搜索LTR逆转录转座子。
项目描述
findltr
用于从头识别LTR逆转录转座子的命令行工具。
需求
基本局部比对搜索工具（BLAST）
$ sudo apt-get install ncbi-blast+
安装
使用VirtualEnv的示例安装
# install/use python virtual environment virtualenv ~/virtenv_scratch --no-site-packages # activate the virtual environment source ~/virtenv_scratch/bin/activate # upgrade pip in the new virtenv pip install -U pip setuptools # install this package in DEVELOPMENT mode python setup.py develop # or simply install # python setup.py install
选项
可用选项列表
常规
- --input
输入 *.fasta 或 *.fa 文件
- --output
输出 *.gff 文件
搜索参数
选项 |
描述 |
默认 |
|---|---|---|
–algorithm |
算法，[kmp|salcp|original] |
original |
–pattern_len |
模式长度 |
20 |
–min_distance |
LTR之间的最小距离 |
1000 |
–max_distance |
LTR之间的最大距离 |
20000 |
–min_ltr_len |
LTR的最小长度 |
100 |
–max_ltr_len |
LTR的最大长度 |
1000 |
其他
- --verbose
包括更多详细信息
- --debug
开启调试输出，不捕获异常
查看findltr --help获取所有可用选项的完整列表。
