功能化剂 1.0.0

安装

安装 功能化剂 最简单的方法是通过

pip install functionalizer

由于依赖于 mpi4py，需要在所使用的系统上安装 MPI 实现。在Ubuntu上，可以使用以下方法实现：

apt-get install -y libopenmpi-dev

通过 pip 从源代码手动安装时，需要C++17处理器的编译器。此外，应检出所有 git 子模块。

gh repo clone BlueBrain/functionalizer -- --recursive --shallow-submodules
cd functionalizer
pip install .

Spark和Hadoop应安装并配置为运行时依赖项。

使用方法

基本使用模式如下

functionalizer --s2f --circuit-config=circuit_config.json --recipe=recipe.json edges.h5

其中最后一个参数 edges.h5 也可能是一个Parquet文件的目录。在多节点集群上运行时，应注意每个rank占用一个完整的节点，Spark将扩展到每个节点。

致谢

本软件的开发得到了瑞士政府联邦理工学院董事会（ETH Board）对洛桑联邦理工学院（EPFL）的Blue Brain Project研究中心的资金支持。

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