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项目描述

Fast Overlap

一个用于计算两个时间点之间所有细胞掩码成对重叠的小型Cython库。用于https://github.com/Hekstra-Lab/microutil/

安装

pip install fast-overlap

开发

安装

python setup.py build_ext -i

真正删除东西并构建+测试

rm *.so build/ fast_overlap.cpp -rf && python setup.py build_ext -i && python test_speedup.py

在Mac上

您需要使用与编译Python相同的编译器来编译Python扩展。因此,在Mac上,您应该使用clang。然而,苹果分发的clang不包括openmp,因此您应该要么在本地使用g++(这似乎在某些原因下有效,但不适用于构建wheel),要么使用GitHub工作流程中的homebrew clang。

支持者