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用于在Python类中表示各种医学影像文件格式,用于在数据工作流中的类型提示的类

项目描述

https://github.com/ArcanaFramework/fileformats-medimage/actions/workflows/ci-cd.yml/badge.svg https://codecov.io/gh/ArcanaFramework/fileformats-medimage/branch/main/graph/badge.svg?token=UIS0OGPST7 Supported Python versions Latest Version

这是一个fileformats包的扩展模块,该包添加了对常用医学影像格式(如DICOM(集/目录)、NIfTI和MRtrix Image Format等)的支持...

快速安装

此扩展可以使用pip在Python 3上安装

$ pip3 install fileformats-medimage

这将安装核心包以及任何其他依赖项以验证文件格式。

要使用依赖于第三方包的转换器和元数据读取方法,也请安装相关的extra

$ pip3 install fileformats-medimage-extras

为了使大多数转换器正常工作,您需要安装Dcm2NiiXMRtrix软件包。有各种方法可以做到这一点,但在Ubuntu上,您可以使用以下命令安装Dcm2NiiX

$ sudo apt install libopenjp2-7
$ curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zip
$ unzip dcm2niix_lnx.zip
$ mv dcm2niix /usr/local/bin

(在Mac上,您可以使用Homebrew而不是apt来安装libopenjp2-7)。MRtrix可以用miniconda安装

$ conda install -c mrtrix3 mrtrix3

许可协议

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源分发

fileformats_medimage-0.9.4.tar.gz (35.3 kB 查看散列值)

上传时间

构建分发

fileformats_medimage-0.9.4-py3-none-any.whl (31.0 kB 查看散列值)

上传时间 Python 3

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