合的帮助程序由 @mr-c 在 #16953 中添加

允许不包含值属性的整数/浮点数参数，由 @nsoranzo 在 #16966 中实现

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系，在 #16978 中

通过 @jmchilton 修复调用报告以针对正确的工作流版本，在 #17008 中

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系，在 #17011 中

通过 @jdavcs 将作业管理器的 index_query 方法升级到 SA2.0，在 #17020 中

通过 @SergeyYakubov 优化对象存储缓存操作，在 #17025 中

通过 @ahmedhamidawan 在保存时要求工作流名称，默认为“未命名工作流”，在 #17038 中

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系，在 #17050 中

通过 @arash77 将组 API 迁移到 fastAPI，在 #17051 中

通过 @arash77 将 ItemTags API 迁移到 FastAPI，在 #17064 中

通过 @galaxybot 更新 Python 依赖关系，在 #17084 中

通过 @mvdbeek 使用 python-isal 在 rocrate 导出中进行快速的 zip deflate 压缩，在 #17342 中

通过 @mvdbeek 将 23.1 合并到 dev，在 #16534 中

通过 @nuwang 撤销 "[23.1] 在 k8s 运行器中启用作业重新提交"，在 #17323 中

通过 @mvdbeek 修复 succces 错别字，在 #17481 中

通过 @mvdbeek 修复作业配置错误时未绑定 runner 变量，在 #16906 中

通过 @davelopez 修复存储仪表板中丢弃的数据集排序，在 #16929 中

通过 @dannon 在导出工作流时包含所有者的注释，在 #16930 中

通过 @mvdbeek 在 __MERGE_COLLECTION__ 工具中跳过状态筛选，在 #16937 中

通过 @ahmedhamidawan 防止单例外部身份验证用户断开身份，在 #16961 中

通过 @mvdbeek 防止提交缺少输入值的工作流，在 #17048 中

修复使用 store_by="id" 和 outputs_to_working_directory 时额外文件收集问题，由 @mvdbeek 在 #17067 中修复。

