OMERO PyFileSystem2 实现

一个Python 文件系统抽象层，将文件存储在OMERO中。

安装

pip install fs-omero-pyfs

示例

import fs
fs_url = 'omero://{username}:{password}@{omerohost}'
root = fs.open_fs(fs_url)

支持OMERO websockets

fs_url = 'omero+wss://{username}:{password}@{omerohost}/omero-ws'

强烈建议使用缓存。 cache_ttl 以秒为单位指定，0 禁用缓存。

fs_url = 'omero://{username}:{password}@{omerohost}?cache_ttl=120'

可以通过传递查询参数 groupid=1234 更改 OMERO 组。

开发说明

目录作为 TagAnnotation 存储在专用命名空间中。子目录通过 AnnotationAnnotationLink 链接到父目录。

文件作为 OriginalFile 存储，通过 OriginaFileAnnotationLink 链接到父目录。忽略 OriginalFile 的 path 属性，只使用 name。