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可视化外显子和它们的阅读框

项目描述

Continous integration Code style: black Checked with mypy Documentation Status Last commit Release PyPI Commits since latest release

Exonviz

ExonViz是一个简单工具,用于生成和绘制包含编码区和非编码区的转录本。所有外显子都按比例绘制,外显子的阅读框也可见。可以在转录本上绘制单个或多个变异,并将它们自动显示在正确的位置。

在线版本

您可以在exonviz.rnatherapy.nl尝试使用ExonViz在线版本。

安装

ExonViz仅需要Python,可以使用PIP进行安装

pip install exonviz

用法

只需提供转录本(带版本!),或将有效的HGVS描述提供给exonviz以生成图形

exonviz --transcript "NM_003002.4:r.[274G>T;300del]" > SHDH.svg

Figure for SHDH

文档

ExonViz的文档可在Readthedocs上找到,包括一些使用ExonViz命令行版本的示例。

项目详情


下载文件

下载您平台的文件。如果您不确定该选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。

源分布

exonviz-0.2.13.tar.gz (197.4 kB 查看哈希值)

上传于

构建分布

exonviz-0.2.13-py3-none-any.whl (194.9 kB 查看哈希值)

上传于 Python 3