由 @mvdbeek 在 #17085 中移除 __check_jobs_at_startup 的回滚。

由 @mvdbeek 在 #16917 中改进调用错误报告。

由 @bernt-matthias 在 #15596 中直接从 config_dir 读取 job_conf，而不是从 config_file 再次计算。

由 @nuwang 在 #15777 中修复一些 drs 处理问题。

由 @nuwang 在 #15794 中修复文件源文件 URL 支持。

由 @jdavcs 在 #15811 中修复修订脚本，在 CI 中运行迁移，添加修复选项，改进迁移工具。

由 @kysrpex 在 #16038 中更改令人困惑的 pulsar 日志消息。

由 @nsoranzo 在 #16082 中修复 macOS 上使用 Python 3.11 启动时的问题。

由 @jvanbraekel 在 #16132 中修复：忽略由管理员创建的帐户的错误消息。

由 @jdavcs 在 #16207 中确保会话对旧端点是请求作用域。

由 @jdavcs 在 #16208 中修复“数据库被锁定”错误（在 SQLite 下工作流测试的上下文中发生）。

由 @martenson 在 #16300 中修复从 API 修复数据库的顺序。

由 @martenson 在 #16320 中对 api-key 的查询进行资格认证。

由 @davelopez 在 #16339 中修复标签的所有权问题。

由 @mvdbeek 在 #16384 中修复 DCEs 的作业缓存问题。

由 @davelopez 在 #16400 中修复历史记录计数。

由 @jdavcs 在 #16421 中修复 SQLAlchemy 2.0 的选择语句语法。

由 @mvdbeek 在 #16483 中修复本地使用的单元测试。

由 @mvdbeek 在 #16529 中仅通过 tmp_dir_creation_statement 一次。

由 @mvdbeek 在 #16530 中修复双重编码通知内容。

由 @mvdbeek 在 #16537 中限制工具文档缓存到具有显式缓存路径的工具配置。

由 @davelopez 在 #16542 中修复多个远程测试数据。

由 @mvdbeek 在 #16579 中忽略具有用户设置的作业资源错误。

由 @jmchilton 在 #16592 中修复子工作流的替换参数。

由 @bernt-matthias 在 #16594 中确保设置 TMP、TEMP 和 TMPDIR。

将最小tpv版本提升到2.3.2，由@mvdbeek在#16597中完成。

由@mvdbeek在#16601中回滚工具mem修复。

使用–preload时，在分叉后重新加载工具箱，由@mvdbeek在#16620中完成。

在刷新令牌时考虑expires/expires_in，由@mvdbeek在#16621中完成。

由@mvdbeek在#16632中对条件子工作流程步骤进行修复。

由@mvdbeek在#16641中修复嵌套条件工作流程步骤。

由@mvdbeek在#16655中确保作业属于当前SA会话。

由@mvdbeek在#16656中修复嵌套状态的表达式评估。

由@mvdbeek在#16661中使sort_collection工具要求终端数据集。

由@mvdbeek在#16667中即使set_meta失败也推送到对象存储。

由@mvdbeek在#16678中修复在扩展元数据和输出到工作目录模式下设置元数据。

由@mvdbeek在#16683中修复全局内联标志的正则表达式验证。

由@jdavcs在#16687中修复Galaxy启动/检查作业时的关闭事务错误。

由@mvdbeek在#16710中添加作业搜索中缺失的连接条件。

由@mvdbeek在#16714中修复作业搜索查询。

由@mvdbeek在#16717中复制集合内容时默认复制集合。

由@davelopez在#16718中修复集合ID编码。

由@kysrpex在#16728中对作业资源参数的XML节点丢失其子节点的问题进行解决方案。

由@martenson在#16820中将电子邮件和用户名的红acting从角色循环中移动。

由@mvdbeek在#16821中修复具有部分的工具在作业信息页面上的参数显示。

由@mvdbeek在#16829中修复如果工具状态不包含所有参数值的工作流程预览显示。

由@mvdbeek在#16836中修复本地工具版本处理。

由@mvdbeek在#16855中修复并防止持久化null file_size。

由@mvdbeek在#16861中允许在Markdown编辑器中仅通过标签引用步骤。

由@mvdbeek在#16865中修复运行表单中的安全更新版本处理。

由@mvdbeek在#16875中从数据库操作工具中移除更多的刷新。

通过 @mvdbeek 修复标签所有权检查，见 #16877

由 @jmchilton 赋予用户选择存储目标的能力，见 #14073

外部登录流程：如果账户已存在则重定向用户，由 @ahmedhamidawan 实现，见 #15019

由 @hexylena 添加 slack 错误报告插件，见 #15025

由 @jmchilton 进行多种工具库清理，见 #15247

由 @davelopez 添加存储管理 API，见 #15295

由 @SergeyYakubov 实现 OIDC 令牌，见 #15300

由 @claudiofr 暴露额外的 beaker 缓存后端，见 #15349

由 @jarrah42 添加支持可视化 HDF5 数据集，见 #15394

迈向 SQLAlchemy 2.0：移除会话自动提交设置，由 @jdavcs 实现，见 #15421

由 @galaxybot 更新 Python 依赖，见 #15435

由 @bernt-matthias 修复新样式 conda 软件包，见 #15446

由 @jdavcs 将数据库访问代码移出 tool_util，见 #15467

防止有问题的布尔参数问题，由 @jmchilton 实现，见 #15493

由 @jdavcs 使用连接代替会话进行 ItemGrabber，见 #15496

由 @nuwang 统一处理文件源和 URL，见 #15497

由 @jdavcs 将 TS 移至 Alembic，见 #15509

由 @davelopez 探索工具远程测试数据，见 #15510

由 @jdavcs 一致处理“email_from”配置选项，如方案描述所示，见 #15557

由 @galaxybot 更新 Python 依赖，见 #15564

由 @dannon 删除 myexperiment.org 的工作流程导出，见 #15576

由 @jdavcs 更新 database_heartbeat 以兼容 SA 2.0，见 #15611

由 @ElectronicBlueberry 在工具表单中添加建议的培训材料，见 #15628

由 @jdavcs 将 check_jobs_at_startup 操作包裹在事务中（SA 2.0 兼容性），见 #15643

由 @davelopez 添加 Galaxy 通知系统，见 #15663

由 @nsoranzo 解除 Beaker 依赖项的锁定，见 #15665

由 @jdavcs 在 JobHandlerStopQueue 中添加事务状态，见 #15671

核实激活和重置邮件是否由 @guerler 在 #15681 中正确生成

