FsnViz 0.3.0

要求

FsnViz已在以下Python版本上进行测试

• 3.5

• 3.6

以及以下Circos版本

• 0.69-2

其他Circos版本可能可用，但无法保证它们会正常工作。

安装

您可以通过pip下载最新版本

$ pip install fsnviz

Circos需要单独安装。

使用方法

FsnViz 只需要一个基因融合发现工具的结果文件

$ fsnviz star-fusion /路径/to/结果文件

使用上述命令，将在当前目录中创建一个名为 fsnviz.svg 的 Circos 图像作为 SVG 图像。您可以使用一些标志来调整输出行为，例如

• --output-dir 标志用于设置输出目录。如果它不存在，它将为您创建。

• --base-name 标志用于设置 Circos 图的基名（默认为 fsnviz）。将相应地添加文件扩展名。

• --karyotype 标志用于设置 Circos 参考核型。目前仅提供 human.hg19 和 human.hg38。

有关完整列表，请通过 fsnviz --help 查看帮助。

致谢

• 初始的 circos 模板基于由 Jiang Li 编写的 viewFusion 的 Circos 模板。

许可证

FsnViz 是 BSD 许可证。有关完整许可证，请参阅 LICENSE 文件。

版本 0.3

发布 0.3.0

发布日期：2017 年 8 月 14 日

• 添加了新的 –circos-conf CLI 标志，允许自定义 circos 配置文件。

• 更新了默认模板，字体更大。

版本 0.2

发布 0.2.0

发布日期：2016 年 1 月 30 日

• 添加了对绘制 FusionCatcher 输出的支持。

版本 0.1

发布 0.1.0

发布日期：2016 年 4 月 20 日

• 首次发布。

• 支持在 human.hg19 和 human.hg38 上绘制 STAR-fusion 输出。