平均分割FASTQ文件。

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fastqsplitter

一个简单的分割FASTQ文件的程序。

Fastqsplitter将fastq文件平均分割到指定的输出文件中。Fastqsplitter将读取100个fastq文件的一组。例如，如果指定了3个输出文件，则记录1-100将进入文件1，101-200进入文件2，201-300进入文件3，301-400再次进入文件1，以此类推。这确保输出fastq文件大小相等，且输出文件中没有位置偏差。

Fastqsplitter之所以快速，是因为它假设每个记录有4行。因此，此应用程序不适用于多行fastq序列。此外，输入fastq记录不会被检查是否为正确的fastq记录。由于所有下游分析工具（FastQC、cutadapt、BWA等）都会检查输入是否正确，因此认为在fastqsplitter中进行另一个输入检查是多余的。

快速入门

安装fastqsplitter: pip install fastqsplitter

如果由于您的系统上未安装C编译器而导致安装失败，请尝试： NO_CYTHON=True pip install fastqsplitter

要将输入文件input_fastq.gz分割成3个不同的文件。 fastqsplitter -i input_fastq.gz -o split.1.fq.gz -o split.2.fq.gz -o split.3.fq.gz

fastqsplitter 使用了优秀的 @marcelm 的 xopen 库。因此，输入和输出文件的压缩方式由扩展名决定。如果输出文件应该使用 gzip 压缩，请使用 .gz 扩展名。

文档

有关 fastqsplitter 的更多信息，请访问我们的 readthedocs 页面。

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上传时间 CPython 3.5m manylinux: glibc 2.12+ x86-64

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