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在科学Python中进行强大的、高效的轨迹分析。

项目描述

Citing freud PyPI conda-forge ReadTheDocs Binder GitHub-Stars

概述

freud Python 库提供了一组简单、灵活、强大的工具,用于分析从分子动力学或蒙特卡洛模拟获得的轨迹。使用高性能、并行化的 C++ 计算标准工具,如径向分布函数、相关函数、序参量和簇,以及包括平均力势和扭矩(PMFTs)以及局部环境匹配在内的原始分析方法。The freud 库支持 许多输入格式 并输出 NumPy 数组,使它与许多典型材料科学工作流程的 Python 科学生态系统集成。

资源

引用

当使用 freud 处理用于发表的资料时,请 使用此引用

安装

freud 可在 conda-forgelinux-64osx-64osx-arm64win-64 架构上使用。安装方法

mamba install freud

freud 还可在 PyPI 上找到

python3 -m pip install freud-analysis

如果您需要更详细的信息或要从源安装 freud,请参阅 安装指南 以从源编译 freud

示例

使用Python脚本调用freud库。许多核心功能在freud文档中进行了演示,详情请参阅freud文档中的示例。示例以Jupyter笔记本的形式提供,也可从freud示例仓库在Binder上交互式启动。以下是一个示例脚本,用于计算使用HOOMD-blue进行的模拟运行并保存到GSD文件的径向分布函数。

import freud
import gsd.hoomd

# Create a freud compute object (RDF is the canonical example)
rdf = freud.density.RDF(bins=50, r_max=5)

# Load a GSD trajectory (see docs for other formats)
traj = gsd.hoomd.open('trajectory.gsd', 'rb')
for frame in traj:
    rdf.compute(system=frame, reset=False)

# Get bin centers, RDF data from attributes
r = rdf.bin_centers
y = rdf.rdf

支持和贡献

请访问我们位于GitHub上的库源代码仓库。任何问题或错误都可以在我们的问题跟踪器中报告,而问题和讨论可以转向我们的讨论板。所有对freud的贡献都欢迎通过拉取请求进行!

项目详情


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上传时间 CPython 3.12 macOS 11.0+ ARM64

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上传时间 CPython 3.12 macOS 10.14+ x86-64

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上传于 CPython 3.9 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

freud_analysis-3.1.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl (1.9 MB 查看哈希值)

上传于 CPython 3.9 macOS 11.0+ ARM64

freud_analysis-3.1.0-cp39-cp39-macosx_10_14_x86_64.whl (2.2 MB 查看哈希值)

上传于 CPython 3.9 macOS 10.14+ x86-64

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