GA4GH数据对象服务架构
项目描述
数据对象服务(DOS)API的架构
DOS的目标是在现有的对象存储系统之上创建一个通用API,以便工作流程系统可以以单一、标准的方式访问数据,而不管数据存储在哪里。它由GA4GH云工作流维护。
主要功能
API分为两部分
- 数据对象管理,它能够创建、更新、删除、版本控制和唯一标识文件和数据包(文件平面集合);以及
- 数据对象查询,可以在不同的云环境和DOS实现中定位数据对象。
入门
安装非常简单
$ pip install ga4gh-dos-schemas
这将安装演示服务器和Python客户端,允许您在本地服务器上管理数据对象。您可以使用ga4gh_dos_server
启动演示服务器。这将启动一个数据对象服务在http://localhost:8080。
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz
md5sum chr22.fa.gz
# 41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1 chr22.fa.gz
curl -X POST -H 'Content-Type: application/json' \
--data '{"data_object":
{"id": "hg38-chr22",
"name": "Human Reference Chromosome 22",
"checksums": [{"checksum": "41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1", "type": "md5"}],
"urls": [{"url": "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz"}],
"size": "12255678"}}' http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects
# We can then get the newly created Data Object by id
curl http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects/hg38-chr22
# Or by checksum!
curl -X GET http://localhost:8080/ga4gh/dos/v1/dataobjects -d checksum=41b47ce1cc21b558409c19b892e1c0d1
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项目详情
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ga4gh_dos_schemas-0.4.2.tar.gz的散列值
算法 | 散列摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | ef8c539d86615f2044cae24660ed8854263855e9a11902bc1b4ea3116dad0dcb |
|
MD5 | 9e6c103dfac04bf9fa0bf6564c8c611e |
|
BLAKE2b-256 | f7cb5d2a3dc7fe63e2d0b5719fe64b042d1be714b66ccc98ca405a973e983687 |