在科学Python中进行强大的、高效的轨迹分析。
项目描述
概述
freud Python 库提供了一组简单、灵活、强大的工具,用于分析从分子动力学或蒙特卡洛模拟获得的轨迹。使用高性能、并行化的 C++ 计算标准工具,如径向分布函数、相关函数、序参量和簇,以及包括平均力势和扭矩(PMFTs)以及局部环境匹配在内的原始分析方法。The freud 库支持 许多输入格式 并输出 NumPy 数组,使它与许多典型材料科学工作流程的 Python 科学生态系统集成。
资源
引用
当使用 freud 处理用于发表的资料时,请 使用此引用。
安装
freud 可在 conda-forge 的 linux-64、osx-64、osx-arm64 和 win-64 架构上使用。安装方法
mamba install freud
freud 还可在 PyPI 上找到
python3 -m pip install freud-analysis
如果您需要更详细的信息或要从源安装 freud,请参阅 安装指南 以从源编译 freud。
示例
使用Python脚本调用freud库。许多核心功能在freud文档中进行了演示,详情请参阅freud文档中的示例。示例以Jupyter笔记本的形式提供,也可从freud示例仓库或在Binder上交互式启动。以下是一个示例脚本,用于计算使用HOOMD-blue进行的模拟运行并保存到GSD文件的径向分布函数。
import freud
import gsd.hoomd
# Create a freud compute object (RDF is the canonical example)
rdf = freud.density.RDF(bins=50, r_max=5)
# Load a GSD trajectory (see docs for other formats)
traj = gsd.hoomd.open('trajectory.gsd', 'rb')
for frame in traj:
rdf.compute(system=frame, reset=False)
# Get bin centers, RDF data from attributes
r = rdf.bin_centers
y = rdf.rdf
支持和贡献
请访问我们位于GitHub上的库源代码仓库。任何问题或错误都可以在我们的问题跟踪器中报告,而问题和讨论可以转向我们的讨论板。所有对freud的贡献都欢迎通过拉取请求进行!
项目详情
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freud_analysis-3.1.0.tar.gz 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | eeb525ea446cbb5ef64352841e42589630a847bd108c27d236698cea4440fd1d |
|
MD5 | 02c7d165a574089a4890b3019d2899da |
|
BLAKE2b-256 | b7d0cbd8483730842fcaef5944d6443bcfa922b9237a7d2ee27e1522650e4cb5 |
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freud_analysis-3.1.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 020c1b0fc30bd5fac9182aefc5d992e4e7e82a0d5a81076d5b1637fa711e9d07 |
|
MD5 | da7661e534fd1b862650d438897937a2 |
|
BLAKE2b-256 | a337cd13e738d2227c42dbd2f855ed294bd38b151926ef671c7952763143b4e6 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 5c89e0278bf8d6ab6bfff03c60c4388775d3efd015544b2540d605dcb9812562 |
|
MD5 | 905a9c2e173588664ab07fc624da5eaf |
|
BLAKE2b-256 | cbc1cc7c8691e54c1a4f87355cc0e3057df8c5ec698d892531297512a59074fb |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp312-cp312-macosx_10_14_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | e3f1324b19895a76217d2e316bc9ad79b1aac63c94f56e4beeadd3b63e9be0d9 |
|
MD5 | b4f4244315074e00d606985deabfc2be |
|
BLAKE2b-256 | fbab80ae2054fd09b9e414969eef4b2224df1554219e6f472306e7cf7b08c172 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | c79c573632ac2abbb342f1b775c3531d6cd9697453245386106b231907c9a1bc |
|
MD5 | b9604b22498a810a078f38d2d4f3ff09 |
|
BLAKE2b-256 | 431c128782972bef7c130d18c9e431813fcd46ecacbad86b0d96c2d3998c03be |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 564fc60baf73e994f3ed1d76fb8dd306c11c0eabae0ace18121f1fdd3d8e7a76 |
|
MD5 | 7ecbf0e167468c8b117fe59991c203b9 |
|
BLAKE2b-256 | 99399c24ee82c27b6b665e2d476a9f1c3e60f0466fae951a3c515fea479bc0a0 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp311-cp311-macosx_10_14_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 47f50b2bdc993ce24e99ef3ac56b802b1ddc6c084e64d423046f950d77179496 |
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MD5 | e6587ab951f2299e2dccf81a318a17ed |
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BLAKE2b-256 | 0676fa292956ec71568a4f5b9dcd515fbda28197ebd59955f1bb81bdbfed0595 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 3fa119b71bcb7796574a3c4f2cd5db52c5b9edbbb8e27303a2036c15afa47862 |
|
MD5 | db7d85aebd38bbc77d2077f812d0dbf0 |
|
BLAKE2b-256 | f2043d37b32012e0920e7ea10051a1944a0c885de264b76a80d841b82a7e5df1 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 0133e7a0bdfd30832b51a9214417493437a37072c6e51e05332a68aa53dfb58f |
|
MD5 | 30450e0c13124762abec0b98d694e0b2 |
|
BLAKE2b-256 | 1d49a5c7586696c3321b1032239795a8133d1785029ce20071027085a060cadb |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp310-cp310-macosx_10_14_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | a80b9a619f1730308d7b664b28f0dc1cdb01144728a0ec9738ffa66b9fe20a02 |
|
MD5 | b2cf874f8c3bfc9c9ae2192a114de46a |
|
BLAKE2b-256 | 561db39b7fdc9bfde4bd78b0f024abfc208c540b53d3cd7f57d433228ab0de59 |
关闭
哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | faf49ebf021acf574335bd8214fe47effd1b32be36b6fc5aa3c7531f597cd9ed |
|
MD5 | c718055b8c1387f38b35614f2bccab63 |
|
BLAKE2b-256 | 15083f9e37f3547b05010a80dc88db656dd6062a1886069404e1dae712112f93 |
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哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 503aad8bd4c5b23f34acd7f175f89ca7e8e394e66ad5584565628beeec19507b |
|
MD5 | 0fb6e34c0099b8e6e40c5a74a091556e |
|
BLAKE2b-256 | 29e8a5d48a9a2c8376bfbb1f72253449036ae936e9aeda90295276c2544a31f5 |
关闭
哈希值 用于 freud_analysis-3.1.0-cp39-cp39-macosx_10_14_x86_64.whl
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 41922eebce1e5a6649c59018977736d640a7f446a6d414f80884d4cfd215e775 |
|
MD5 | 3c3f20c6f1b0fe6a723e16f555df7bfd |
|
BLAKE2b-256 | 96b781c3eeb4321c89cce6f51b6ac4bb591eb5656351afafbbd22d5df3963a23 |