FASTA文件读取器/写入器。
项目描述
欢迎来到fasta-reader 👋
读取和写入FASTA文件
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⚡️ 要求
- Python >= 3.9
安装
pip install fasta-reader
示例
以下示例显示它可以无缝地读取远程压缩文件
from fasta_reader import read_fasta
ROOT = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/009/858/895"
REF = "GCF_009858895.2_ASM985889v3"
FILE = f"{ROOT}/{REF}/{REF}_genomic.fna.gz"
for item in read_fasta(FILE):
print(item)
我们还可以直接以压缩格式写入FASTA文件
from fasta_reader import write_fasta
with write_fasta("protein.faa.gz") as file:
file.write_item("P01013 GENE X PROTEIN", "QIKDLLVSSSTDLDT...")
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