通过 @jdavcs 在 #15683 中将事务状态添加到工作流程调度管理器

通过 @jdavcs 在 #15690 中从代码库中删除 DELETED_NEW 作业状态

通过 @davelopez 在 #15739 修复/增强重新计算磁盘使用情况的 API 端点

通过 @ahmedhamidawan 在 #15786 添加 API 测试并重构相关代码：隐藏历史过滤器

通过 @nsoranzo 在 #15844 迁移到 MyST-Parser 以用于 Markdown 文档

通过 @dannon 在 #15861 从配置中删除 use_legacy_history

通过 @jdavcs 在 #15876 删除数据库视图

通过 @galaxybot 在 #15890 更新 Python 依赖项

通过 @mvdbeek 在 #15892 允许某些集合操作工具中的挂起输入

通过 @tuncK 在 #15929 更新属性值过滤器的文档和测试

通过 @galaxybot 在 #15942 更新 Python 依赖项

通过 @mvdbeek 在 #15978 通过完整参数路径记录输入数据集和集合

通过 @minh-biocommons 在 #15998 导出工具引用的可配置消息

通过 @davelopez 在 #16003 添加历史归档功能

通过 @nsoranzo 在 #16035 通过 ruff 和 pyupgrade 进行代码清理

通过 @davelopez 在 #16041 向 HistorySummary 架构模型添加缺失字段

通过 @nsoranzo 在 #16058 将 packaging.versions.LegacyVersion 商业化

通过 @ahmedhamidawan 在 #16061 向 ToolSearch 添加存储库所有者字段

通过 @davelopez 在 #16075 添加对列表过滤器的计数支持

通过 @galaxybot 在 #16086 更新 Python 依赖项

通过 @jmchilton 在 #16110 改进对象存储的缓存监控

通过 @jmchilton 在 #16122 将可访问性测试集成到 Selenium 测试中

通过 @galaxybot 在 #16123 更新 Python 依赖项

通过 @davelopez 在 #16143 改进历史和数据集不可变性的检查

通过 @galaxybot 在 #16153 更新 Python 依赖项

由@heisner-tillman将显示应用程序API迁移到Fast API，在#16156中实现

由@martenson调整网格共享指示器，在#16163中实现

由@galaxybot更新Python依赖项，在#16182中实现

由@mvdbeek删除针对旧ro-crate-py和docutils版本的临时解决方案，在#16198中实现

由@mvdbeek删除各种回退行为，在#16199中实现

由@martenson使（已发布）页面上的网格与工作流程相匹配，在#16209中实现

由@galaxybot更新Python依赖项，在#16227中实现

由@galaxybot更新Python依赖项，在#16267中实现

由@davelopez修复工具远程测试数据，在#16311中实现

由@mvdbeek隐藏条件跳过的输出，在#16356中实现

由@davelopez修复存储仪表板缺少存档历史记录，在#16473中实现

由@mvdbeek将bx-python提升到0.10.0，在#16484中实现

由@mvdbeek在WebTransactionRequest中删除expunge_all()调用，在#16606中实现

由@jmchilton跟进对象存储选择PR，在#15654中实现

由@martenson将release_23.0合并到dev，在#15830中实现

由@nsoranzo将axe-selenium-python移动到dev依赖项，在#16162中实现

由@mvdbeek提升msal版本，在#16285中实现

由@mvdbeek修复error_reports的linting，在#16465中实现

由@bernt-matthias修复上传paramfile处理（针对真实用户设置），在#16504中实现

由@mvdbeek修复额外文件路径处理，在#16541中实现

由@mvdbeek确保job_wrapper使用一致的元数据策略，在#16569中实现

由@mvdbeek修复在重复中使用数据集的条件步骤评估，在#16584中实现

由@mvdbeek不要将请求体读取到内存中，在#16585中实现

由@mvdbeek修复处理额外文件和缓存对象存储的修复，在#16595中实现

由@mvdbeek在celery worker中懒加载工具数据表，在#16640中实现

由@simonbray强制将__DUPLICATE_FILE_TO_COLLECTION__ 'size'参数转换为整数，在#16659中实现

由@mvdbeek将pulsar客户端库更新到0.15.5，在#16701中实现

由@mvdbeek在#16241中将galaxy-release-util版本升级到0.1.2

在导入工具数据包时，使用第一个loc文件进行匹配表，由@natefoo在#16247中提出

转发oidc接收的slugify用户名的功能，由@nuwang在#16271中提出

由@mvdbeek在#16212中修复源处的Text File Busy错误

由@mvdbeek在#16214中进行点发布依赖项修复和文档更新

由@mvdbeek在#16240中使用galaxy-release-util上传Python包

在作业参数组件中显示DCE，允许使用DCE输入重新运行，由@mvdbeek在#15744中提出

由@mvdbeek在#15927中修复混合outputs_to_working_directory pulsar目标

由@natefoo在#15939中将Gravity更新到1.0.3

由@mvdbeek在#16033中对路径前缀处理进行各种修复

由@davelopez在#16036中修复在历史记录中按名称进行大小写敏感过滤的问题

由@mvdbeek在#16039中修复gcsfs测试发现问题

由@mvdbeek在#16042中将httpbin服务替换为pytest-httpserver

由@mvdbeek在#16050中将pulsar更新到0.15.2

由@ahmedhamidawan在#16065中修复匿名用户工具链接的bug

通过更新gxformat2修复BCO导出问题，由@mvdbeek在#16081中提出

由@mvdbeek在#16096中修复condor指示作业失败时的作业失败处理问题

由@mvdbeek在#16099中修复dataype_change未更新HDCA update_time的问题

由@mvdbeek在#16120中为code_file validate_input钩子提取HDA

由@mvdbeek在#16126中修复重新运行具有DCE收集输入的作业时的排序错误

通过@mvdbeek在#16128修复了批量内容API中的related-hid问题。

通过@jdavcs在#16137修复了等待运行的用户作业的排名计算问题。

工具警告可以是None或字典，但不能是字符串，由@guerler在#16183修复。

通过@mvdbeek在#16201固定最小tpv版本。

通过@mvdbeek在#16175修复了重启期间工具被删除时的启动问题。