fcsfiles 2024.5.24

快速入门

从Python包索引安装fcsfiles包及其所有依赖项。

python -m pip install -U fcsfiles

请参阅示例了解如何使用编程接口。

源代码和支持可在GitHub上获取。

需求

此修订版已与以下需求和相关依赖项进行测试（其他版本可能也适用）

• CPython 3.9.13, 3.10.11, 3.11.9, 3.12.3

• NumPy 1.26.4

修订版

2024.5.24

• 支持NumPy 2.

• 修复GitHub上未正确渲染的文档字符串示例。

2023.8.30

• 修复代码检查问题。

• 添加py.typed标记。

• 转换为Google风格文档字符串。

• 放弃对Python 3.8和numpy < 1.22（NEP29）的支持。

2022.9.28

• 更新元数据。

2022.2.2

• 添加类型提示。

• 对于ConfoCor3Fcs数组使用float64或int64。

• 放弃对Python 3.7和numpy < 1.19（NEP29）的支持。

2021.6.6

• 移除对Python 3.6的支持（NEP 29）。

2020.9.18

• 放宽ConfoCor3Raw头要求。

• 支持os.PathLike文件名。

2020.1.1

• 放弃对Python 2.7和3.5的支持。

备注

“Carl Zeiss”和“ConfoCor”是卡尔·蔡司公司注册的商标。

使用此实现可能受到专利或许可限制。

API目前尚不稳定，预计在版本之间会发生变化。

此模块不读取流式细胞术标准FCS文件。

示例

将ConfoCor3 ASCII文件中的CountRateArray读取为numpy数组

>>> fcs = ConfoCor3Fcs('ConfoCor3.fcs')
>>> fcs['FcsData']['FcsEntry'][0]['FcsDataSet']['CountRateArray'].shape
(60000, 2)
>>> print(fcs)  # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE
Carl Zeiss ConfoCor3 - measurement data file - version 3.0 ANSI
BEGIN FcsData 30000
        Name = Fluorescein
        Comment =
        AverageFlags = Repeat|Position|Average_Fit_Results
        SortOrder = Channel-Repeat-Position-Kinetics
        BEGIN FcsEntry1 10000
...

从ConfoCor3 RAW文件中读取数据和元数据

>>> fcs = ConfoCor3Raw('ConfoCor3.raw')
>>> fcs.filename
'f5ee4f36488fca2f89cb6b8626111006_R1_P1_K1_Ch1.raw'
>>> fcs.frequency
20000000
>>> times = fcs.asarray()
>>> times[10858]
1199925494
>>> times, bincounts = fcs.asarray(bins=1000)
>>> times.shape
(1000,)
>>> bincounts[618]
23
>>> fcs.close()

从ConfoCor2 RAW文件中读取数据和元数据

>>> fcs = ConfoCor2Raw('ConfoCor2.raw')
>>> fcs.frequency
20000000
>>> ch0, ch1 = fcs.asarray()
>>> ch1[4812432]
999999833
>>> times, ch0, ch1 = fcs.asarray(bins=1000)
>>> times.shape
(1000,)
>>> ch1[428]
10095
>>> fcs.close()